BMKGENE предоставила услуги пространственного секвенирования транскриптома для исследования «STEEL обеспечивает разграничение пространственно-временных транскриптомных данных с высоким разрешением», которое было опубликовано в журнале Briefings in Bioinformatics.
В этом исследовании был предложен неконтролируемый и многообразный алгоритм, основанный на обучении, - кластеризация клеток пространственного транскриптома типа E (STEEL), который идентифицирует домены из пространственного транскриптома путем кластеризации шариков, демонстрирующих как очень похожие профили экспрессии генов, так и близкое пространственное расстояние в виде графиков.
Комплексная оценка STEEL на наборах пространственных транскриптомных данных на платформе 10X Visium показывает, что он не только обеспечивает высокое разрешение для характеристики тонких структур мозга мыши, но также позволяет интегрировать несколько слайдов тканей, анализируемых индивидуально, в один более крупный.
С развитием технологий пространственного транскриптома наш метод будет иметь широкое применение для идентификации доменов и реконструкции атласа экспрессии генов.
Нажмитездесьчтобы узнать больше об этом исследовании.
Время публикации: 20 октября 2023 г.