Ապրանքներ

Hi-C հիմնված գենոմի հավաքում

Hi-C-ի վրա հիմնված գենոմի հավաքման ընդգծված պատկեր

Hi-C-ն մեթոդ է, որը նախատեսված է քրոմոսոմների կոնֆիգուրացիան ֆիքսելու համար՝ համատեղելով զոնդավորման վրա հիմնված փոխազդեցությունները և բարձր թողունակության հաջորդականությունը:Ենթադրվում է, որ այս փոխազդեցությունների ինտենսիվությունը բացասաբար է կապված քրոմոսոմների վրա ֆիզիկական հեռավորության հետ:Հետևաբար, Hi-C տվյալները կարող են ուղղորդել հավաքված հաջորդականությունների կլաստերավորումը, դասավորությունը և կողմնորոշումը գենոմի նախագծում և դրանք ամրացնելով որոշակի թվով քրոմոսոմների վրա:Այս տեխնոլոգիան հզորացնում է քրոմոսոմային մակարդակի գենոմի հավաքը՝ պոպուլյացիայի վրա հիմնված գենետիկ քարտեզի բացակայության դեպքում:Յուրաքանչյուր գենոմի կարիք ունի Hi-C:

Պլատֆորմ՝ Illumina NovaSeq հարթակ / DNBSEQ

Կապ մեզ հետ

Ծառայության մանրամասները

Դեմո արդյունքներ

Գործի ուսումնասիրությունը

Ծառայության առավելությունները

Hi-C-ի ակնարկ
(Lieberman-Aiden E et al.,Գիտություն, 2009)

● Կոշտ խարսխման համար գենետիկ պոպուլյացիա ստեղծելու կարիք չկա.
● Մարկերների ավելի բարձր խտություն, որը հանգեցնում է 90%-ից բարձր խարսխման հարաբերակցության բարձրացմանը;
● Հնարավորություն է տալիս գնահատել և ուղղել գոյություն ունեցող գենոմի հավաքները.
● Շրջադարձի ավելի կարճ ժամանակ՝ գենոմի հավաքման ավելի բարձր ճշգրտությամբ;
● Ավելի քան 500 տեսակների համար կառուցված ավելի քան 1000 Hi-C գրադարանների առատ փորձ;
● Ավելի քան 100 հաջողված դեպք՝ 760-ից ավելի կուտակային հրապարակված ազդեցության գործակցով;
● Hi-C-ի վրա հիմնված գենոմի հավաքում պոլիպլոիդ գենոմի համար, 100% խարսխման արագություն ձեռք է բերվել նախորդ նախագծում;
● Ներքին արտոնագրեր և ծրագրային ապահովման հեղինակային իրավունքներ Hi-C փորձերի և տվյալների վերլուծության համար;
● Ինքնուրույն մշակված վիզուալացված տվյալների թյունինգի ծրագրակազմ, որը թույլ է տալիս ձեռքով արգելափակել տեղափոխումը, հետադարձումը, չեղարկումը և վերագործարկումը:

Ծառայության բնութագրերը

Գրադարանի տեսակը

Հարթակ

Կարդացեք երկարությունը

Առաջարկել ռազմավարություն

Hi-C

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 100X

Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ

● Հում տվյալների որակի վերահսկում

● Hi-C գրադարանի որակի վերահսկում

● Hi-C-ի վրա հիմնված գենոմի հավաքում

● Հավաքումից հետո գնահատում

Նմուշի պահանջներ և առաքում

Նմուշի պահանջներ.

Կենդանական	Սունկ	Բույսեր
Սառեցված հյուսվածք՝ 1-2 գ մեկ գրադարանի համար Բջիջներ՝ 1x 10^7 բջիջ յուրաքանչյուր գրադարանում	Սառեցված հյուսվածք՝ 1գ մեկ գրադարանի համար	Սառեցված հյուսվածք՝ 1-2 գ մեկ գրադարանի համար
*Մենք խստորեն խորհուրդ ենք տալիս ուղարկել առնվազն 2 չափաբաժին (յուրաքանչյուրը 1 գ) Hi-C փորձի համար:

Առաջարկվող նմուշի առաքում

Բեռնարկղ՝ 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
Նմուշների մեծ մասի համար խորհուրդ ենք տալիս չպահել էթանոլի մեջ:
Նմուշի պիտակավորում. Նմուշները պետք է լինեն հստակ պիտակավորված և նույնական լինեն ներկայացված նմուշի տեղեկատվության ձևին:
Առաքում. չոր սառույց. նմուշները նախ պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:

Ծառայությունների աշխատանքային հոսք

Փորձի ձևավորում

Նմուշի առաքում

ԴՆԹ արդյունահանում

Գրադարանի կառուցում

Հերթականություն

Տվյալների վերլուծություն

Վաճառքից հետո ծառայություններ

Նախորդը: Plant/Animal De Novo Genome Sequencing

Հաջորդը: Էվոլյուցիոն գենետիկա

*Այստեղ ցուցադրված ցուցադրական արդյունքները բոլորը Biomarker Technologies-ով հրապարակված գենոմներից են

