Metagenomic Sequencing -NGS
Tombontsoa amin'ny serivisy
● Fitokanana sy fambolena tsy misy fotony ho an'ny mombamomba ny vondrom-piarahamonina mikraoba
● Fanapahan-kevitra avo lenta amin'ny fitadiavana karazana tsy dia betsaka amin'ny santionany momba ny tontolo iainana
● Ny hevitra hoe "meta-" dia mampiditra ny biolojika rehetra amin'ny ambaratonga fiasa, ny haavon'ny karazana ary ny haavon'ny fototarazo, izay maneho ny fomba fijery mavitrika izay manakaiky kokoa ny zava-misy.
● Manangona traikefa goavana amin'ny karazana santionany isan-karazany ny BMK misy santionany 10.000 mahery voahodina.
Service Specifications
| Platform | Sequencing | Angona soso-kevitra | Fotoana fihodinana |
| Illumina NovaSeq Platform | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 andro fiasana |
Famakafakana bioinformatics
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
● Fivoriambe metagenome
● Fametrahana fototarazo tsy misy redundant sy fanamarihana
● Famakafakana ny karazana karazana
● Famakafakana ny fahasamihafan'ny asan'ny fototarazo
● Famakafakana eo anivon'ny vondrona
● Famakafakana fikambanana manohitra ny anton-javatra andrana
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
HO AN'NYADN nalaina:
| Karazana santionany | vola | fifantohana | fahadiovana |
| ADN nalaina | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ho an'ny santionany momba ny tontolo iainana:
| Karazana santionany | Fomba fanaovana santionany soso-kevitra |
| nofon-tany | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Mila esorina amin'ny tany ny zavatra maina sisa;Atsipazo ny ampahany lehibe ary mandalo amin'ny sivana 2 mm;Aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cyrotube ho famandrihana. |
| fivalanana | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony sy aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cryotube ho famandrihana. |
| Ny atiny | Ny santionany dia tokony hokarakaraina amin'ny fepetra aseptika.Sasao amin'ny PBS ny tavy voaangona;Centrifuge ny PBS ary manangona ny precipitant amin'ny EP-tube. |
| Fotaka | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony ary alaivo ny santionan'ny fotaka amin'ny EP-tube na cryotube sterile ho famandrihana |
| Waterbody | Ho an'ny santionany misy microbial voafetra, toy ny rano paompy, rano fantsakana, sns., Manangona rano 1 L farafahakeliny ary mandalo amin'ny sivana 0,22 μm mba hampanankarena mikraoba eo amin'ny membrane.Tehirizo ao anaty tavoahangy sterile ny membrane. |
| Hoditra | Kitiho tsara ny hoditra amin'ny swab landihazo sterile na tady fandidiana ary apetraho ao anaty fantsona sterile. |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Afangaro ny santionany amin'ny azota ranoka mandritra ny 3-4 ora ary tehirizo ao anaty azota ranona na -80 degre ho famandrihana maharitra.Ilaina ny fandefasana santionany miaraka amin'ny gilasy maina.
Fizotry ny asa fanompoana
Fanaterana santionany
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
1. Histograma: Fizarana karazana
2.Fonctional fototarazo nosoritra ho KEGG metabolic lalana
3. Sarintanin'ny hafanana: Asa samihafa mifototra amin'ny habetsahan'ny fototarazo
4.Circos ny fototarazo fanoherana antibiotika CARD
BMK Case
Ny fihanaky ny fototarazo manohitra ny antibiotika sy ny otrikaretina bakteria eo amin'ny fitohizan'ny fakan'ny honko
Navoaka:Journal of Hazardous Materials, 2021
Paikady filaharana:
Fitaovana: ADN avy amin'ny sombintsombiny efatra amin'ny fakan'ny honko mifandray amin'ny santionany: tany tsy voavoly, rhizosphere, episphere ary endosphere.
Platform: Illumina HiSeq 2500
Tanjona: Metagenome
16S rRNA fototarazo V3-V4 faritra
Vokatra lehibe
Ny filaharan'ny metagenomika sy ny fametahana metabarcode amin'ny fitohizan'ny fakan-tany amin'ny zana-kazo honko dia nokarakaraina mba handinihana ny fiparitahan'ny fototarazo fanoherana antibiotika (ARG) avy amin'ny tany ho zavamaniry.Ny angon-drakitra metagenomika dia nanambara fa ny 91.4% amin'ny fototarazo manohitra ny antibiotika dia fantatra amin'ny ankapobeny ao amin'ny faritra efatra voalaza etsy ambony, izay mampiseho lamaody mitohy.16S rRNA amplicon sequencing niteraka 29.285 sequences, maneho 346 karazana.Ampifandraisina amin'ny fametahana karazana karazana amin'ny alàlan'ny filaharan'ny amplicon, hita fa tsy miankina amin'ny microbiota mifandray amin'ny fakany io fanaparitahana io, na izany aza, mety hanamora izany amin'ny alalan'ny finday misy singa fototarazo.Ity fanadihadiana ity dia namaritra ny fikorianan'ny ARG sy ny otrikaretina avy amin'ny tany mankany amin'ny zavamaniry amin'ny alàlan'ny fitohizan'ny fakan-tany.
Reference
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Ny fihanaky ny fototarazo manohitra ny antibiotika sy ny otrikaretina bakteria eny amin'ny tany - ny fakan'ny ala honko.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
