Metagenomik (NGS)

Illumina ile yapılan shotgun metagenomik, karmaşık örneklerden DNA'yı doğrudan dizileyerek mikrobiyomları incelemek için popüler bir araçtır ve hem taksonomik hem de işlevsel çeşitliliğin incelenmesine olanak tanır. BMKCloud metagenomik (NGS) hattı, kalite kontrol ve metagenom birleştirme ile başlar. Bu işlemden genler tahmin edilir ve birden fazla veritabanı kullanılarak işlev ve taksonomi açısından açıklanan, tekrarsız veri kümelerine kümelenir. Bu bilgiler, örnek içi taksonomik çeşitliliği (alfa çeşitlilik) ve örnekler arası çeşitliliği (beta çeşitlilik) analiz etmek için kullanılır. Gruplar arası diferansiyel analiz, hem parametrik hem de parametrik olmayan testler kullanılarak iki grup arasında farklılık gösteren OTU'ları ve biyolojik işlevleri bulurken, korelasyon analizi bu farklılıkları çevresel faktörlerle ilişkilendirir.