mRNA-seq (NGS) հղման գենոմով
RNA-seq-ը կենսաբանական և մշակաբույսերի գիտությունների ստանդարտ գործիք է, որը կամուրջ է հանդիսանում գենոմների և պրոտեոմների միջև։ Դրա ուժեղ կողմը նոր տրանսկրիպտներ հայտնաբերելն ու դրանց արտահայտությունը մեկ վերլուծությամբ քանակականացնելն է։ Այն լայնորեն օգտագործվում է համեմատական տրանսկրիպտոմիկ ուսումնասիրությունների համար, լույս սփռելով տարբեր հատկանիշների կամ ֆենոտիպերի հետ կապված գեների վրա, ինչպիսիք են մուտանտների համեմատումը վայրի տեսակների հետ կամ գեների արտահայտությունը բացահայտելը որոշակի պայմաններում։ BMKCloud mRNA(Reference) APP-ը mRNA-seq(NGS) կենսաինֆորմատիկայի խողովակաշարի մեջ ինտեգրում է արտահայտման քանակականացումը, դիֆերենցիալ արտահայտման վերլուծությունը (DEG) և հաջորդականության կառուցվածքի վերլուծությունները և միավորում նմանատիպ ծրագրաշարի ուժեղ կողմերը՝ ապահովելով հարմարավետություն և օգտագործողի համար հարմարություն։ Օգտատերերը կարող են իրենց RNA-seq տվյալները վերբեռնել ամպային տեխնոլոգիա, որտեղ հավելվածն առաջարկում է համապարփակ, մեկանգամյա կենսաինֆորմատիկ վերլուծության լուծում։ Բացի այդ, այն առաջնահերթություն է տալիս հաճախորդի փորձին՝ առաջարկելով օգտատերերի կոնկրետ կարիքներին հարմարեցված անհատականացված գործողություններ։ Օգտատերերը կարող են ինքնուրույն սահմանել պարամետրեր և ներկայացնել խողովակաշարի առաքելությունը, ստուգել ինտերակտիվ հաշվետվությունը, դիտել տվյալները/դիագրամները և ավարտել տվյալների հանքարդյունաբերությունը, ինչպիսիք են՝ թիրախային գեների ընտրությունը, ֆունկցիոնալ կլաստերացումը, դիագրամների կազմումը և այլն։
Հարթակ՝Իլյումինա, MGI
Ռազմավարություն՝RNA-Seq
Դասավորություն: Զուգորդված, մաքուր տվյալներ։
Գրադարանի տեսակը՝fr-չշղթա, fr-առաջինշղթա կամ fr-երկրորդշղթա
Կարդալու երկարությունը՝150 զարկ
Ֆայլի տեսակը՝*.fastq, *.fq, *.fastq.gz կամ *.fq.gz: Համակարգը կավտոմատ կերպով զուգակցում է .fastq ֆայլերը ըստ իրենց ֆայլերի անունների,օրինակ՝ *_1.fastq զույգը *._2.fastq-ի հետ։
Նմուշների քանակը՝Թվի վերաբերյալ սահմանափակումներ չկաննմուշների քանակը, սակայն վերլուծության ժամանակը կաճի դրանց քանակի հետ մեկտեղնմուշները մեծանում են։
Առաջարկվող տվյալների քանակը՝6G մեկ նմուշի համար
