Bmkcloud oturum açın

Ürünler

Evrimsel genetik

Evrimsel Genetics, SNP'ler, indeller, SVS ve CNV'ler dahil genetik varyasyonlara dayanan, büyük bir grup bireydeki evrimin anlayışlı bir yorumunu sunmak için tasarlanmış kapsamlı bir sıralama hizmetidir. Bu hizmet, nüfus yapısı, genetik çeşitlilik ve filogenetik ilişkilerin değerlendirmeleri de dahil olmak üzere popülasyonların evrimsel kaymalarını ve genetik özelliklerini açıklamak için gereken tüm temel analizleri kapsamaktadır. Ayrıca, etkili nüfus büyüklüğü ve ayrışma süresi tahminlerini sağlayarak gen akışı üzerine çalışmalara girer. Evrimsel genetik çalışmaları, türlerin kökenleri ve uyarlamaları hakkında değerli bilgiler vermektedir.

BMKGENE'de, büyük popülasyonlar üzerinde evrimsel genetik çalışmaları yürütmek için iki yol sunuyoruz: tüm genom dizileme (WGS) kullanma veya daha düşük bir temsili genom dizileme yöntemi, şirket içi gelişmiş spesifik lokus amplifiye edilmiş fragman (slaF). WGS daha küçük genomlara uyurken, SLAF daha uzun genomlara sahip daha büyük popülasyonları incelemek için uygun maliyetli bir alternatif olarak ortaya çıkar ve sekanslama maliyetlerini etkili bir şekilde en aza indirir.

Bize Ulaşın

Hizmet Ayrıntıları

Biyoinformatik

Demo sonuçları

Öne çıkan yayınlar

Hizmet Avantajları

Takagi ve ark.,Bitki Dergisi, 2013

●Kapsamlı biyoinformatik analiz:türlerin evrimsel potansiyelini yansıtan genetik çeşitliliğin tahminini sağlamak ve yakınsak evrimin ve paralel evrimin minimize etkisi olan türler arasındaki güvenilir filogenetik ilişkiyi ortaya çıkarmak

●İsteğe bağlı özelleştirilmiş analiz: Nükleotid ve amino asit seviyesindeki varyasyonlara dayalı ıraksama süresi ve hızının tahmini gibi.

●Kapsamlı uzmanlık ve yayın kayıtları: BMKGene, 15 yılı aşkın bir süredir nüfus ve evrimsel genetik projelerde büyük bir deneyim kazandı, binlerce türü vb. Kapsadı ve doğa iletişimi, moleküler bitkiler, Bitki Biyoteknoloji Dergisi, vb. Yayınlanan 1000'den fazla üst düzey projeye katkıda bulundu.

● Son derece yetenekli biyoinformatik ekibi ve kısa analiz döngüsü: Gelişmiş genomik analizinde büyük deneyime sahip olan BMKGene'nin ekibi, hızlı bir geri dönüş süresi ile kapsamlı analizler sunar.

● Satış sonrası destek:Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet dönemi ile projenin tamamlanmasının ötesine uzanmaktadır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili soruları ele almak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.

Hizmet Özellikleri ve Gereksinimleri

Sıralama türü

Önerilen Nüfus Ölçeği

Sıralama stratejisi

Nükleotit gereksinimleri

Bütün genom dizilimi

≥ 30 kişi, her bir alt gruptan ≥ 10 birey

10x

Konsantrasyon: ≥ 1 ng/ µL

Toplam miktar 30ng

Sınırlı veya bozulma veya kontaminasyon

Spesifik lokus amplifiye edilmiş fragman (SLAF)

Etiket derinliği:

10x

Etiket sayısı:

<400 MB: WGS önerilir

<1GB: 100k etiketler

1GB

> 2GB: 300k etiketler

Max 500K Etiketler

Konsantrasyon ≥ 5 ng/µL

Toplam miktar ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5

Agaroz jel: yok veya sınırlı bozulma veya kontaminasyon

Servis İş Akışı

Deney tasarımı

Örnek Teslimat

Kütüphane İnşaatı

Sıralama

Veri analizi

Satış Sonrası Hizmetler

Öncesi: Toplu Segregant Analizi

Sonraki: Metabolomik

Hizmet, popülasyon yapısının (filogenetik ağaç, PCA, popülasyon tabakalaşma tablosu), nüfus çeşitliliği ve popülasyon seçimi (bağlantı dengesizliği, avantajlı alanların seçici süpürme seçimi) analizini içerir. Hizmet ayrıca özelleştirilmiş analizleri (örneğin ıraksama süresi, gen akışı) içerebilir.

*Burada gösterilen demo sonuçları BMKGENE ile yayınlanan genomlardan alınmıştır

1. Evrim analizi, genetik varyasyonlara dayalı filogenetik ağaç, popülasyon yapısı ve PCA'nın yapımını içerir.

Filogenetik ağaç, ortak ataları olan türler arasında taksonomik ve evrimsel ilişkileri temsil eder.
PCA, alt popülasyonlar arasındaki yakınlığı görselleştirmeyi amaçlamaktadır.
Nüfus yapısı, alel frekansları açısından genetik olarak farklı alt popülasyonun varlığını gösterir.

3-1filogenetik ağacı 3-2PCA 3-3 nüfus-yapı

Chen, et. al.,PNA'lar, 2020

2. Seçici Süpürme

Seçici süpürme, avantajlı bir sitenin seçildiği ve bağlantılı nötr bölgelerin frekanslarının arttığı ve bağlantısız alanların azaldığı bir işlemi ifade eder, bu da bölgesel azalmaya neden olur.

Seçici süpürme bölgelerindeki genom çapında tespit, belirli bir adımda (10 kb) bir sürgülü penceredeki (100 kb) tüm SNP'lerin popülasyon genetik indeksi （π fst, tajima d) hesaplanarak işlenir.

Nükleotit çeşitliliği (π）
4nükleotid-çeşitlilik (π）

Tajima'nın D
5tajima-d

Fiksasyon Endeksi (FST)

6 Fixation-Index (FST)

Wu, et. al.,Moleküler bitki, 2018

3.gen akışı

7gen akışı

Wu, et. al.,Moleküler bitki, 2018

4.Demografik tarih

8demografik tarih

Zhang, et. al.,Doğa Ekolojisi ve Evrimi, 2021

9Divergence-Time

Zhang, et. al.,Doğa Ekolojisi ve Evrimi, 2021

Küratörlü bir yayın koleksiyonu aracılığıyla BMKGene'nin evrimsel genetik hizmetleri tarafından kolaylaştırılan gelişmeleri keşfedin:

Hassanyar, Ak ve ark. (2023) 'APIS Cerana Cerana larvalarında Sacbrood virüs direnci ile ilişkili SNP moleküler belirteçlerinin ve aday genlerin keşfi, tüm genom yeniden güçlendirme ile',Uluslararası Moleküler Bilimler Dergisi, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.

Chai, J. ve ark. (2022) 'Vahşi, genetik olarak saf Çin devinin keşfi yeni koruma fırsatları yaratıyor',Zooloji Araştırmaları, 2022, cilt. 43, Sayı 3, Sayfa: 469-480, 43 (3), s. 469-480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.

Han, M. ve ark. (2022) 'Filgeografik Desen ve Nüfus Evrim Yerli Elymus Sibiricus L.Bitki Biliminde Sınırlar, 13, s. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.

Wang, J. ve ark. (2022) 'Kromozom düzeyinde bir genom montajından ve longan erişimlerinin popülasyon genomiklerinden longan evrimine genomik içgörü',Bahçecilik Araştırmaları, 9. doi: 10.1093/saat/uhac021.