Products

Fandrindrana Genome manontolo ny zava-maniry/biby

Zavamaniry/biby manontolo génôme sequence Sary nasongadina

Ny famerimberenan'ny genome manontolo, fantatra ihany koa amin'ny hoe WGS, dia mamela ny fanehoana ireo fiovana mahazatra sy tsy fahita firy amin'ny génome manontolo ao anatin'izany ny Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV), ary Copy Number Variation (CNV). ).Ny SV dia mahaforona ampahany lehibe kokoa amin'ny fototra miovaova noho ny SNP ary misy fiantraikany lehibe kokoa amin'ny génome, izay misy fiantraikany lehibe amin'ny zavamananaina.Ny famerimberenan'ny famakiana lava dia ahafahana mamantatra tsara kokoa ny sombintsombiny lehibe sy ny fiovaovana sarotra satria ny famakiana lava dia manamora kokoa ny fiampitana krômôzôma amin'ny faritra sarotra toy ny famerenana tandem, faritra manankarena GC/AT, ary faritra hypervariable.

Platform: Illumina, PacBio, Nanopore

Mifandraisa aminay

Service Details

Vokatra Demo

Publication nasongadina

1. Tombontsoa amin'ny serivisy

Traikefa betsaka amin'ny filaharan'ny genome ho an'ny karazana 1000 mahery.

Maherin'ny 800 ny tranga navoaka miaraka amin'ny anton-javatra miavonavona mihoatra ny 4000.

Famakafakana bioinformatika feno momba ny fiantsoana fiovaovana sy famakafakana asa.

2. Famaritana momba ny serivisy

Platform		-BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah	Recommended seq halalin'ny
Illumina		PE 150	Ho an'ny SNP, InDel miantso ≥ 10x Ho an'ny SV, CNY miantso ≥ 30x
Nanopore		8 kb	Ho an'ny SV, CNY miantso ≥ 20x
Pacbio	CCS	15 kb	Ho an'ny SNP, InDel, SV, CNY miantso ≥ 10x

3. Fepetra takiana

Platform		Conc.(ng/μL)	Vola (ng)	fahadiovana		Agarose gel
				OD260/280	OD260/230	1. Mazava ny tarika lehibe tsy misy na voafetrany fahasimbana hita amin'ny gel. 2. Tsy misy na voafetra ny fandotoana ARN na proteinina
Illumina		≥1	≥30	-	-
Nanopore		≥30	Miankina amin'ny vokatra azo 10 μg / sela	1.7-2.2	≥1.5
Pacbio	CCS	≥50		1.7-2.2	1.8-2.5

4. Famakafakana momba ny bioinformation

5. Fandefasana asa fanompoana

Fanaterana santionany

fitrandrahana ADN

Fananganana tranomboky

Sequencing

Famakafakana angona

Fanaterana angona

teo aloha: BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome

Manaraka: Fizarana RNA nokleary tokana

1) Statistiques de Gnome Mapping

Tabilao 1 Statistikan'ny vokatry ny sarintany

Sary 1 Fizarana ny haben'ny fampidirana sy ny fandrakofana mamaky.

2) Fikarohana isan-karazany

Figure 2 Statistics and annotation of SNP/INDEL/SV in samples

Sary 3 Fizarana genome manerana ny vatiations

3) Famaritana momba ny fiovaovana

2019	Fifandraisana voajanahary	Ny resequencing-genome manontolo dia manambara ny fiavian'ny Brassica napus sy ny loci génétique tafiditra amin'ny fanatsarana azy
2020	PNAS	Ny niandohan'ny evolisiona sy ny tantaran'ny fiompiana trondro volamena (Carassius auratus)
2021	Plant Biotechnology Journal	Reference génomes amin'ny karazana jute roa novolena
2021	Plant Biotechnology Journal	Sonia génomika amin'ny legioma sy menaka allopolyploid Brassicajuncea ary loci génétique manara-maso ny fanangonana glucosinolates
2019	Plant molecular	Ny famerimberenan'ny génome manontolo amin'ny fanangonana eran'izao tontolo izao amin'ny fidirana amin'ny fanolanana dia manambara ny fototarazony amin'ny fahasamihafan'ny ecotype azy
2022	Fikarohana momba ny fambolena	Ny famakafakana ny fikambanan'ny genome-wide dia manome fomba fijery molekiola momba ny fiovaovan'ny voajanahary amin'ny haben'ny voan'ny pasteky
2021	Journal of Experimental Botany	Ny fandalinana ny fikambanana Genome-wide dia mamaritra ny variana amin'ny GhSAD1 manome fandeferana mangatsiaka amin'ny landihazo
2021	Journal of Experimental Botany	Ny fanadihadiana momba ny fikambanan'ny genome sy ny fampitahana transcriptome dia manambara ny QTL vaovao sy ny fototarazo kandida izay mifehy ny haben'ny petal amin'ny fanolanana.