ସମ୍ପୁର୍ଣ୍ଣ ଜେନୋମ ରିସେକ୍ୟୁନିଂ |
SARS-CoV-2 ର ଜେନୋମିକ୍ସ ମନିଟରିଂ ଏକ Nsp1 ବିଲୋପ ପ୍ରକାରକୁ ଉନ୍ମୁକ୍ତ କରେ ଯାହା I ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟାକୁ ମୋଡ୍ୟୁଲେଟ୍ କରିଥାଏ |
ନାନୋପୋର |ଇଲୁମିନା |ସମ୍ପୁର୍ଣ୍ଣ ଜିନୋମ ପୁନ qu ନିର୍ମାଣ | |ମେଟେଜେନୋମିକ୍ସ |RNA-Seq |ସେଞ୍ଜର |
ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ନମୁନା କ୍ରମରେ ବ technical ଷୟିକ ସହାୟତା ପ୍ରଦାନ କରେ |
ହାଇଲାଇଟ୍ସ |
1.SARS-CoV-2 ଜିନୋମ କ୍ରମ ଏବଂ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣରେ 31 ଟି SNP ଏବଂ 4 ଟି ଇଣ୍ଡେଲ୍ସ ସହିତ 35 ଟି ପୁନରାବୃତ୍ତି ପରିବର୍ତ୍ତନକୁ ଚିହ୍ନଟ କରେ |
117 କ୍ଲିନିକାଲ୍ ଫେନୋଟାଇପ୍ ସହିତ ଆସୋସିଏସନ ସମ୍ଭାବ୍ୟତା ପ୍ରକାଶ କରେ |
ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପରିବର୍ତ୍ତନ
Nsp1 କୋଡିଂ ଅଞ୍ଚଳରେ ∆500-532 ନିମ୍ନ ଭାଇରାଲ୍ ସହିତ ସଂଯୁକ୍ତ |
3. ଲୋଡ୍ ଏବଂ ସେରମ୍ IFN-β |
4. ଭାଇରାଲ୍ ∆500-532 ମ୍ୟୁଟେସନ୍ ସହିତ ନିମ୍ନ IFN-I କୁ ପ୍ରବର୍ତ୍ତାଏ |
ସଂକ୍ରମିତ କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା |
ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ଡିଜାଇନ୍ |
ସଫଳତା
1. COVID-19 ମହାମାରୀ ଏବଂ ଜେନୋମିକ୍ ନୀରିକ୍ଷଣ |
ଜାନୁଆରୀ 22, 2020 ରୁ ଫେବୃଆରୀ 20, 2020 ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଚାଇନାର ସିଚୁଆନ୍ ପ୍ରଦେଶରେ କ୍ଲିନିକାଲ୍ ତଥ୍ୟ ସଂଗ୍ରହ କରାଯାଇଥିଲା। ସିଚୁଆନ୍ରେ qPCR ପରୀକ୍ଷା ଦ୍ total ାରା ସମୁଦାୟ 538 COVID-19 ମାମଲା ନିଶ୍ଚିତ କରାଯାଇଥିଲା, ଯାହାର 28.8% ପ୍ରଦେଶର ଥିଲା। ପୁଞ୍ଜିସିଚୁଆନ୍ରେ ନିଶ୍ଚିତ ହୋଇଥିବା ମାମଲାଗୁଡ଼ିକ ଜାନୁଆରୀ 30 ରେ ବୃଦ୍ଧି ପାଇ ଶୀଘ୍ର ବୃଦ୍ଧି ପାଇଲା |ଆହୁରି ମଧ୍ୟ, ତଥ୍ୟ ସମର୍ଥିତ ଯେ ଜୀବାଣୁ ବିସ୍ତାରକୁ ରୋକିବାରେ ସାମାଜିକ ଦୂରତା ଏକ ପ୍ରମୁଖ କାରଣ ହୋଇପାରେ |
ଚିତ୍ର 1. ଚାଇନାର ସିଚୁଆନ୍ ପ୍ରଦେଶରେ COVID-19 ର ମହାମାରୀଣ ଅଧ୍ୟୟନ |
2. SARS-CoV-2 ଜିନୋମ ନିର୍ମାଣ ଏବଂ ପ୍ରକାର ଚିହ୍ନଟ |
ମଲ୍ଟିପ୍ଲେକ୍ସ PCR ଆମ୍ଲିଫିକେସନ୍ ସହିତ ନାନୋପୋର କ୍ରମ ସହିତ, 248 ରୋଗୀଙ୍କ ମଧ୍ୟରୁ ସମୁଦାୟ 310 ପାଖାପାଖି କିମ୍ବା ଆଂଶିକ-ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ ଜେନୋମ ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିଲା |10 ଟି ପ by ଼ା ଦ୍ୱାରା ଆଚ୍ଛାଦିତ 80% ଜେନୋମ (ହାରାହାରି ଗଭୀରତା: ପ୍ରତି ନମୁନାରେ 0.39 M ପ s ଼ାଯାଏ) |
