Ürünler

Referans Olmayan mRNA Sıralaması-Illumina

mRNA dizilimi, bazı özel fonksiyonların etkinleştirildiği belirli bir dönemde Ökaryot'tan haberci RNA'yı (mRNA) yakalamak için yeni nesil dizileme tekniğini (NGS) kullanır.Eklenen en uzun transkript 'Unigene' olarak adlandırıldı ve daha sonraki analizler için referans dizisi olarak kullanıldı; bu, türlerin moleküler mekanizmasını ve düzenleyici ağını referans olmadan incelemek için etkili bir araçtır.

Transkriptom verilerinin toplanması ve tekdüze fonksiyonel açıklamanın ardından

(1)SSR analizi, CDS tahmini ve gen yapısı önceden oluşturulacaktır.

(2) Her numunede unigen ifadesinin ölçümü gerçekleştirilecektir.

(3) Numuneler (veya gruplar) arasında diferansiyel olarak ifade edilen unigenler, unigen ifadesine dayalı olarak keşfedilecektir.

(4) Diferansiyel olarak ifade edilen unigenlerin kümelenmesi, fonksiyonel açıklaması ve zenginleştirme analizi gerçekleştirilecektir.

Bize Ulaşın

Hizmet Detayları

Biyoenformatik

Demo Sonuçları

Vaka Analizi

Özellikler

● Herhangi bir referans genomundan bağımsız olarak,

● Veriler, transkriptlerin yapısını ve ifadesini analiz etmek için kullanılabilir

● Değişken kırpma sitelerini tanımlama

Hizmet Avantajları

● BMKCloud tabanlı sonuç sunumu: Sonuçlar, karmaşık analiz çıktılarının kullanıcı dostu bir şekilde okunmasına ve standart biyoinformatik analiz temelinde özelleştirilmiş veri madenciliği yapılmasına olanak tanıyan BMKCloud platformu aracılığıyla veri dosyası ve etkileşimli rapor olarak sunulur.

● Satış sonrası hizmetler: Proje takibi, sorun giderme, sonuçlarla ilgili Soru-Cevap vb. dahil olmak üzere, projenin tamamlanmasından sonra 3 ay süreyle geçerli olan satış sonrası hizmetler.

Numune Gereksinimleri ve Teslimat

Örnek Gereksinimler:

Nükleotidler:

Kons.(ng/μl)

Miktar (μg)

Saflık

Bütünlük

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Jel üzerinde sınırlı miktarda protein veya DNA kontaminasyonu gösteriliyor veya hiç gösterilmiyor.

Bitkiler için: RIN≥6,5;

Hayvanlar için: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

sınırlı veya taban çizgisi yüksekliği yok

Doku: Ağırlık(kuru): ≥1 g
*5 mg'dan küçük dokular için flaş dondurulmuş (sıvı nitrojen içinde) doku örneğinin gönderilmesini öneririz.

Hücre süspansiyonu: Hücre sayısı = 3×10⁷
*Dondurulmuş hücre lizatını göndermenizi öneririz.Hücre sayımının 5×10'dan küçük olması durumunda⁵Sıvı nitrojende flaşla dondurma tavsiye edilir.

Kan örnekleri:
PA×genKanRNATube;
6 mLLTRIzol ve 2mL kan(TRIzol:Kan=3:1)

Önerilen Numune Teslimatı

Konteyner:
2 ml santrifüj tüpü (Kalay folyo tavsiye edilmez)
Örnek etiketleme: Grup+kopya örneğin A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Gönderi:
1.Kuru buz: Numunelerin torbalara konulması ve kuru buza gömülmesi gerekir.
2.RNAstabil tüpler: RNA örnekleri, RNA stabilizasyon tüpünde (örn. RNAstable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.

