Metagenomik Dizileme -NGS
Hizmet Avantajları
● İzolasyon ve mikrobiyal topluluk profili oluşturma için kültivasyon gerektirmez
● Çevresel örneklerde bolluğu düşük türlerin tespitinde yüksek çözünürlük
● "Meta-" fikri, tüm biyolojik özellikleri işlevsel düzeyde, tür düzeyinde ve gen düzeyinde bütünleştirir ve gerçeğe daha yakın dinamik bir görüşü yansıtır.
● BMK, işlenen 10.000'den fazla numune ile çeşitli numune türlerinde muazzam bir deneyim biriktirmektedir.
Hizmet Özellikleri
| platformu | sıralama | Önerilen veriler | Geri dönüş süresi |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 gr/10 gr/20 gr | 45 iş günü |
Biyoinformatik analizler
● Ham veri kalite kontrolü
● Metagenom düzeneği
● Yedeksiz gen seti ve ek açıklama
● Tür çeşitliliği analizi
● Genetik işlev çeşitlilik analizi
● Gruplar arası analiz
● Deneysel faktörlere karşı ilişkilendirme analizi
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
İçinDNA özleri:
| Örnek tip | Miktar | Konsantrasyon | Saflık |
| DNA özleri | ＞ 100ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Çevresel örnekler için:
| Örnek tip | Önerilen örnekleme prosedürü |
| Toprak | Örnekleme miktarı: yakl.5 gr;Kalan solmuş maddenin yüzeyden uzaklaştırılması gerekir;Büyük parçaları öğütün ve 2 mm filtreden geçirin;Rezervasyon için steril EP-tüpü veya cyrotube içindeki numuneleri bölün. |
| Dışkı | Örnekleme miktarı: yakl.5 gr;Rezervasyon için steril EP tüpünde veya kriyotüpte örnekleri toplayın ve bölün. |
| bağırsak içeriği | Numunelerin aseptik koşullar altında işlenmesi gerekir.Toplanan dokuyu PBS ile yıkayın;PBS'yi santrifüjleyin ve çöktürücüyü EP tüplerinde toplayın. |
| Çamur | Örnekleme miktarı: yakl.5 gr;Çamur numunesini rezervasyon için steril EP tüpünde veya kriyotüpte toplayın ve alikotlayın |
| su kütlesi | Musluk suyu, kuyu suyu vb. gibi sınırlı miktarda mikrobiyal içeren numune için, en az 1 L su toplayın ve membran üzerinde mikrobiyal zenginleştirmek için 0,22 μm filtreden geçirin.Membranı steril tüpte saklayın. |
| Deri | Cilt yüzeyini steril pamuklu çubuk veya cerrahi bıçakla dikkatlice kazıyın ve steril bir tüpe yerleştirin. |
Önerilen Numune Teslimatı
Numuneleri sıvı nitrojende 3-4 saat dondurun ve sıvı nitrojende veya -80 derecede uzun süreli saklama için saklayın.Kuru buz ile numune nakliyesi gereklidir.
Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
kütüphane inşaatı
sıralama
Veri analizi
satış sonrası hizmetler
1.Histogram: Tür dağılımı
2. KEGG metabolik yollarına açıklamalı fonksiyonel genler
3.Isı haritası: Bağıl gen bolluğuna dayalı diferansiyel fonksiyonlar
4. CARD antibiyotik direnç genlerinin sirkleri
BMK Kasası
Toprak-mangrov kökü sürekliliği boyunca antibiyotik direnç genlerinin ve bakteriyel patojenlerin yaygınlığı
Yayınlanan:Tehlikeli Maddeler Dergisi, 2021
Sıralama stratejisi:
Malzemeler: Mangrov kökü ile ilişkili numunelerin dört parçasının DNA özleri: ekilmemiş toprak, rizosfer, episfer ve endosfer bölmeleri
Platform: Illumina HiSeq 2500
Hedefler: Metagenom
16S rRNA geni V3-V4 bölgesi
Önemli sonuçlar
Antibiyotik direnç genlerinin (ARG'ler) topraktan bitkilere yayılmasını incelemek için mangrov fidanlarının toprak-kök sürekliliği üzerinde metagenomik dizileme ve metabarkodlama profili işlendi.Metagenomik veriler, antibiyotik direnç genlerinin %91.4'ünün, sürekli bir moda gösteren yukarıda belirtilen dört toprak bölmesinin hepsinde yaygın olarak tanımlandığını ortaya koydu.16S rRNA amplikon dizilimi, 346 türü temsil eden 29.285 dizi üretti.Amplikon sekanslama yoluyla tür profilleme ile birleştiğinde, bu yayılımın kökle ilişkili mikrobiyotadan bağımsız olduğu bulundu, ancak genetik elementlerin mobil olmasıyla kolaylaştırılabilir.Bu çalışma, birbirine bağlı toprak-kök sürekliliği yoluyla ARG'lerin ve patojenlerin topraktan bitkilere akışını tanımladı.
Referans
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. ve Shu, L. .(2020).Toprak-mangrov kökü sürekliliği boyunca antibiyotik direnç genlerinin ve bakteriyel patojenlerin yaygınlığı.Tehlikeli Maddeler Dergisi, 408, 124985.