ଚିତ୍ର 2. ସିଚୁଆନ୍ କୋହର୍ଟରେ ପ୍ରତ୍ୟେକ ପ୍ରକାରର ଫ୍ରିକ୍ୱେନ୍ସି |
SARS-CoV-2 ଜେନୋମରୁ ସମୁଦାୟ 104 SNPs ଏବଂ 18 Indels ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା, ଯେଉଁଥିରେ 31 SNPs ଏବଂ 4 Indels କୁ ବାରମ୍ବାର ଜେନେଟିକ୍ ଭେରିଏଣ୍ଟସ୍ ଭାବେ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |ୱୁହାନ୍ର 169 ନମୁନା ସହିତ ଏବଂ GISAID ରେ 81,391 ଉଚ୍ଚ-ଗୁଣାତ୍ମକ ପବ୍ଲିଚ୍ ଜିନୋମ୍ କ୍ରମ ସହିତ ତୁଳନା କରି, ଅନ୍ୟ ମହାଦେଶରେ ଉପସ୍ଥାପିତ ହୋଇଥିବା 35 ଟି ପ୍ରକାର ମଧ୍ୟରୁ 29 ଟି |ଉଲ୍ଲେଖଯୋଗ୍ୟ, four500-532, ACC18108AT, ∆729-737 ଏବଂ T13243C ସହିତ ଚାରୋଟି ପ୍ରକାର, କେବଳ ସିଚୁଆନ୍ ଏବଂ ୱୁହାନରେ ଉପସ୍ଥାପିତ ହୋଇଥିଲା ଏବଂ GISAID ତଥ୍ୟରେ ଅନୁପସ୍ଥିତ ଥିଲା, ଯାହା ସୂଚାଇଥାଏ ଯେ ଏହି ପ୍ରକାରଗୁଡ଼ିକ ୱୁହାନରୁ ଉତ୍ପନ୍ନ ହେବାର ସମ୍ଭାବନା ଥାଏ | ରୋଗୀଙ୍କ ଭ୍ରମଣ ରେକର୍ଡ |
ସର୍ବାଧିକ ସମ୍ଭାବନା (ML) ପଦ୍ଧତି ଏବଂ ବାଇସିଆନ୍ ମଲିକୁଲାର ଘଣ୍ଟା ଆଭିମୁଖ୍ୟ ସହିତ ବିବର୍ତ୍ତନ ବିଶ୍ଳେଷଣ 88 ଟି ନୂତନ ଜୀବାଣୁ ସିଫୁଆନ୍ ଏବଂ 250 ଟି କ୍ୟୁରେଟେଡ୍ ଜେନୋମ ଉପରେ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା |∆500-532 ସହିତ ଜେନୋମଗୁଡିକ (Nsp1 କୋଡିଂ ଅଞ୍ଚଳରେ ବିଲୋପ) ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଗଛରେ ଅଳ୍ପ ବିତରଣ ହୋଇଥିବା ଦେଖିବାକୁ ମିଳିଥିଲା |Nsp1 ପ୍ରକାରଗୁଡିକ ଉପରେ ହାପ୍ଲୋଟାଇପ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ ସେମାନଙ୍କ ମଧ୍ୟରୁ 5 ଟି ଏକାଧିକ ସହରରୁ ଚିହ୍ନଟ କଲା |ଏହି ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ପରାମର୍ଶ ଦେଇଛି ଯେ multiple500-532 ଏକାଧିକ ସହରରେ ଘଟିଛି ଏବଂ ୱୁହାନରୁ ଏକାଧିକ ଥର ଆମଦାନୀ ହୋଇପାରେ |
ଚିତ୍ର 2. SARS-CoV-2 ଜିନୋମରେ ବାରମ୍ବାର ଜେନେଟିକ୍ ପ୍ରକାର ଏବଂ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
3. କ୍ଲିନିକାଲ୍ ପ୍ରଭାବ ସହିତ ବାରମ୍ବାର ଜେନେଟିକ୍ ପ୍ରକାରର ଆସୋସିଏସନ |