Hizmet İş Akışı

Deney tasarımı

Numune teslimatı

RNA ekstraksiyonu

Kütüphane inşaatı

Sıralama

Veri analizi

Satış sonrası hizmetler

Öncesi: Uzun kodlamayan sıralama-Illumina

Sonraki: Ökaryotik mRNA Sıralaması-Illumina

Biyoenformatik

1.mRNA(denovo) Montaj Prensibi

Trinity tarafından okumalar K-mer olarak bilinen daha küçük parçalara bölünür.Bu K-merler daha sonra bitişik kısımlara genişletilecek tohumlar olarak ve daha sonra bitişik örtüşmelere dayalı olarak bileşen olarak kullanılır.Son olarak bileşenlerdeki transkriptleri tanımak için buraya De Bruijn uygulandı.

mRNA-(De-novo)-Trinity'ye-Genel Bakış

mRNA (De novo) Trinity'ye Genel Bakış

2.mRNA (De novo) Gen İfade Düzeyinin Dağılımı

RNA-Seq, gen ifadesinin son derece hassas bir tahminini gerçekleştirebilir.Normalde, FPKM transkript ifadesinin tespit edilebilir aralığı 10^-2 ile 10^6 arasında değişir.

mRNA-(De-novo)-Her numunedeki FPKM yoğunluğunun dağılımı

mRNA (De novo) Her numunedeki FPKM yoğunluğunun dağılımı

3.mRNA (De novo) DEG'lerin GO Zenginleştirme Analizi

GO (Gen Ontolojisi) veritabanı, gen ve gen ürünleri fonksiyonlarına ilişkin standart bir kelime dağarcığı içeren yapılandırılmış bir biyolojik açıklama sistemidir.Birden fazla seviye içerir; seviye ne kadar düşük olursa işlevler de o kadar spesifik olur.

mRNA-(De-novo)-ikinci seviyede DEG'lerin-GO-sınıflandırması

İkinci seviyede DEG'lerin mRNA (De novo) GO sınıflandırması

BMK Davası

Soğanda (Allium cepa L.) Soğan Şişmesi ve Gelişimi Sırasında Sükroz Metabolizmasının Transkriptom Analizi

Yayınlanan: Bitki biliminde sınırlar，2016

Sıralama stratejisi

Illumina HiSeq2500

Örnek koleksiyon

Bu çalışmada Utah Yellow Sweet Spain çeşidi “Y1351” kullanılmıştır.Toplanan numune sayısı
Ampulün şişmesinden (DAS) sonraki 15. gün (2 cm çap ve 3–4 g ağırlık), 30. DAS (5 cm çap ve 100–110 g ağırlık) ve 40. DAS'ta (7 cm çap ve 100–110 g ağırlık) ∼3 260–300 gram).

Temel sonuçlar

1. Venn şemasında, üç çift gelişim aşamasının tamamında toplam 146 derece tespit edildi
2. "Karbonhidrat taşınması ve metabolizması" yalnızca 585 unigenle (yani açıklamalı COG'nin %7'si) temsil ediliyordu.
3.GO veri tabanına başarıyla eklenen Unigenes, ampul gelişiminin üç farklı aşaması için üç ana kategoride sınıflandırıldı.“Biyolojik süreç” ana kategorisinde en çok temsil edilenler “metabolik süreç” olup bunu “hücresel süreç” takip etmektedir.Temel "moleküler fonksiyon" kategorisinde en çok temsil edilen iki kategori "bağlayıcı" ve "katalitik aktivite" idi.

PB-tam uzunlukta-RNA-Sıralama-vaka çalışması

Ortolog grup kümelerinin (COG) sınıflandırmasının histogramı

Üç gelişim aşamasında soğanlardan türetilen unigenler için gen ontolojisi (GO) sınıflandırmasının histogramı

Soğan soğanı gelişiminin herhangi iki aşamasında diferansiyel olarak ifade edilen genleri gösteren Venn diyagramı

Referans

Zhang C, Zhang H, Zhan Z ve diğerleri.Soğanda (Allium cepa L.)[J] Soğan Şişmesi ve Gelişimi Sırasında Sükroz Metabolizmasının Transkriptom Analizi.Bitki Biliminde Sınırlar, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425