-
Genom Çapında İlişkilendirme Analizi
Genom çapında ilişkilendirme çalışması (GWAS), belirli özelliklerle (fenotip) ilişkili genetik varyantları (genotip) tanımlamayı amaçlar.GWAS çalışması, çok sayıda bireyin tüm genomunu geçen genetik belirteçleri araştırır ve popülasyon düzeyinde istatistiksel analizle genotip-fenotip ilişkilerini tahmin eder.İnsan hastalıkları ve hayvanların veya bitkilerin karmaşık özellikleri üzerinde fonksiyonel gen madenciliği araştırmalarında yaygın olarak uygulanmıştır.
-
Tek çekirdekli RNA Dizileme
Tek hücre yakalamadaki ilerleme ve yüksek verimli dizileme ile birleşen bireysel kitaplık oluşturma tekniği, hücre bazında gen ekspresyon çalışmalarına izin verir.Tüm hücrelerin ortalamasını alarak heterojenliklerinin maskelenmesini büyük ölçüde önlediği karmaşık hücre popülasyonları üzerinde daha derin ve eksiksiz bir sistem analizi sağlar.
Bununla birlikte, bazı hücreler tek hücreli süspansiyon haline getirilmeye uygun değildir, bu nedenle diğer numune hazırlama yöntemleri - dokulardan çekirdek ekstraksiyonu gereklidir, yani çekirdek doğrudan dokulardan veya hücreden çıkarılır ve tek-çekirdek için tek çekirdekli süspansiyona hazırlanır. hücre sıralaması
BMK, 10x Genomics ChromiumTM tabanlı tek hücreli RNA dizileme hizmeti sunmaktadır.Bu hizmet, bağışıklık hücresi farklılaşması, tümör heterojenitesi, doku gelişimi vb. gibi hastalıkla ilgili araştırmalarda yaygın olarak kullanılmaktadır.
Uzamsal transkriptom çipi: 10× Genomik
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Bitki/Hayvan Bütün Genom Dizilimi
WGS olarak da bilinen tüm genom yeniden dizileme, Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP), Ekleme Silme (InDel), Yapı varyasyonu (SV) ve Kopya Numarası Varyasyonu (CNV) dahil olmak üzere tüm genomdaki hem yaygın hem de nadir mutasyonların ortaya çıkarılmasını sağlar. ).SV'ler, varyasyon tabanının SNP'lerden daha büyük bir bölümünü oluşturur ve canlı organizmalar üzerinde önemli bir etkiye sahip olan genom üzerinde daha büyük bir etkiye sahiptir.Uzun okumalı yeniden sıralama, büyük parçaların ve karmaşık varyasyonların daha kesin bir şekilde tanımlanmasına olanak tanır çünkü uzun okumalar, ardışık tekrarlar, GC/AT açısından zengin bölgeler ve hiper değişken bölgeler gibi karmaşık bölgeler üzerinden kromozom geçişini çok daha kolaylaştırır.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Mekansal Transkriptom
Hücrelerin uzamsal organizasyonu, bağışıklık infiltrasyonu, embriyo gelişimi vb. gibi çeşitli biyolojik süreçlerde hayati bir rol oynar. Uzamsal konum bilgisini korurken gen ekspresyon profilini gösteren uzamsal transkriptom dizilimi, transkriptom düzeyinde doku mimarisi hakkında büyük bilgiler sağlamıştır.Teknolojinin gelişmesiyle birlikte, ultra net doku morfolojisi ve uzamsal moleküler ifadenin gerçek yapısal farkının daha yüksek çözünürlükle çalışılması gerekiyor.BMKGENE, numunelerden biyolojik içgörülere kadar kapsamlı, tek duraklı uzamsal transkriptom dizileme hizmeti sağlar.
Uzamsal transkriptomik teknolojiler, gen ekspresyon profilini heterojen örneklerde uzamsal içerikle çözerek çeşitli araştırma alanlarında yeni bakış açıları sağladı.
Uzamsal transkriptom çipi: BMKMANU S1000
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomik Visium Mekansal Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression, dokuyu toplam mRNA'ya dayalı olarak sınıflandırmak için yaygın bir uzaysal transkriptom dizileme teknolojisidir.Normal gelişim, hastalık patolojisi ve klinik translasyon araştırmalarına ilişkin yeni içgörüleri keşfetmek için tüm transkriptomu morfolojik bağlamla eşleştirin.BMKGENE, numunelerden biyolojik içgörülere kadar kapsamlı, tek duraklı uzamsal transkriptom dizileme hizmeti sağlar.
