Filaharan'ny Metagenomika -NGS
Ny metagenôma dia fitambaran'ny fitaovana fototarazo manontolo ao amin'ny vondrom-piarahamonina mifangaro amin'ny zavamananaina, toy ny metagenôma momba ny tontolo iainana sy ny olombelona. Mirakitra genome avy amin'ny zavamananaina azo volena sy tsy azo volena izy io. Ny fandaharana metagenômika amin'ny basy miaraka amin'ny NGS dia ahafahana mandalina ireo tontolo genomika sarotra tafiditra ao anatin'ny santionany momba ny tontolo iainana amin'ny alàlan'ny fanomezana mihoatra noho ny famaritana taksonômika, manome fahatakarana lalindalina kokoa momba ny fahasamihafan'ny karazana, ny dinamikan'ny habetsahana, ary ny rafitra sarotra amin'ny mponina. Ankoatra ny fandalinana taksonômika, ny shotgun metagenômika dia manolotra fomba fijery genomika miasa ihany koa, ahafahana mikaroka ireo fototarazo voakodia sy ny anjara asany amin'ny dingana ara-tontolo iainana. Farany, ny fananganana tambajotra fifandraisana eo amin'ny singa fototarazo sy ny anton-javatra momba ny tontolo iainana dia mandray anjara amin'ny fahatakarana feno momba ny fifandraisana sarotra eo amin'ny vondrom-piarahamonina mikraoba sy ny fiaviany ara-tontolo iainana. Ho famaranana, ny fandaharana metagenômika dia mijoro ho fitaovana fototra amin'ny famahana ny fahasarotan'ny genomika amin'ny vondrom-piarahamonina mikraoba isan-karazany, manazava ny fifandraisana maro samihafa eo amin'ny fototarazo sy ny ekolojia ao anatin'ireo tontolo iainana sarotra ireo.
Sehatra: Illumina NovaSeq sy DNBSEQ-T7
Tombony amin'ny serivisy
●Fomba tsy misy fitokana-monina sy fambolena ho an'ny famaritana ny mombamomba ny vondrom-piarahamonina mikraoba: Fahafahana manao ny filaharan'ny akora fototarazo avy amin'ny zavamananaina tsy azo volena.
●Famaha avo lenta: Mamantatra ireo karazana tsy dia betsaka loatra ao anatin'ny santionan'ny tontolo iainana.
●Famakafakana feno momba ny bioinformatika:Tsy mifantoka amin'ny fahasamihafan'ny taksonomia ihany fa amin'ny fahasamihafan'ny asan'ny vondrom-piarahamonina ihany koa.
●Traikefa maro:Manana traikefa betsaka amin'ny famitana tetikasa metagenomics maromaro amin'ny sehatra fikarohana isan-karazany sy ny fikirakirana santionany maherin'ny 200.000 ny ekipanay, ka mitondra traikefa betsaka amin'ny tetikasa tsirairay.
Fepetra takiana amin'ny serivisy
| Sehatra fandaharana | Tetikady filaharana | Angon-drakitra atolotra | Fanaraha-maso ny kalitao |
| Illumina NovaSeq na DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Fepetra takiana amin'ny serivisy
| Fifantohana (ng/µL) | Totaly (ng) | Habetsahana (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tany/fotaka: 2-3g
● Lanja ao amin'ny tsinainy - biby: 0.5-2g
● Bibikely ao anaty tsinay: 0.1-0.25g
● Velaran-javamaniry (asidra manankarena): 0.5-1g
● Ranon-javatra nohatsaraina tamin'ny fermentation): 0.2-0.5g
● Diky (biby lehibe): 0.5-2g
● Diky (totozy): voamaina 3-5
● Ranon-javatra fanasan-damba alveolar amin'ny havokavoka: taratasy sivana
● Saron-tava amin'ny fivaviana: saron-tava 5-6
● Famafazana hoditra/filahiana/rora/taova malefaka am-bava/famafazana tenda/famafazana lava-pitombenana: famafazana 2-3
● Zavamiaina bitika ety ambonin'ny tany: swab 5-6
● Rano/rivotra/biofilm: taratasy sivana
● Endofita: 2-3g
● Takelaka ho an'ny nify: 0.5-1g
Fikorianan'ny Asa Fanompoana
Fanaterana santionany
Fananganana tranomboky
Filaharana
Famakafakana angon-drakitra
Serivisy aorian'ny fivarotana
Tafiditra ao anatin'izany ireto fanadihadiana manaraka ireto:
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angon-drakitra amin'ny filaharana
● Fivorian'ny metagenôma sy faminaniana ny fototarazo
● Fanamarihana momba ny fototarazo
● Famakafakana ny fahasamihafan'ny alfa taksonomika
● Famakafakana ny fiasan'ny vondrom-piarahamonina: fiasa biolojika, metabolika, fanoherana ny antibiotika
● Famakafakana ny fahasamihafan'ny asa sy ny taksonomia:
Famakafakana ny fahasamihafan'ny beta
Fanadihadiana eo amin'ny vondrona
Famakafakana ny fifandraisana: eo amin'ny anton-javatra ara-tontolo iainana sy ny firafitry ny OUT ary ny fahasamihafana
Fanadihadiana momba ny fiasa: Fanoherana ny antibiotika CARD
Fanadihadiana samihafa momba ny lalan'ny metabolika KEGG: sarintany mafana amin'ny lalan-dàlana manan-danja
Fahasamihafan'ny fizarana taksonômika alfa: tondro ACE
Fahasamihafan'ny fizarana taksonomika Beta: PCoA
Mikaroha ireo fandrosoana nohamafisin'ny serivisy fandaharana metagenome an'ny BMKGene miaraka amin'ny Illumina amin'ny alàlan'ny fanangonana boky sy gazety voafantina.
Hai, Q. et al. (2023) 'Fanadihadiana metagenomika sy metabolomika momba ny fiovan'ny votoatin'ny tsinain'ny trondro avana (Oncorhynchus mykiss) voan'ny viriosy nekrosis hematopoietika mifindra amin'ny mari-pana rano samihafa',Sisintany ao amin'ny Mikrobiolojia, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Vahoaka mikraoba, fototarazo fanoherana, ary risika fanoherana any amin'ny farihy an-tanàn-dehibe amin'ny toetry ny trofika samihafa: Rohy anatiny sy fitaomana ivelany',Gazetin'ny Fandrosoan'ny Akora Mampidi-doza, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Ny fanadihadiana metagenomika dia naneho ny fahasamihafana eo amin'ny firafitry ny zavamananaina bitika mifandray amin'ny ranoka sy ny zavatra bitika mifandray amin'ny zavatra mivaingana amin'ny romen'ondry',Sisintany ao amin'ny Mikrobiolojia, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Ny mikrobiota avy amin'ny kisoa matavy Ningxiang dia manavao ny metabolisman'ny carnitine mba hampiroboroboana ny fametrahana asidra matavy amin'ny hozatra amin'ny kisoa DLY mahia',Ny Fanavaozana, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Fahitana metagenomika momba ny mety ho loza ateraky ny plastika bio/tsy mety levona sy ny poti-plastika tsy plastika any amin'ny faritra ambony sy ambany amin'ny Reniranon'i Haihe, Sina',Siansa momba ny Tontolo Iainana Manontolo, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
