ADN/RNA Sequencing - Illumina Sequencer
Service Details Features
| Platform | Sequencing Mode | Applications |
| Illumina Nova system | SE50 PE50 PE150 PE250 | 1. Afangaro haingana ny génome manontolo 2. Zoom in ho any amin'ny filaharana lalina faritra kendrena 3. Mampiasà filaharan'ny RNA (RNA-Seq) hahitana ireo variana RNA vaovao sy toerana misy splice, na hamantatra ny mRNA amin'ny famakafakana ny fanehoana ny fototarazo. 4. Famakafakana ireo anton-javatra epigenetika toy ny methylation ADN sy ny fifandraisan'ny ADN-proteinina. 5. Manaova santionan'ny homamiadana mba handinihana ny variana somatic tsy fahita firy, subclones tumor, ary bebe kokoa Halalino ny fahasamihafana mikraoba ao amin'ny olombelona na eo amin'ny tontolo |
Tombontsoa amin'ny serivisy
● traikefa be dia be amin'ny sehatra filaharana Illumina miaraka amin'ny tetikasa mikatona an'arivony miaraka amin'ny karazana isan-karazany.
● Dingan'ny filaharana matotra miaraka amin'ny fotoana fohy fihodinana.
● Serivisy famakafakana momba ny bioinformatika any ambany.
● Rafitra fanaraha-maso kalitao henjana: fenitra QC hentitra momba ny angon-drakitra.
Santionany takiana*
| Sequence platform & Strategy sequencing | Haben'ny data |
fifantohana
| BOKY FAHA- | vola | Vokatra QC |
| Novaseq system, 150bp miaraka amin'ny farany | X≤30Gb | ≥1ng/μl | ≥20 μl | ≥20ng | mahay |
| 30Gb < X≤100Gb | ≥1ng/μl | ≥25 μl | ≥30ng | ||
| X>100Gb | ≥2ng/μl | ≥25 μl | ≥50ng |
-
Ho fanampin'ny fifantohana sy ny totalin'ny vola, dia ilaina ihany koa ny lamina tampony mety.
Lalana tokana (Illumina)
| Platform
|
fifantohana
| BOKY FAHA- | Vokatra QC |
| HiseqXten | ≥2.5nM | ≥20μL | mahay |
| NovaSeq 6000 S4 | ≥2nM | ≥30μL | |
| NovaSeg 6000 SP | ≥2nM | ≥30μL |
Azafady mba mifandraisa aminay raha tsy mahafeno ny fepetra takiana amin'ny fitaovana fanombohana ny santionany.
Service Workflow
Fanaraha-maso ny kalitaon'ny tranomboky
Sequencing
Fanaraha-maso ny kalitaon'ny data
Fanaterana tetikasa
Fanombanana ny kalitaon'ny angona momba ny santionan'ny RNA
Tabilao 1. Statistika momba ny angona manaraka.
| ID santionany | BMKID | Raw mamaky | Data manta (bp) | Mamaky madio (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6.861.036.000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Sary 1. Fizarana kalitao miaraka amin'ny famakiana isaky ny santionany
Sary 2. Fizarana votoaty fototra
Sary 3. Fizarana ny votoaty vakiana amin'ny angon-drakitra filaharana
