Isı haritası
Isı haritası aracı, girdi olarak bir matris veri dosyası alır ve kullanıcıların verileri filtrelemesine, normalleştirmesine ve kümelemesine olanak tanır. Isı haritalarının birincil kullanım alanı, farklı örnekler arasındaki gen ekspresyon seviyesinin küme analizidir.
Gen Açıklaması
Gen Açıklama aracı, girdi FASTA dosyalarının çeşitli veritabanlarına karşı dizi hizalamasına dayalı olarak gen açıklaması gerçekleştirir.
Temel Yerel Hizalama Arama Aracı (BLAST)
BLAST aracı, NCBI BLAST'ın BMKCloud ile entegre edilmiş bir sürümüdür ve BMKCloud hesabına yüklenen veriler kullanılarak aynı işlevleri yerine getirmek için kullanılabilir.
CDS_UTR Tahmini
CDS_UTR Tahmin aracı, bilinen protein veritabanlarına karşı BLAST sonuçlarına ve ORF tahmin sonuçlarına dayanarak, verilen transkript dizilerindeki kodlama bölgelerini (CDS) ve kodlama dışı bölgeleri (UTR) tahmin etmek için tasarlanmıştır.
Manhattan Komplosu
Manhattan Plot aracı, yüksek örneklem sayısına sahip deneylerin görüntülenmesini sağlar ve genellikle genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında (GWAS) kullanılır.
Circos Diyagramı
CIRCOS Diyagram aracı, genomik özelliklerin genom boyunca nasıl dağıldığını verimli bir şekilde görselleştirmeyi sağlar. Yaygın özellikler arasında kantitatif lokuslar, SNP'ler, InDel'ler, yapısal ve kopya sayısı varyantları bulunur.
Gen Ontolojisi (GO) Zenginleştirme
GO Zenginleştirme aracı, fonksiyonel zenginleştirme analizi sağlar. Bu araçtaki temel yazılım, diferansiyel ifade analizi, GO zenginleştirme analizi ve sonuçların görselleştirilmesini içeren TopGO-Bioconductor paketidir.
Ağırlıklı Gen Birlikte İfade Ağı Analizi (WGCNA)
WGCNA, gen ortak ifade modüllerini keşfetmek için yaygın olarak kullanılan bir veri madenciliği yöntemidir. Mikroarray ve NGS gen ifade verileri de dahil olmak üzere çeşitli ifade veri kümelerine uygulanabilir.
InterProScan
InterProScan aracı, InterPro protein sekans analizi ve sınıflandırması sağlar.
GO KEGG Zenginleştirme
GO KEGG Zenginleştirme aracı, sağlanan bir gen kümesi ve ilgili açıklamaya dayanarak bir GO zenginleştirme histogramı, KEGG zenginleştirme histogramı ve KEGG zenginleştirme yolu oluşturmak üzere tasarlanmıştır.