Uzamsal transkriptomik teknolojiler, gen ekspresyon profilini heterojen örneklerde uzamsal içerikle çözerek çeşitli araştırma alanlarında yeni bakış açıları sağladı..
Uzamsal transkriptom çipi: 10x Genomics Visium
platformu:Illumina NovaSeq 6000
-
Tam Uzunlukta mRNA Dizileme-Nanopor
RNA dizilimi, kapsamlı transkriptom analizi için paha biçilmez bir araç olmuştur.Şüphesiz, geleneksel kısa okuma dizileme burada çok sayıda önemli gelişme sağlamıştır.Bununla birlikte, genellikle tam uzunluktaki izoform tanımlamalarında, kantifikasyonda, PCR yanlılığında sınırlamalarla karşılaşır.
Nanopore dizileme, nükleotitlerin DNA sentezi olmadan doğrudan okunması ve onlarca kilobazda uzun okuma üretmesi bakımından kendisini diğer dizileme platformlarından ayırır.Bu, tam uzunlukta transkriptleri geçerek doğrudan okumayı ve izoform düzeyindeki çalışmalarda zorlukların üstesinden gelmeyi sağlar.
platformu：Nano gözenek PromethION
Kütüphane:cDNA-PCR
-
Tam uzunlukta mRNA dizileme -PacBio
De novoolarak da bilinen tam uzunlukta transkriptom dizilimiDe novoIso-Seq, tam uzunluktaki cDNA moleküllerinin herhangi bir kesinti olmaksızın dizilenmesini sağlayan okuma uzunluğunda PacBio sıralayıcının avantajlarını kullanır.Bu, transkript derleme adımlarında oluşan hataları tamamen önler ve izoform düzeyinde çözünürlükle tekgen kümeler oluşturur.Bu unigene setleri, transkriptom düzeyinde "referans genom" olarak güçlü genetik bilgi sağlar.Ayrıca, yeni nesil dizileme verileriyle birleştiğinde bu hizmet, izoform düzeyinde ifadenin doğru bir şekilde ölçülmesini sağlar.
Platform: PacBio Devam IIKütüphane: SMRT çan kütüphanesi -
Ökaryotik mRNA Dizileme-Illumina
mRNA dizilimi, belirli koşullar altında hücrelerden kopyalanan tüm mRNA'ların profillenmesini sağlar.Belirli biyolojik süreçlerin gen ifade profilini, gen yapılarını ve moleküler mekanizmalarını ortaya çıkarmak için güçlü bir teknolojidir.Bugüne kadar, mRNA dizilimi temel araştırma, klinik teşhis, ilaç geliştirme vb. alanlarda yaygın olarak kullanılmaktadır.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Referans Dışı Temelli mRNA Dizileme-Illumina
mRNA dizileme, bazı özel işlevlerin etkinleştirildiği belirli bir dönemde Ökaryottan haberci RNA'yı (mRNA) yakalamak için yeni nesil dizileme tekniğini (NGS) kullanır.Eklenen en uzun transkript 'Unigene' olarak adlandırıldı ve sonraki analiz için referans dizisi olarak kullanıldı; bu, türün moleküler mekanizmasını ve düzenleyici ağını referans olmadan incelemek için etkili bir araçtır.
Transkriptom veri derlemesinden ve unigene fonksiyonel ek açıklamasından sonra
(1)SSR analizi, CDS tahmini ve gen yapısı önceden oluşturulacaktır.
(2) Her numunede unigene ifadesinin miktarının tayini yapılacaktır.
(3)Numuneler (veya gruplar) arasında farklı şekilde ifade edilen tekgenler, tekgen ifadesine dayalı olarak keşfedilecektir.
(4)Diferansiyel olarak ifade edilen unigenlerin kümelenmesi, fonksiyonel açıklama ve zenginleştirme analizi yapılacaktır.
-
Uzun kodlamasız dizileme-Illumina
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), uzunluğu 200 nt'yi aşan ve son derece düşük kodlama potansiyeli ile karakterize edilen bir RNA molekülü türüdür.LncRNA, kodlayıcı olmayan RNA'larda kilit bir üye olarak, esas olarak çekirdekte ve plazmada bulunur.Sekanslama teknolojisi ve biyoinformatikteki gelişmeler, çok sayıda yeni lncRNA'nın tanımlanmasını ve bunların biyolojik fonksiyonlarla ilişkilendirilmesini sağlar.Birikmiş kanıtlar, lncRNA'nın epigenetik düzenleme, transkripsiyon düzenlemesi ve transkripsiyon sonrası düzenlemeye geniş ölçüde dahil olduğunu göstermektedir.
