page_head_bg

Products

Metagenomic Sequencing (NGS)

Ny metagenome dia manondro fitambarana akora fototarazo tanteraka amin'ny vondrom-piarahamonin'ny zavamananaina mifangaro, toy ny metagôneôma ara-tontolo iainana, ny metagôneôma olombelona, ​​sns. Izy io dia misy fototarazon'ny zavamiaina bitika azo ambolena sy tsy azo ambolena.Ny filaharana metagenomika dia fitaovana molekiola ampiasaina hamakafaka ireo akora génomika mifangaro nalaina avy amin'ny santionany momba ny tontolo iainana, izay manome fampahalalana amin'ny antsipiriany momba ny fahasamihafan'ny karazana sy ny habetsahana, ny firafitry ny mponina, ny fifandraisan'ny phylogenetic, ny fototarazo miasa ary ny tambajotra mifandray amin'ny anton-javatra ara-tontolo iainana.

Platform:Illumina NovaSeq6000


Details momba ny serivisy

Vokatra Demo

Fandinihana tranga

Tombontsoa amin'ny serivisy

ØFitokanana sy fambolena tsy misy fotony ho an'ny mombamomba ny vondrom-piarahamonina mikraoba

ØFanapahan-kevitra avo lenta amin'ny fitadiavana karazana tsy dia betsaka amin'ny santionan'ny tontolo iainana

ØNy hevitra momba ny "meta-" dia mampiditra ny endri-javatra biolojika rehetra amin'ny haavon'ny asa, ny haavon'ny karazana ary ny haavon'ny fototarazo, izay maneho ny fomba fijery mavitrika izay manakaiky kokoa ny zava-misy.

ØNy BMK dia manangona traikefa goavana amin'ny karazana santionany isan-karazany miaraka amin'ny santionany 10,000 mahery voahodina.

Fanondroana serivisy

SequencingPlatform

fitehirizam-boky

Fanomezana angona naroso

Tombanana ny fotoana fihodinana

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tags

30 andro

Famakafakana bioinformatics

üFanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta

üFivoriambe metagenome

üFametrahana fototarazo tsy miverimberina sy fanamarihana

üFamakafakana ny karazana karazana

üFamakafakana ny fahasamihafan'ny asan'ny génétique

üFamakafakana eo anivon'ny vondrona

üFanadihadiana fikambanana manohitra ny anton-javatra andrana

2

Santionany takiana sy ny fanaterana

Fepetra takiana:

HO AN'NYADN nalaina:

Karazana santionany

vola

fifantohana

fahadiovana

ADN nalaina

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Ho an'ny santionany momba ny tontolo iainana:

Karazana santionany

Fomba fanaovana santionany soso-kevitra

nofon-tany

Sampling isa: eo ho eo.5 g;Mila esorina eny ambonin'ny tany ny zavatra maina sisa;Atsipazo ny ampahany lehibe ary mandalo amin'ny sivana 2 mm;Aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cyrotube ho famandrihana.

fivalanana

Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony sy aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cryotube ho famandrihana.

Ny atiny

Ny santionany dia tokony hokarakaraina amin'ny fepetra aseptika.Sasao amin'ny PBS ny tavy voaangona;Centrifuge ny PBS ary manangona ny precipitant amin'ny EP-tube.

Fotaka

Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony ary alaivo ny santionan'ny fotaka ao anaty EP-tube na cryotube sterile ho famandrihana

Waterbody

Ho an'ny santionany misy mikraoba voafetra, toy ny rano paompy, rano fantsakana, sns., Angony rano farafahakeliny 1 L ary mandalo amin'ny sivana 0,22 μm mba hanamafisana ny mikraoba eo amin'ny membrane.Tehirizo ao anaty tavoahangy sterile ny membrane.

Hoditra

Kitiho tsara ny hoditra amin'ny swab landihazo sterile na tady fandidiana ary apetraho ao anaty fantsona sterile.

Fanaterana santionany soso-kevitra

Afangaro ny santionany amin'ny azota ranoka mandritra ny 3-4 ora ary tehirizo ao anaty azota ranona na -80 degre ho famandrihana maharitra.Ilaina ny fandefasana santionany miaraka amin'ny gilasy maina.

Fizotry ny asa fanompoana

logo_02

Fanaterana santionany

logo_04

Fananganana tranomboky

logo_05

Sequencing

logo_06

Famakafakana angona

logo_07

Serivisy aorian'ny varotra


  • teo aloha:
  • Manaraka:

  • 1. Histograma: Fizarana karazana

    3

    2.Fonctional fototarazo voalaza ho KEGG metabolic lalana

    4

    3. Sarintanin'ny hafanana: Asa samihafa mifototra amin'ny habetsahan'ny fototarazo54.Circos ny fototarazo fanoherana antibiotika CARD

    6

    BMK Case

    Ny fihanaky ny fototarazo manohitra ny antibiotika sy ny otrikaretina bakteria eo amin'ny fitohizan'ny fakan'ny honko

    Navoaka:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Paikady filaharana:

    Fitaovana: ADN nalaina avy amin'ny sombintsombiny efatra amin'ny fakany honko santionany mifandray: tany tsy voavoly, rhizosphere, episphere ary endosphere.
    Platform: Illumina HiSeq 2500
    Tanjona: Metagenome
    16S rRNA fototarazo V3-V4 faritra

    Vokatra lehibe

    Ny filaharan'ny metagenomika sy ny fametahana metabarcode amin'ny fitohizan'ny fakan-tany amin'ny zana-kazo honko dia nokarakaraina mba handinihana ny fiparitahan'ny fototarazo fanoherana antibiotika (ARG) avy amin'ny tany ho zavamaniry.Ny angon-drakitra metagenomika dia nanambara fa ny 91.4% amin'ny fototarazo fanoherana antibiotika dia fantatra matetika ao amin'ny efitrano efatra voalaza etsy ambony, izay mampiseho lamaody mitohy.16S rRNA amplicon sequencing niteraka 29,285 sequences, maneho 346 karazana.Miara-miasa amin'ny karazana karazana amin'ny alàlan'ny filaharan'ny amplicon, ity fampielezana ity dia hita fa tsy miankina amin'ny microbiota mifandray amin'ny fakany, na izany aza, mety hanamora izany amin'ny alàlan'ny finday misy singa fototarazo.Ity fanadihadiana ity dia namaritra ny fikorianan'ny ARG sy ny otrikaretina avy amin'ny tany mankany amin'ny zavamaniry amin'ny alàlan'ny fitohizan'ny fakan-tany.

    Reference

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Ny fihanaky ny fototarazo manohitra ny antibiotika sy ny otrikaretina bakteria eny amin'ny fitohizan'ny fakan'ny honko.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    mahazo teny nalaina

    Soraty eto ny hafatrao ary alefaso aminay

    Alefaso aminay ny hafatrao: