Zavamaniry/biby De Novo Genome Sequencing
Tombontsoa amin'ny serivisy
Fampandrosoana sehatra sequencing sy bioinformatics amin'nyde novofivorian'ny genome
(Amarasinghe SL et al.,Genome Biology, 2020)
● Manangana génome vaovao sy manatsara ny génome reference efa misy ho an'ireo karazana mahaliana.
● Avo kokoa ny fahitsiana, fitohizana ary fahafenoana amin'ny fivoriambe
● Manangana loharano fototra ho an'ny fikarohana amin'ny polymorphisme filaharana, QTLs, fanovana fototarazo, fiompiana, sns.
● Fitaovana feno amin'ny sehatra filaharan'ny taranaka fahatelo: vahaolana fivorian'ny genome tokana tokana
● Paikady filaharana sy famoriam-bola mahafa-po mahafeno ny fototarazo samihafa misy endri-javatra samihafa
● Ekipa bioinformaticien tena mahay manana traikefa tsara amin'ny fivorian'ny génomé complexes, ao anatin'izany ny polyploids, génomes goavambe, sns.
● Tranga mahomby mihoatra ny 100 miaraka amin'ny anton-javatra fiantraika avoakan'ny 900 mahery
● Ny fotoana fihodinana haingana toy ny 3 volana ho an'ny fivorian'ny génomôma ambaratongan'ny krômôzôma.
● Fanohanana ara-teknika mivaingana miaraka amin'ny andiana patanty sy zon'ny mpamorona rindrambaiko amin'ny lafiny andrana sy bioinformatics.
Service Specifications
|
Votoaty
|
Platform
|
Famakiana Halava
|
mikasika ny
|
| Fanadihadiana Genome
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genome sequencing
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Reads
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Ny fandehan'ny asa
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
| karazana | sela | Ho an'ny PacBio | Ho an'ny Nanopore |
| BIBY | Ny taova visceral (atiny, spleen, sns.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| hozatra | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Rà biby mampinono | ≥ 1,5 mL | ≥ 5,0 mL | |
| Rà trondro na vorona | ≥ 0,2 mL | ≥ 0,5 mL | |
| ZAVAMANIRY | Ravinkazo vaovao | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Petal na taho | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Fakan-kazo na voa | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| sela | Kolontsaina sela | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Ho an'ny ankamaroan'ny santionany dia manoro hevitra izahay mba tsy hitehirizana ao anaty ethanol.
Fametahana santionany: Ny santionany dia mila asiana marika mazava tsara ary mitovy amin'ny taratasy fampahalalana santionany natolotra.
Fandefasana: ranomandry maina: Mila atao anaty kitapo aloha ny santionany ary alevina ao anaty ranomandry maina.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana ADN
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
*Ny valin'ny demo aseho eto dia avy amin'ny génome navoaka miaraka amin'ny Biomarker Technologies
1.Circos amin'ny fivorian'ny génomôma ambaratongan'ny krômôzômaG. rotundifoliumby Nanopore sequencing platform
Wang M et al.,Biolojia Molecular sy Evolisiona, 2021
2. Statistique momba ny fivorian'ny génomérie Weining rye sy ny fanamarihana
Li G et al.,Nature Genetics, 2021
3. Faminanian'ny fototarazo nySechium edulegenome, azo avy amin'ny fomba faminaniana telo:De novofaminaniana, faminaniana mifototra amin'ny homolojia ary vinavina mifototra amin'ny angona RNA-Seq
Fu A et al.,Fikarohana momba ny fambolena, 2021
4. Famantarana ny terminal lava tsy misy dikany dia miverimberina amin'ny génome landihazo telo
Wang M et al.,Biolojia Molecular sy Evolisiona, 2021
5.Hi-C hafanana sarintany nyC. acuminatagénome mampiseho ny génome-wide all-by-all fifaneraserana.Ny hamafin'ny fifandraisana Hi-C dia mifandanja amin'ny halaviran-dalana eo anelanelan'ny contigs.Ny tsipika mahitsy madio amin'ity sarintanin'ny hafanana ity dia manondro fa misy fifantohana tsara amin'ny krômôzôma.(Contig tahan'ny vatofantsika: 96.03%)
kang M et al.,Nature Communications,2021
BMK Case
Ny fivorian'ny genome avo lenta dia manasongadina ny toetran'ny génomika rye sy ny fototarazo manan-danja amin'ny fambolena
Navoaka: Nature Genetics, 2021
Paikady filaharana:
Fivoriambe genome: PacBio CLR maody miaraka amin'ny tranomboky 20 kb (497 Gb, manodidina ny 63×)
Fanitsiana filaharana: NGS misy tranomboky ADN 270 bp (430 Gb, eo ho eo 54×) eo amin'ny sehatra Illumina
Contigs vatofantsika: Hi-C tranomboky (560 Gb, eo ho eo. 71 ×) eo amin'ny sehatra Illumina
Sarintany optika: (779.55 Gb, eo ho eo 99×) amin'ny Bionano Irys
Vokatra lehibe
1. Nisy fivorian'ny Weining rye génome navoaka miaraka amin'ny haben'ny génomé totalin'ny 7.74 Gb (98.74% amin'ny haben'ny génome tombanana amin'ny cytometry mikoriana).Scaffold N50 amin'ity fivoriambe ity dia nahatratra 1.04 Gb.Ny 93,67% amin'ny contigs dia nahomby tamin'ny 7 pseudo-chromosomes.Ity fivoriambe ity dia nodinihina tamin'ny alàlan'ny sarintany fifandraisana, LAI ary BUSCO, izay niteraka naoty ambony tamin'ny fanombanana rehetra.
2. Fanadihadiana fanampiny momba ny génomika fampitahana, sarintany mifandray amin'ny fototarazo, fanadihadiana momba ny transcriptomics dia natao tamin'ny fototry ity génomika ity.Nisy andianà endri-javatra mifandraika amin'ny génomika naseho, anisan'izany ny dika mitovy amin'ny fototarazo sy ny fiantraikany amin'ny fototarazo biosynthesis;Ny fandaminana ara-batana ny loci prolamin complex, ny fanehoana ny fototarazo dia manasongadina ny toetran'ny lohateniny tany am-boalohany sy ny faritra krômôzôma mifandraika amin'ny trano fonenana ary ny loci amin'ny rye.
 Diagram Circos momba ny endri-javatra génomika amin'ny génome Weining rye |  Fanadihadiana momba ny evolisiona sy chromosome synteny momba ny genome rye |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Ny fivorian'ny genome avo lenta dia manasongadina ny toetran'ny génomika rye sy ny fototarazo manan-danja amin'ny fambolena.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
