Metagenomic Sequencing -ngs
Ny metagenome dia fanangonana ny totalin'ny fototarazo isan-karazany amin'ny vondron-tsolika mifangaro, toy ny toetr'andro sy ny metaly. Mirakitra ny genomenomenona microorganisms na tsy miovaova. Ny fitifirana Metagenomika Metagenomic miaraka amin'ny NGS dia mamela ny fandalinana ireo tany genomika ireo ao anaty santionany amin'ny tontolo iainana amin'ny alàlan'ny fanaovana fandoavam-bola amin'ny hetra, manome ny fahitana momba ny fahasamihafana isan-karazany, ary ny firafitry ny mponina be dia be. Ankoatry ny fanadihadiana momba ny hetra, Shotgun Metagenomika dia manolotra fomba fijery ara-piraisana ara-piraisana, izay manome ny fitrandrahana ny fototarazo sy ny anjara toerany amin'ny fizotrany ara-tontolo iainana. Farany, ny fananganana tambajotra fanitsiana eo amin'ny singa genetika sy ny lafin-javatra misy ny tontolo iainana dia miteraka fahatakarana ny heviny momba ny fifandraisana eo amin'ny vondrom-piarahamonina mikroba sy ny toe-karena. Ho fehiny, ny sequencing metagenomika dia misy zavamaneno manan-danja amin'ny famonosana ny firaisankina genomika amin'ny vondrom-piarahamonina mikroba isan-karazany, manazava ny fifandraisana maro samihafa eo amin'ny fototarazo sy ny ekolojia ao anatin'ireo toe-java-barotra sarotra ireo.
Platform: illumina novasteq sy dnbseq-t7
Tombontsoa amin'ny serivisy
●Fomba mitokana sy fambolena-fambolena ho an'ny vondrom-piarahamonina microbial: Manamora ny fanoratana ny fototarazo avy amin'ny zavamananaina tsy ampoizina.
●Fanapahan-kevitra avo lenta: Jereo ireo karazana be dia be amin'ny santionany amin'ny tontolo iainana.
●Famakafakana bioinformatika bioinformatics:Tsy nifantoka afa-tsy tamin'ny fahasamihafana ara-kanditra ihany fa amin'ny fahasamihafana ara-piasana miasa ao amin'ny vondrom-piarahamonina ihany koa.
●Fanandramana be dia be:Miaraka amin'ny firaketana an-tsoratra momba ny tetik'asa Metagenomics marobe amin'ny sehatra fikarohana isan-karazany sy fanodinana santionany 200.000, ny ekipantsika dia mitondra traikefa betsaka amin'ny tetikasa rehetra.
Fanondroana ny serivisy
| Sehatra Sequencing | Paikady Sequencing | Data natolotra | Ny fifehezana kalitao |
| Illumina novasteq na dnbseq-t7 | P150 | 6-20GB | Q30≥85%% |
Fangatahana serivisy
| Fifantohana (ng / μl) | Total (ng) | Volume (μl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● SOIL / SLUDGE: 2-3g
● Ny votoaty aody-biby: 0.5-2G
● Ny votoatin'ny tsinay-bibikely: 0.1-0.25g
● zavamaniry (sediment): 0.5-1g
● Ny setroka fambolena feno sediment): 0.2-0.5G
● Faeces (biby lehibe): 0.5-2G
● Feeces (totozy): 3-5grains
● Ny pulmonary alveolar Lavage Fluid: Sivana taratasy
● Swab Vaginal: 5-6 Swabs
● SWAB / swab / saliva / saliva / phary malefaka / pharyngeal swab / rectal swab: 2-3 swabs
● Ny microorganismika: 5-6 swabs
● Ny rano / rivotra / biofilm: taratasy fanivanana
● Fiatoana: 2-3g
● takelaka nify: 0.5-1g
Mikoriana ny asa fanompoana
Fanaterana sampana
Fanamboarana trano
Sequencing
Famakafakana data
Serivisy serivisy
Dia ahitana ny famakafakana manaraka:
● Ny fanaraha-maso ny data momba ny data
● Fivoriambe Metagenome sy Faminaniana
● Annotation
● Fanadihadiana momba ny fahasamihafana
● Fanadihadihan'ny fiaraha-monina ao amin'ny vondrom-piarahamonina: Fomba biolojika, metabolika, fanoherana antibiotika
● Fandinihana momba ny fahasamihafana ara-nofo sy taxonomika:
Beta Diversity Analysis
Famakafakana vondrona inter-vondrona
Famakafakana fanitsiana: eo anelanelan'ny lafin-javatra tontolo iainana sy ny firafitra sy ny fahasamihafana
Famakafakana fiasa miasa: fanoherana antibiotika
Ny famakafakana fanavahana ny lalambe Megg Metabolic: Heatmap an'ny lalan-kaleha lehibe
Fahasamihafana alpha amin'ny fizarana taxonomika: Ace Index
Fahasamihafana Beta Ny fizarana taxonomika: PCOA
Diniho ny fandrosoana anamorana ny serivisy Sequencing BMKGENE's Seareming Services miaraka amin'i Illumina amin'ny alàlan'ny fanangonana boky vita an-tsoratra.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomic sy Metabolomic momba ny fanovana ny votoatin'ny tsinay ao amin'ny Rano Rainbow (Oncorhynchus Mykiss) voan'ny otrikaretina hemotopoietic necatpoietic amin'ny mari-pana amin'ny kolontsaina samihafa.Frontier ao amin'ny Microbiology14, p. 1275649. Doi: 10.3389 / FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. .Ny asa fanaovan-gazety mampidi-doza9, p. 100233. Doi: 10.1016 / J.Hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. .Frontier ao amin'ny Microbiology, 13, p. 851567. Doi: 10.3389 / fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. .Ny fanavaozana, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016 / J.xinn.2023.100486.
Zhao, X. Et Al. (2023) 'Metagenomic Ingights ao anatin'ny mety ho mety ho loza ateraky ny solontena bio / tsy misy plastika ary tsy misy plastika ao amin'ny rihana ambony sy ambany ao amin'ny farany sy ambany estuary, china',Siansa momba ny totalin'ny tontolo iainana, 887, p. 164026. Doi: 10.1016 / J.Scitotenv.2023.164026.
