BMKGENE leverde ruimtelijke transcriptoomsequencingdiensten voor de studie "STEEL maakt afbakening met hoge resolutie van spatiotemporele transcriptomische gegevens mogelijk", die werd gepubliceerd in Briefings in Bioinformatics.
Deze studie stelde een onbewaakt en veelvuldig op leren gebaseerd algoritme voor, Spatial Transcriptome cEll typeE clustering (STEEL), dat domeinen van het ruimtelijke transcriptoom identificeert door kralen te clusteren die zowel zeer vergelijkbare genexpressieprofielen vertonen als een nauwe ruimtelijke afstand op de manier van grafieken.
Een uitgebreide evaluatie van STEEL op ruimtelijke transcriptomische datasets van het 10X Visium-platform toont aan dat het niet alleen een hoge resolutie bereikt om fijne structuren van de hersenen van muizen te karakteriseren, maar ook de integratie van meerdere afzonderlijk geanalyseerde weefselglaasjes in een grotere mogelijk maakt.
Met de vooruitgang van ruimtelijke transcriptoomtechnologieën zal onze methode grote toepasbaarheid hebben bij domeinidentificatie en reconstructie van genexpressie-atlas.
Klikhiervoor meer informatie over deze studie.
Posttijd: 20 oktober 2023