117 କ୍ଲିନିକାଲ୍ ଫେନୋଟାଇପ୍ COVID-19 ଗମ୍ଭୀରତା ସହିତ ଜଡିତ ଥିଲା, ଯେଉଁଠାରେ 19 ଗମ୍ଭୀରତା ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଫେନୋଟାଇପ୍ ଗମ୍ଭୀର ଏବଂ ଅଣ-ଗୁରୁତର ଗୁଣରେ ବିଭକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା |ଏହି ଗୁଣଗୁଡିକ ଏବଂ 35 ଟି ପୁନରାବୃତ୍ତି ଜେନେଟିକ୍ ପ୍ରକାରଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ପର୍କ ଦ୍ୱି-କ୍ଲଷ୍ଟର ହିଟମ୍ୟାପରେ ଭ୍ୟୁଆଲାଇଜ୍ ହୋଇଥିଲା |ଏକ GSEA ପରି ର୍ୟାଙ୍କିଙ୍ଗ୍ ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ ∆500-532 ରକ୍ତରେ ESR, ସେରମ୍ IFN-β ଏବଂ CD3 + CD8 + T କୋଷ ଗଣନା ସହିତ ନକାରାତ୍ମକ ସମ୍ବନ୍ଧିତ |ଅଧିକନ୍ତୁ, qPCR ପରୀକ୍ଷଣରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ ∆500-532 ଜୀବାଣୁ ସଂକ୍ରମିତ ରୋଗୀଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ସର୍ବାଧିକ Ct ମୂଲ୍ୟ ଅଛି, ଅର୍ଥାତ୍ ସର୍ବନିମ୍ନ ଭାଇରାଲ୍ ଲୋଡ୍ |
ଚିତ୍ର 3. କ୍ଲିନିକାଲ୍ ଫେନୋଟାଇପ୍ ସହିତ 35 ଟି ପୁନରାବୃତ୍ତି ଜେନେଟିକ୍ ପ୍ରକାରର ଆସୋସିଏସନ୍ |
4. ଭାଇରାଲ୍ ମ୍ୟୁଟେସନ୍ ସହିତ ଜଡିତ କ୍ଲିନିକାଲ୍ ଫେନୋଟାଇପ୍ ଉପରେ ବ id ଧତା |
Nsp1 କାର୍ଯ୍ୟଗୁଡ଼ିକ ଉପରେ ∆500-532 ର ପ୍ରଭାବକୁ ବୁ to ିବା ପାଇଁ, HEK239T କୋଷଗୁଡ଼ିକ ପ୍ଲାଜାମିଡ୍ ସହିତ ପୂର୍ଣ୍ଣ-ଲମ୍ବ, WT Nsp1 ଏବଂ ଡିଲିଟେସନ୍ ସହିତ ମ୍ୟୁଟାଣ୍ଟ ଫର୍ମକୁ ସଂକ୍ରମିତ କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରତ୍ୟେକ ଚିକିତ୍ସିତ HEK239T କୋଷଗୁଡ଼ିକର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ପ୍ରୋଫାଇଲଗୁଡିକ PCA ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା, ଯାହା ଦର୍ଶାଏ ଯେ ବିଲୋପ ମ୍ୟୁଟାଣ୍ଟଗୁଡ଼ିକ ଅପେକ୍ଷାକୃତ ନିକଟତର ଏବଂ WT Nsp1 ଠାରୁ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ |ଜିନ୍ ଗୁଡିକ ଯାହା ମ୍ୟୁଟାଣ୍ଟରେ ଗୁରୁତ୍ up ପୂର୍ଣ ଭାବରେ ନିୟନ୍ତ୍ରିତ ହୋଇଥିଲା, ତାହା ମୁଖ୍ୟତ ““ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ / ମେଟାବୋଲିକ୍ ପ୍ରକ୍ରିୟା ”,“ ରିବନୁକ୍ଲାପ୍ରୋଟେନ୍ ଜଟିଳ ବାୟୋଜେନେସିସ୍ ”,“ ମେମ୍ବ୍ରେନ୍ / ER କୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ କରୁଥିବା ପ୍ରୋଟିନ୍ ”ଇତ୍ୟାଦିରେ ସମୃଦ୍ଧ ହୋଇଥିଲା |
ଚିତ୍ର 4. WT Nsp1 ଦ୍ୱାରା ଟ୍ରାନ୍ସଫେକ୍ଟ ହୋଇଥିବା HEK239T କୋଷଗୁଡ଼ିକ ଉପରେ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏବଂ ବିଲୋପ ସହିତ |
