●Fomba mitokana sy fambolena-fambolena ho an'ny vondrom-piarahamonina microbial: Manamora ny fanoratana ny fototarazo avy amin'ny zavamananaina tsy ampoizina.
●Fanapahan-kevitra avo lenta: Jereo ireo karazana be dia be amin'ny santionany amin'ny tontolo iainana.
●Famakafakana bioinformatika bioinformatics:Tsy nifantoka afa-tsy tamin'ny fahasamihafana ara-kanditra ihany fa amin'ny fahasamihafana ara-piasana miasa ao amin'ny vondrom-piarahamonina ihany koa.
●Fanandramana be dia be:Miaraka amin'ny firaketana an-tsoratra momba ny tetik'asa Metagenomics marobe amin'ny sehatra fikarohana isan-karazany sy fanodinana santionany 200.000, ny ekipantsika dia mitondra traikefa betsaka amin'ny tetikasa rehetra.
Sehatra Sequencing | Paikady Sequencing | Data natolotra | Ny fifehezana kalitao |
Illumina novasteq na dnbseq-t7 | P150 | 6-20GB | Q30≥85%% |
Fifantohana (ng / μl) | Total (ng) | Volume (μl) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● SOIL / SLUDGE: 2-3g
● Ny votoaty aody-biby: 0.5-2G
● Ny votoatin'ny tsinay-bibikely: 0.1-0.25g
● zavamaniry (sediment): 0.5-1g
● Ny setroka fambolena feno sediment): 0.2-0.5G
● Faeces (biby lehibe): 0.5-2G
● Feeces (totozy): 3-5grains
● Ny pulmonary alveolar Lavage Fluid: Sivana taratasy
● Swab Vaginal: 5-6 Swabs
● SWAB / swab / saliva / saliva / phary malefaka / pharyngeal swab / rectal swab: 2-3 swabs
● Ny microorganismika: 5-6 swabs
● Ny rano / rivotra / biofilm: taratasy fanivanana
● Fiatoana: 2-3g
● takelaka nify: 0.5-1g
Dia ahitana ny famakafakana manaraka:
● Ny fanaraha-maso ny data momba ny data
● Fivoriambe Metagenome sy Faminaniana
● Annotation
● Fanadihadiana momba ny fahasamihafana
● Fanadihadihan'ny fiaraha-monina ao amin'ny vondrom-piarahamonina: Fomba biolojika, metabolika, fanoherana antibiotika
● Fandinihana momba ny fahasamihafana ara-nofo sy taxonomika:
Beta Diversity Analysis
Famakafakana vondrona inter-vondrona
Famakafakana fanitsiana: eo anelanelan'ny lafin-javatra tontolo iainana sy ny firafitra sy ny fahasamihafana
Famakafakana fiasa miasa: fanoherana antibiotika
Ny famakafakana fanavahana ny lalambe Megg Metabolic: Heatmap an'ny lalan-kaleha lehibe
Fahasamihafana alpha amin'ny fizarana taxonomika: Ace Index
Fahasamihafana Beta Ny fizarana taxonomika: PCOA
Diniho ny fandrosoana anamorana ny serivisy Sequencing BMKGENE's Seareming Services miaraka amin'i Illumina amin'ny alàlan'ny fanangonana boky vita an-tsoratra.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomic sy Metabolomic momba ny fanovana ny votoatin'ny tsinay ao amin'ny Rano Rainbow (Oncorhynchus Mykiss) voan'ny otrikaretina hemotopoietic necatpoietic amin'ny mari-pana amin'ny kolontsaina samihafa.Frontier ao amin'ny Microbiology14, p. 1275649. Doi: 10.3389 / FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. .Ny asa fanaovan-gazety mampidi-doza9, p. 100233. Doi: 10.1016 / J.Hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. .Frontier ao amin'ny Microbiology, 13, p. 851567. Doi: 10.3389 / fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. .Ny fanavaozana, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016 / J.xinn.2023.100486.
Zhao, X. Et Al. (2023) 'Metagenomic Ingights ao anatin'ny mety ho mety ho loza ateraky ny solontena bio / tsy misy plastika ary tsy misy plastika ao amin'ny rihana ambony sy ambany ao amin'ny farany sy ambany estuary, china',Siansa momba ny totalin'ny tontolo iainana, 887, p. 164026. Doi: 10.1016 / J.Scitotenv.2023.164026.