Sıcaklık haritası
Matris veri dosyası, matris verilerini filtreleyebilen, normalleştirebilen ve kümeleyebilen ısı haritası çizimi için kullanılır.Çoğunlukla farklı örnekler arasındaki gen ekspresyon düzeyinin küme analizi için kullanılır.
Gen Açıklaması
Gen fonksiyonu açıklaması, FASTA dosyasındaki dizilerin çeşitli veri tabanlarıyla eşleştirilmesiyle gerçekleştirilir.
Gen Açıklaması
Temel Yerel Hizalama Arama Aracı
CDS_UTR_Tahmin
Bu araç, bilinen protein veritabanına ve ORF tahminine karşı patlatmaya dayalı olarak belirli transkript dizilerindeki kodlama bölgelerini (CDS) ve kodlamayan bölgeleri (UTR) tahmin etmek için tasarlanmıştır.
Manhattan Arsa
Manhattan grafiği, çok sayıda veri noktası içeren verilerin görüntülenmesini sağlar.Genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında (GWAS) yaygın olarak kullanılır.
Sirkler
CIRCOS diyagramı, genom üzerindeki SNP, InDeL, SV, CNV dağılımlarının doğrudan sunumunu sağlar.
GO_Zenginleştirme
TopGO işlevsel zenginleştirme için tasarlanmış bir araçtır.TopGO-Bioconductor paketi diferansiyel ifade analizi, GO zenginleştirme analizi ve sonuçların görselleştirilmesinden oluşur.TopGO_BP, topGO_CC ve topGO_MF sonuçlarını içeren "Grafik" adlı çıktıya sahip bir klasör oluşturacaktır.
WGCNA
WGCNA, gen ortak ifade modüllerini keşfetmek için yaygın olarak kullanılan bir veri madenciliği yöntemidir.Mikrodizi verileri ve yeni nesil dizilemeden kaynaklanan gen ekspresyon verileri dahil olmak üzere çeşitli ekspresyon veri setlerine uygulanabilir.
InterProScan
InterPro protein dizisi analizi ve sınıflandırması
GO_KEGG_Zenginleştirme
Bu araç, sağlanan gen seti ve ilgili ek açıklamalara dayalı olarak GO zenginleştirme histogramı, KEGG zenginleştirme histogramı ve KEGG zenginleştirme yolu oluşturmak üzere tasarlanmıştır.