IFN-1 ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ବିଲୋପନର ପ୍ରଭାବ ମଧ୍ୟ ଅତ୍ୟଧିକ ଚାପଗ୍ରସ୍ତ ଅଧ୍ୟୟନରେ ପରୀକ୍ଷା କରାଯାଇଥିଲା |ଉଭୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ସ୍ତର ଏବଂ ପ୍ରୋଟିନ୍ ସ୍ତରରେ ଟ୍ରାନ୍ସଫେକ୍ଟ ହୋଇଥିବା HEK239T ଏବଂ A549 କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ IFN-1 ରିପୋନ୍ସକୁ ହ୍ରାସ କରିବାକୁ ସମସ୍ତ ପରୀକ୍ଷିତ ବିଲୋପନଗୁଡିକ ଦର୍ଶାଯାଇଥିଲା |କ Interest ତୁହଳର ବିଷୟ, ବିଲୋପଗୁଡ଼ିକରେ ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ଭାବରେ ନିୟନ୍ତ୍ରିତ ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକ “ଜୀବାଣୁ ପ୍ରତି ପ୍ରତିରକ୍ଷା ପ୍ରତିକ୍ରିୟା”, “ଭାଇରାଲ୍ ଜିନୋମ ନକଲ”, “RNA ପଲିମେରେଜ୍ ଦ୍ by ାରା ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ” ଏବଂ “ଟାଇପ୍ I ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍” ରେ ସମୃଦ୍ଧ ହୋଇଥିଲା |
ଚିତ୍ର 5. ∆500-532 ମ୍ୟୁଟାଣ୍ଟରେ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ସିଗନାଲ୍ ପଥଗୁଡିକର ନିମ୍ନ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ |
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ, ଭାଇରାଲ୍ ସଂକ୍ରମଣ ଅଧ୍ୟୟନ ଦ୍ these ାରା ଏହି ବିଲୋପନର ପ୍ରଭାବ ଅଧିକ ପ୍ରମାଣିତ ହୋଇଥିଲା |ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ମ୍ୟୁଟାଣ୍ଟ ସହିତ ଜୀବାଣୁ କ୍ଲିନିକାଲ୍ ନମୁନାରୁ ଅଲଗା ହୋଇ କାଲୁ -3 କୋଷରେ ସଂକ୍ରମିତ ହୋଇଥିଲେ |ଭାଇରାଲ୍ ସଂକ୍ରମଣ ଅଧ୍ୟୟନର ବିସ୍ତୃତ ଫଳାଫଳ କାଗଜରେ ପ be ାଯାଇପାରିବ |
doi:10.1016 / j.chom.2021.01.015
ସନ୍ଦର୍ଭ
ଲିନ୍ ଜେ, ଟାଙ୍ଗ୍ ସି, ୱାଇ ଏଚ୍, ଇତ୍ୟାଦି |SARS-CoV-2 ର ଜେନୋମିକ୍ ମନିଟରିଂ ଏକ Nsp1 ବିଲୋପ ପ୍ରକାରକୁ ଖୋଲିଥାଏ ଯାହା I ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟାକୁ ମୋଡ୍ୟୁଲେଟ୍ କରିଥାଏ |ସେଲ୍ ହୋଷ୍ଟ ଏବଂ ମାଇକ୍ରୋବ, 2021
ସମ୍ବାଦ ଏବଂ ହାଇଲାଇଟ୍ | ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ସହିତ ଅତ୍ୟାଧୁନିକ ସଫଳ ମାମଲା ବାଣ୍ଟିବା, ଉପନ୍ୟାସ ବ scientific ଜ୍ଞାନିକ ସଫଳତା ଏବଂ ଅଧ୍ୟୟନ ସମୟରେ ପ୍ରୟୋଗ କରାଯାଇଥିବା ବିଶିଷ୍ଟ କ ques ଶଳଗୁଡ଼ିକୁ କ୍ୟାପଚର କରିବା |
ପୋଷ୍ଟ ସମୟ: ଜାନୁଆରୀ -06-2022 |