BMKCloud Log in
Banner-03

Ürünler

Metagenomik Dizileme -NGS

Metagenom, çevresel metagenom, insan metagenomu vb. gibi karışık bir organizma topluluğunun toplam genetik materyalinin bir koleksiyonunu ifade eder. Hem yetiştirilebilen hem de yetiştirilemeyen mikroorganizmaların genomlarını içerir.Metagenomik dizileme, çevresel örneklerden elde edilen karışık genomik materyalleri analiz etmek için kullanılan, tür çeşitliliği ve bolluğu, popülasyon yapısı, filogenetik ilişki, fonksiyonel genler ve çevresel faktörlerle korelasyon ağı hakkında ayrıntılı bilgi sağlayan moleküler bir araçtır.

Platform:Illumina NovaSeq Platformu


Hizmet Detayları

Demo Sonuçları

Vaka Analizi

Hizmet Avantajları

● Mikrobiyal topluluk profili oluşturma için izolasyon ve ekim gerektirmeyen

● Çevresel örneklerde az miktarda bulunan türlerin tespitinde yüksek çözünürlük

● “Meta-” fikri işlevsel düzeyde, tür düzeyinde ve gen düzeyinde tüm biyolojik özellikleri bir araya getirerek gerçeğe daha yakın, dinamik bir bakış açısı yansıtmaktadır.

● BMK, işlenen 10.000'den fazla numuneyle çeşitli numune türlerinde muazzam bir deneyime sahiptir.

Hizmet Özellikleri

 platformu

Sıralama

Önerilen veriler

Geri dönüş süresi

Illumina NovaSeq Platformu

PE150

6G/10G/20G

45 iş günü

Biyoinformatik analizler

● Ham veri kalite kontrolü

● Metagenom derlemesi

● Yedeksiz gen seti ve açıklama

● Tür çeşitliliği analizi

● Genetik fonksiyon çeşitliliği analizi

● Gruplar arası analiz

● Deneysel faktörlere karşı ilişki analizi

liuchengtu11

Numune Gereksinimleri ve Teslimat

Örnek Gereksinimler:

İçinDNA ekstraktları:

Örnek tip

Miktar

Konsantrasyon

Saflık

DNA ekstraktları

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Çevresel numuneler için:

Örnek tip

Önerilen numune alma prosedürü

Toprak

Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Kalan solmuş maddenin yüzeyden uzaklaştırılması gerekir;Büyük parçaları öğütün ve 2 mm'lik filtreden geçirin;Rezervasyon için steril EP tüpü veya sirotüp içindeki örnekler.

Dışkı

Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Numuneleri rezervasyon için steril EP tüpü veya kriyotüpte toplayın ve bölün.

Bağırsak içeriği

Numunelerin aseptik koşullar altında işlenmesi gerekir.Toplanan dokuyu PBS ile yıkayın;PBS'yi santrifüj edin ve çökelticiyi EP tüplerinde toplayın.

Çamur

Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Rezervasyon için çamur numunesini steril EP tüpünde veya kriyotüpte toplayın ve bölün.

Su kütlesi

Musluk suyu, kuyu suyu vb. gibi sınırlı miktarda mikrobiyal içeren numuneler için, en az 1 L su toplayın ve membrandaki mikrobiyal zenginleştirmeyi sağlamak için 0,22 μm filtreden geçirin.Membranı steril tüpte saklayın.

Deri

Steril pamuklu çubuk veya cerrahi bıçakla cilt yüzeyini dikkatlice kazıyın ve steril tüpe yerleştirin.

Önerilen Numune Teslimatı

Numuneleri 3-4 saat boyunca sıvı nitrojende dondurun ve uzun süreli rezervasyon için sıvı nitrojende veya -80 derecede saklayın.Kuru buzla numune gönderimi gereklidir.

Hizmet İş Akışı

numune teslimatı

Numune teslimatı

Kütüphane Hazırlığı

Kütüphane inşaatı

Sıralama

Sıralama

Veri analizi

Veri analizi

Satış sonrası hizmetler

Satış sonrası hizmetler


  • Öncesi:
  • Sonraki:

  • 1.Histogram: Tür dağılımı

    3

    2. KEGG metabolik yollarına eklenen fonksiyonel genler

    4

    3. Isı haritası: Göreceli gen bolluğuna dayalı diferansiyel fonksiyonlar54. CARD antibiyotik direnç genlerinin sirkleri

    6

    BMK Davası

    Toprak-mangrov kökü sürekliliği boyunca antibiyotik direnç genlerinin ve bakteriyel patojenlerin yaygınlığı

    Yayınlanan:Tehlikeli Maddeler Dergisi, 2021

    Sıralama stratejisi:

    Malzemeler: Mangrov kökü ile ilişkili örneklerin dört parçasının DNA ekstraktları: ekilmemiş toprak, rizosfer, episfer ve endosfer bölmeleri
    Platform: Illumina HiSeq 2500
    Hedefler: Metagenom
    16S rRNA geni V3-V4 bölgesi

    Temel sonuçlar

    Antibiyotik direnç genlerinin (ARG'ler) topraktan bitkilere yayılmasını incelemek amacıyla mangrov fidanlarının toprak-kök sürekliliği üzerinde metagenomik dizileme ve metabarkodlama profili işlendi.Metagenomik veriler, antibiyotik direnç genlerinin %91,4'ünün yukarıda belirtilen dört toprak bölümünün tamamında yaygın olarak tanımlandığını ve bunun sürekli bir şekilde olduğunu ortaya çıkardı.16S rRNA amplikon dizilimi, 346 türü temsil eden 29.285 dizi üretti.Amplikon dizilimi yoluyla tür profili oluşturma ile birleştirildiğinde, bu yayılmanın kökle ilişkili mikrobiyotadan bağımsız olduğu ancak genetik elemanların hareketliliğiyle kolaylaştırılabileceği bulundu.Bu çalışma, birbirine bağlı toprak-kök sürekliliği yoluyla ARG'lerin ve patojenlerin topraktan bitkilere akışını tanımladı.

    Referans

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. ve Shu, L. .(2020).Toprak-mangrov kök sürekliliği boyunca antibiyotik direnç genlerinin ve bakteriyel patojenlerin yaygınlığı.Tehlikeli Maddeler Dergisi, 408, 124985.

    fiyat teklifi al

    Mesajınızı buraya yazıp bize gönderin

    Mesajınızı bize gönderin: