Metagenomik Dizileme -NGS
Metagenom, çevresel ve insan metagenomları gibi karışık bir organizma topluluğunun toplam genetik materyalinin bir koleksiyonudur. Hem kültürlenebilir hem de kültürlenemez mikroorganizmaların genomlarını içerir. NGS ile yapılan shotgun metagenomik dizileme, taksonomik profillemenin ötesinde, tür çeşitliliği, bolluk dinamikleri ve karmaşık popülasyon yapıları hakkında ayrıntılı bilgiler sağlayarak, çevresel örneklerde yer alan bu karmaşık genomik manzaraların incelenmesini mümkün kılar. Taksonomik çalışmaların ötesinde, shotgun metagenomik dizileme, kodlanmış genlerin ve bunların ekolojik süreçlerdeki olası rollerinin araştırılmasını sağlayan fonksiyonel bir genomik perspektifi de sunar. Son olarak, genetik elementler ve çevresel faktörler arasındaki korelasyon ağlarının kurulması, mikrobiyal topluluklar ve ekolojik arka planları arasındaki karmaşık etkileşimin bütünsel bir şekilde anlaşılmasına katkıda bulunur. Sonuç olarak, metagenomik dizileme, çeşitli mikrobiyal toplulukların genomik karmaşıklıklarını ortaya çıkarmak ve bu karmaşık ekosistemler içindeki genetik ve ekoloji arasındaki çok yönlü ilişkileri aydınlatmak için çok önemli bir araçtır.
Platformlar: Illumina NovaSeq ve DNBSEQ-T7
Hizmet Avantajları
●Mikrobiyal Topluluk Profili Oluşturma için İzolasyon ve Kültürleme Gerektirmeyen YöntemKültüre edilemeyen organizmalardan genetik materyalin dizilenmesini mümkün kılmak.
●Yüksek ÇözünürlükÇevresel örneklerde az miktarda bulunan türleri tespit etme.
●Kapsamlı Biyoinformatik Analizi:Sadece taksonomik çeşitliliğe değil, aynı zamanda topluluğun işlevsel çeşitliliğine de odaklanılmıştır.
●Geniş Deneyim:Çeşitli araştırma alanlarında çok sayıda metagenomik projesini başarıyla tamamlamış ve 200.000'den fazla örneği işlemiş olan ekibimiz, her projeye zengin bir deneyim katmaktadır.
Hizmet Özellikleri
| Dizileme platformu | Sıralama Stratejisi | Önerilen veriler | Kalite kontrolü |
| Illumina NovaSeq veya DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Hizmet Gereksinimleri
| Konsantrasyon (ng/µL) | Toplam miktar (ng) | Hacim (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Toprak/çamur: 2-3 g
● Bağırsak içeriği (hayvansal): 0,5-2 g
● Bağırsak içeriği - böcek: 0,1-0,25 g
● Bitki yüzeyi (zenginleştirilmiş tortu): 0,5-1 g
● Fermantasyon sıvısı (zenginleştirilmiş tortu): 0,2-0,5 g
● Dışkı (büyük hayvanlar): 0,5-2 g
● Dışkı (fare): 3-5 tane
● Akciğer alveol lavaj sıvısı: filtre kağıdı
● Vajinal sürüntü: 5-6 sürüntü
● Deri/genital sürüntü/tükürük/ağız yumuşak dokusu/faringeal sürüntü/rektal sürüntü: 2-3 sürüntü
● Yüzey mikroorganizması: 5-6 sürüntü örneği
● Su kütlesi/hava/biyofilm: filtre kağıdı
● Endofitler: 2-3 g
● Diş Plağı: 0,5-1 g
Servis İş Akışı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Dizileme
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Aşağıdaki analizleri içermektedir:
● Dizileme verilerinin kalite kontrolü
● Metagenom derlemesi ve gen tahmini
● Gen açıklaması
● Taksonomik alfa çeşitlilik analizi
● Topluluğun fonksiyonel analizi: biyolojik fonksiyon, metabolik özellikler, antibiyotik direnci
● Hem işlevsel hem de taksonomik çeşitliliğe ilişkin analiz:
Beta çeşitlilik analizi
Gruplar arası analiz
Korelasyon analizi: çevresel faktörler ile OUT bileşimi ve çeşitliliği arasındaki ilişki
Fonksiyonel analiz: CARD antibiyotik direnci
KEGG metabolik yollarının diferansiyel analizi: önemli yolların ısı haritası
Taksonomik dağılımın alfa çeşitliliği: ACE indeksi
Taksonomik dağılımın beta çeşitliliği: PCoA
BMKGene'nin Illumina ile birlikte sunduğu metagenom dizileme hizmetlerinin sağladığı ilerlemeleri, özenle seçilmiş yayınlar koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Hai, Q. ve diğerleri (2023) 'Farklı kültür suyu sıcaklıklarında bulaşıcı hematopoietik nekroz virüsü ile enfekte edilmiş gökkuşağı alabalığının (Oncorhynchus mykiss) bağırsak içeriğindeki değişikliklerin metagenomik ve metabolomik analizi',Mikrobiyolojideki Sınırlar, 14, s. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. ve diğerleri (2023) 'Farklı trofik durumdaki kentsel göllerdeki mikrobiyal topluluklar, direnç genleri ve direnç riskleri: İç bağlantılar ve dış etkiler',Tehlikeli Maddeler Gelişmeleri Dergisi, 9, s. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. ve diğerleri (2022) 'Metagenomik Analiz, Koyun Rumeninin Sıvı ve Katı Ortamda Bulunan Mikroorganizmalarının Bileşim ve İşlev Açısından Farklılıklarını Ortaya Koydu',Mikrobiyolojideki Sınırlar, 13, s. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. ve diğerleri (2023) 'Obez Ningxiang domuzundan elde edilen mikrobiyota, zayıf DLY domuzlarında kas yağ asidi birikimini teşvik etmek için karnitin metabolizmasını yeniden düzenliyor',İnovasyon, 4(5), s. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. ve diğerleri (2023) 'Çin'deki Haihe Nehri Deltası'nın üst ve alt kısımlarındaki temsili biyolojik/bozulmayan plastik ve plastik olmayan atıkların potansiyel risklerine ilişkin metagenomik bilgiler',Toplam Çevre Bilimi, 887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
