DNA / RNA କ୍ରମ -PacBio Sequencer |
ବ Features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକ
ପ୍ୟାକ୍ବିଓ ସିକ୍ୱେନ୍ସର ଦୁଇଟି ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ମୋଡ୍: କ୍ରମାଗତ ଲଙ୍ଗ୍ ରିଡ୍ (CLR) ଏବଂ ସର୍କୁଲାର୍ କନସ୍ୟୁଏନ୍ସ ରିଡ୍ (CCS) |
| କ୍ରମ ଧାରା | | ଲାଇବ୍ରେରୀ ଆକାର | | ତତ୍ତ୍ୱଗତ ତଥ୍ୟ |ଅମଳ (ପ୍ରତି ସେଲ୍) | ଏକକ-ଆଧାର |ସଠିକତା | ପ୍ରୟୋଗଗୁଡ଼ିକ |
| CLR | 20Kb, 30Kb, ଇତ୍ୟାଦି | | 80 Gb ରୁ 130 Gb | ପାଖାପାଖି85% | ଡି ନୋଭୋ |, SV କଲିଂ, ଇତ୍ୟାଦି | |
| CCS | 15-20 Kb | 14 ରୁ 40 Gb / cell (CCS) | ପାଖାପାଖି99% | ଡି ନୋଭୋ |, SNP / Indel / SV କଲିଂ, ଇସୋ-ସେକ୍, |
ସେବା ସୁବିଧା
Øବିଭିନ୍ନ ପ୍ରଜାତି ସହିତ ହଜାର ହଜାର ବନ୍ଦ ପ୍ରକଳ୍ପ ସହିତ ପ୍ୟାକ୍ବିଓ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମରେ 7 ବର୍ଷରୁ ଅଧିକ ଅଭିଜ୍ଞତା |
Øଅତ୍ୟାଧୁନିକ ପ୍ୟାକ୍ବିଓ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ସହିତ ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ସଜ୍ଜିତ, ପର୍ଯ୍ୟାପ୍ତ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଥ୍ରୋପପୁଟ୍ ଗ୍ୟାରେଣ୍ଟି ଦେବା ପାଇଁ ସିକ୍ୱେଲ୍ II |
Øଦ୍ରୁତ ଗତିରେ ସମୟ, ଅଧିକ ତଥ୍ୟ ଉତ୍ପାଦନ ଏବଂ ଅଧିକ ସଠିକ୍ ତଥ୍ୟ |
Øଶହ ଶହ ଉଚ୍ଚ-ପ୍ରଭାବ PacBio- ଆଧାରିତ ପ୍ରକାଶନରେ ଯୋଗଦାନ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା |
| ନମୁନା ପ୍ରକାର | | ପରିମାଣ | ଏକାଗ୍ରତା （Qubit®） | ଭଲ୍ୟୁମ୍ | ଶୁଦ୍ଧତା | ଅନ୍ୟମାନେ | |
| ଜେନୋମିକ୍ DNA | | ଡାଟା ଆବଶ୍ୟକତା ଉପରେ ନିର୍ଭର କରେ | | ≥20 ng / μl | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.6-2.3; OD260 / 230 = 1.5-2.5 ； 260 nm at ଶିଖରକୁ ସଫା କରନ୍ତୁକ no ଣସି ପ୍ରଦୂଷଣ ନାହିଁ | | କ୍ୟୁବିଟ୍ ଏବଂ କ୍ୟୁବିଟ୍ / ନାନୋପୋର = 0.8-2.0 ଦ୍ୱାରା ଏକାଗ୍ରତା ମାପିବା ଆବଶ୍ୟକ | |
| ସମୁଦାୟ RNA | | .51.5μg | ≥40 ng / μl | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.5; OD260 / 230 = 0.5-2.5 ；କ no ଣସି ପ୍ରଦୂଷଣ ନାହିଁ | | RIN ମୂଲ୍ୟ ≥7.5 |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ନମୁନା ପ୍ରସ୍ତୁତି |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ପ୍ରକଳ୍ପ ବିତରଣ
1. ଘର ଭିତରର ଡାଟା ଅମଳ |
63 CCS କୋଷରୁ ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା ତଥ୍ୟ (26 ପ୍ରଜାତିରୁ)
| ଡାଟା-ପ୍ୟାକ୍ବିଓ- CCS-15 Kb | ହାରାହାରି | ସର୍ବାଧିକ | ମିନିଟ୍ | ମଧ୍ୟମ |
| ଅମଳ - ସବ୍ରେଡ୍ (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| ପଲିମେରେଜ୍ N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| ସବ୍ରେଡ୍ N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| ହାରାହାରି ଦ length ର୍ଘ୍ୟ-ପଲିମେରେଜ୍ | | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| ହାରାହାରି ଲମ୍ବ-ସବ୍ରେଡ୍ | | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| ହାରାହାରି ଦ length ର୍ଘ୍ୟ- CCS | | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 ଟି CLR କୋଷରୁ ତଥ୍ୟ (76 ପ୍ରଜାତିରୁ)
| DATA-Pacbio-CLR-30Kb | | ହାରାହାରି | ସର୍ବାଧିକ | ମିନିଟ୍ | ମଧ୍ୟମ |
| ଅମଳ - ସବ୍ରେଡ୍ (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| ପଲିମେରେଜ୍ N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| ସବ୍ରେଡ୍ N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| ହାରାହାରି ଦ length ର୍ଘ୍ୟ-ପଲିମେରେଜ୍ | | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| ହାରାହାରି ଲମ୍ବ-ସବ୍ରେଡ୍ | | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. ଡାଟା QC - ଡେମୋ |ତଥ୍ୟ ଅମଳ ଉପରେ ପରିସଂଖ୍ୟାନ |
| ନମୁନା | | ccs ସଂଖ୍ୟା ପ Read ଼େ | | ସମୁଦାୟ ccs ଆଧାର (bp) | ccs N50 ପ b ଼େ (bp) | ccs ଅର୍ଥ ଲମ୍ବ (bp) | ccs ଦୀର୍ଘତମ ପଠନ (bp) | ସବ୍ରେଡ୍ ବେସ୍ (bp) | ccs ହାର (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
ଏକ କୋଟ୍ ପାଆନ୍ତୁ |
ତୁମର ବାର୍ତ୍ତା ଏଠାରେ ଲେଖ ଏବଂ ଆମକୁ ପଠାନ୍ତୁ |