1.Hi-C փոխազդեցության ջերմային քարտեզCamptotheca acuminataգենոմը.Ինչպես ցույց է տրված քարտեզի վրա, փոխազդեցությունների ինտենսիվությունը բացասաբար է փոխկապակցված գծային հեռավորության հետ, ինչը ցույց է տալիս քրոմոսոմի մակարդակի բարձր ճշգրիտ հավաքը:(խարսխման հարաբերակցությունը` 96.03%)

3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-genome-assembly

Կանգ Մ և այլք,Բնության հաղորդակցություններ, 2021 թ

2.Hi-C-ն հեշտացրել է ինվերսիաների վավերացումըGossypium hirsutumL. TM-1 A06 եւդենդրոպարկի ԳChr06

4Hi-C-heatmap-facilitate-revealing-of-inversions-between-genomes

Յանգ Զ և այլք,Nature Communications, 2019 թ

3. Կասավայի գենոմի հավաքում և բիալելային տարբերակում SC205:Hi-C ջերմային քարտեզը ցույց է տալիս հստակ պառակտում հոմոլոգ քրոմոսոմներում:

5Hi-C-ջերմային քարտեզ-ցուցադրված-հոմոլոգ-քրոմոսոմներ

Հու Վ և այլք.Մոլեկուլային գործարան, 2021 թ

4. Hi-C ջերմային քարտեզ երկու Ficus տեսակի գենոմի հավաքման վրա.F.microcarpa(խարսխման հարաբերակցությունը՝ 99,3%) ևF.hispida (խարսխման հարաբերակցությունը՝ 99,7%)
6Hi-C-heatmap-showing-contig-anchoring-of-Ficus-genomes

Zhang X և այլք,Բջջ, 2020 թ

BMK գործ

Բանյան ծառի և փոշոտող կրետի գենոմները հնարավորություն են տալիս պատկերացում կազմել թուզ-վասպի համեվոլյուցիայի մասին

Հրապարակված է: Բջջ, 2020 թ

Հերթականության ռազմավարություն.

F. microcarpa գենոմը՝ մոտ.84 X PacBio RSII (36,87 Գբ) + Hi-C (44 Գբ)

F. hispidaգենոմը՝ մոտ.97 X PacBio RSII (36,12 Գբ) + Hi-C (60 Գբ)

Eupristina verticillataգենոմը՝ մոտ.170 X PacBio RSII (65 Գբ)

Հիմնական արդյունքներ

1. Բանյան ծառի երկու գենոմ և մեկ փոշոտող կրետի գենոմը կառուցվել են PacBio հաջորդականության, Hi-C-ի և կապի քարտեզի միջոցով:
(1)F. microcarpaգենոմ. Ստեղծվել է 426 Մբ (գնահատված գենոմի չափի 97,7%-ը) համախմբում՝ 908 Կբ N50 կոնտիգով, 95,6% BUSCO միավորով:Ընդհանուր առմամբ 423 Մբ հաջորդականությունը խարսխված է 13 քրոմոսոմի վրա Hi-C-ով:Գենոմի անոտացիան ստացավ 29416 սպիտակուցը կոդավորող գեն:
(2)F. Hispidaգենոմ. 360 Մբ (գնահատված գենոմի չափի 97,3%-ը) ստացվել է 492 Կբ contig N50 և 97,4% BUSCO միավորով:Ընդհանուր առմամբ 359 Մբ-ի հաջորդականությունը խարսխված է 14 քրոմոսոմների վրա Hi-C-ով և խիստ նույնական է բարձր խտության կապի քարտեզին:
(3)Eupristina verticillataգենոմ. 387 Մբիթ (գենոմի գնահատված չափը՝ 382 Մբ) ստեղծվել է 3,1 Մբ կոնտիգ N50 և 97,7% BUSCO միավորով:

2. Համեմատական գենոմիկայի վերլուծությունը բացահայտեց մեծ թվով կառուցվածքային տատանումներ երկուսի միջևՖիկուսգենոմները, որոնք անգնահատելի գենետիկ ռեսուրս են ապահովել հարմարվողական էվոլյուցիայի ուսումնասիրությունների համար:Այս ուսումնասիրությունը, առաջին անգամ, պատկերացումներ է տվել գենոմային մակարդակով թուզ-վասպի համաէվոլյուցիայի վերաբերյալ:

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Կիրկոսի դիագրամ երկուսի գենոմային հատկանիշների վերաբերյալՖիկուսգենոմներ, ներառյալ քրոմոսոմներ, հատվածային կրկնօրինակումներ (SDs), տրանսպոզոններ (LTR, TEs, DNA TEs), գեների արտահայտություն և սինթենիա

PB- լիամետրաժ-ՌՆԹ-այլընտրանքային-splicing

Y քրոմոսոմի և սեռի որոշման թեկնածու գենի նույնականացում

Տեղեկանք

Zhang, X., et al.«Բանյան ծառի և փոշոտող կրետի գենոմները պատկերացումներ են տալիս Թուզ-Վասպ համեվոլյուցիայի մասին»:Բջջ 183.4 (2020):

ստանալ մեջբերում

Գրեք ձեր հաղորդագրությունը այստեղ և ուղարկեք այն մեզ

Ապրանքներ

Hi-C հիմնված գենոմի հավաքում

Ծառայության մանրամասները

Դեմո արդյունքներ