Metagenomic Sequencing (NGS)
Tombontsoa amin'ny serivisy
ØFitokanana sy fambolena tsy misy fotony ho an'ny mombamomba ny vondrom-piarahamonina mikraoba
ØFanapahan-kevitra avo lenta amin'ny fitadiavana karazana tsy dia betsaka amin'ny santionan'ny tontolo iainana
ØNy hevitra momba ny "meta-" dia mampiditra ny endri-javatra biolojika rehetra amin'ny haavon'ny asa, ny haavon'ny karazana ary ny haavon'ny fototarazo, izay maneho ny fomba fijery mavitrika izay manakaiky kokoa ny zava-misy.
ØNy BMK dia manangona traikefa goavana amin'ny karazana santionany isan-karazany miaraka amin'ny santionany 10,000 mahery voahodina.
Fanondroana serivisy
| SequencingPlatform | fitehirizam-boky | Fanomezana angona naroso | Tombanana ny fotoana fihodinana |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 andro |
Famakafakana bioinformatics
üFanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
üFivoriambe metagenome
üFametrahana fototarazo tsy miverimberina sy fanamarihana
üFamakafakana ny karazana karazana
üFamakafakana ny fahasamihafan'ny asan'ny génétique
üFamakafakana eo anivon'ny vondrona
üFanadihadiana fikambanana manohitra ny anton-javatra andrana
Santionany takiana sy ny fanaterana
Fepetra takiana:
HO AN'NYADN nalaina:
| Karazana santionany | vola | fifantohana | fahadiovana |
| ADN nalaina | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ho an'ny santionany momba ny tontolo iainana:
| Karazana santionany | Fomba fanaovana santionany soso-kevitra |
| nofon-tany | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Mila esorina eny ambonin'ny tany ny zavatra maina sisa;Atsipazo ny ampahany lehibe ary mandalo amin'ny sivana 2 mm;Aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cyrotube ho famandrihana. |
| fivalanana | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony sy aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cryotube ho famandrihana. |
| Ny atiny | Ny santionany dia tokony hokarakaraina amin'ny fepetra aseptika.Sasao amin'ny PBS ny tavy voaangona;Centrifuge ny PBS ary manangona ny precipitant amin'ny EP-tube. |
| Fotaka | Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony ary alaivo ny santionan'ny fotaka ao anaty EP-tube na cryotube sterile ho famandrihana |
| Waterbody | Ho an'ny santionany misy mikraoba voafetra, toy ny rano paompy, rano fantsakana, sns., Angony rano farafahakeliny 1 L ary mandalo amin'ny sivana 0,22 μm mba hanamafisana ny mikraoba eo amin'ny membrane.Tehirizo ao anaty tavoahangy sterile ny membrane. |
| Hoditra | Kitiho tsara ny hoditra amin'ny swab landihazo sterile na tady fandidiana ary apetraho ao anaty fantsona sterile. |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Afangaro ny santionany amin'ny azota ranoka mandritra ny 3-4 ora ary tehirizo ao anaty azota ranona na -80 degre ho famandrihana maharitra.Ilaina ny fandefasana santionany miaraka amin'ny gilasy maina.
Fizotry ny asa fanompoana
Fanaterana santionany
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
1. Histograma: Fizarana karazana
2.Fonctional fototarazo voalaza ho KEGG metabolic lalana
3. Sarintanin'ny hafanana: Asa samihafa mifototra amin'ny habetsahan'ny fototarazo
4.Circos ny fototarazo fanoherana antibiotika CARD
BMK Case
Ny fihanaky ny fototarazo manohitra ny antibiotika sy ny otrikaretina bakteria eo amin'ny fitohizan'ny fakan'ny honko
Navoaka:Journal of Hazardous Materials, 2021
Paikady filaharana:
Fitaovana: ADN nalaina avy amin'ny sombintsombiny efatra amin'ny fakany honko santionany mifandray: tany tsy voavoly, rhizosphere, episphere ary endosphere.
Platform: Illumina HiSeq 2500
Tanjona: Metagenome
16S rRNA fototarazo V3-V4 faritra
Vokatra lehibe
Ny filaharan'ny metagenomika sy ny fametahana metabarcode amin'ny fitohizan'ny fakan-tany amin'ny zana-kazo honko dia nokarakaraina mba handinihana ny fiparitahan'ny fototarazo fanoherana antibiotika (ARG) avy amin'ny tany ho zavamaniry.Ny angon-drakitra metagenomika dia nanambara fa ny 91.4% amin'ny fototarazo fanoherana antibiotika dia fantatra matetika ao amin'ny efitrano efatra voalaza etsy ambony, izay mampiseho lamaody mitohy.16S rRNA amplicon sequencing niteraka 29,285 sequences, maneho 346 karazana.Miara-miasa amin'ny karazana karazana amin'ny alàlan'ny filaharan'ny amplicon, ity fampielezana ity dia hita fa tsy miankina amin'ny microbiota mifandray amin'ny fakany, na izany aza, mety hanamora izany amin'ny alàlan'ny finday misy singa fototarazo.Ity fanadihadiana ity dia namaritra ny fikorianan'ny ARG sy ny otrikaretina avy amin'ny tany mankany amin'ny zavamaniry amin'ny alàlan'ny fitohizan'ny fakan-tany.
Reference
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Ny fihanaky ny fototarazo manohitra ny antibiotika sy ny otrikaretina bakteria eny amin'ny fitohizan'ny fakan'ny honko.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
