ମେଟେଜେନୋମିକ୍ କ୍ରମ (NGS)
ସେବା ସୁବିଧା
Øମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ପାଇଁ ବିଚ୍ଛିନ୍ନତା ଏବଂ ଚାଷମୁକ୍ତ |
Øପରିବେଶ ନମୁନାରେ ସ୍ୱଳ୍ପ ପ୍ରଚୁର ପ୍ରଜାତି ଚିହ୍ନଟ କରିବାରେ ଉଚ୍ଚ ରେଜୋଲୁସନ |
Ø“ମେଟା-” ର ଧାରଣା କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ସ୍ତର, ପ୍ରଜାତି ସ୍ତର ଏବଂ ଜିନ୍ ସ୍ତରରେ ସମସ୍ତ ଜ ological ବିକ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟକୁ ଏକତ୍ର କରିଥାଏ, ଯାହା ବାସ୍ତବତାର ନିକଟତର ଏକ ଗତିଶୀଳ ଦୃଶ୍ୟକୁ ପ୍ରତିଫଳିତ କରିଥାଏ |
ØBMK 10,000 ରୁ ଅଧିକ ନମୁନା ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ ସହିତ ବିଭିନ୍ନ ନମୁନା ପ୍ରକାରରେ ବୃହତ ଅଭିଜ୍ଞତା ସଂଗ୍ରହ କରେ |
ସେବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ |
| କ୍ରମପ୍ଲାଟଫର୍ମ | | ଲାଇବ୍ରେରୀ | | ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ତଥ୍ୟ ଉତ୍ପାଦନ | | ଆନୁମାନିକ ଟର୍ନ-ଟର୍ନ ସମୟ | |
| ଇଲୁମିନା ନୋଭା ସେକ୍ 6000 | | PE250 | 50K / 100K / 300K ଟ୍ୟାଗ୍ | | 30 ଦିନ |
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
üକଞ୍ଚା ତଥ୍ୟ ଗୁଣବତ୍ତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ |
üମେଟେଜେନୋମ୍ ଆସେମ୍ବଲି |
üଅନାବଶ୍ୟକ ଜିନ୍ ସେଟ୍ ଏବଂ ଟିପ୍ପଣୀ |
üପ୍ରଜାତିର ବିବିଧତା ବିଶ୍ଳେଷଣ |
üଜେନେଟିକ୍ ଫଙ୍କସନ୍ ବିବିଧତା ବିଶ୍ଳେଷଣ |
üଆନ୍ତ group- ଗୋଷ୍ଠୀ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
üପରୀକ୍ଷାମୂଳକ କାରଣଗୁଡିକ ବିରୁଦ୍ଧରେ ଆସୋସିଏସନ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
ପାଇଁଡିଏନ୍ଏ ନିର୍ବାହ |:
| ନମୁନା ପ୍ରକାର | | ପରିମାଣ | ଏକାଗ୍ରତା | | ଶୁଦ୍ଧତା |
| ଡିଏନ୍ଏ ନିର୍ବାହ | | ＞ 30 ng | Ng 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
ପରିବେଶ ନମୁନା ପାଇଁ:
| ନମୁନା ପ୍ରକାର | | ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ନମୁନା ପ୍ରକ୍ରିୟା | |
| ମାଟି | ନମୁନା ପରିମାଣ: ପାଖାପାଖି |5 g;ଅବଶିଷ୍ଟ ଶୁଖିଲା ପଦାର୍ଥକୁ ଭୂପୃଷ୍ଠରୁ ବାହାର କରିବା ଆବଶ୍ୟକ;ବଡ଼ ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକୁ ଗ୍ରାଇଣ୍ଡ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ 2 ମିମି ଫିଲ୍ଟର୍ ଦେଇ ଯାଆନ୍ତୁ;ସଂରକ୍ଷଣ ପାଇଁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଇପି-ଟ୍ୟୁବ୍ କିମ୍ବା ସାଇରୋଟ୍ୟୁବରେ ଆଲିକଟ୍ ନମୁନା | |
| ମଳ | ନମୁନା ପରିମାଣ: ପାଖାପାଖି |5 g;ସଂରକ୍ଷଣ ପାଇଁ ନିର୍ଜଳ ଇପି-ଟ୍ୟୁବ୍ କିମ୍ବା କ୍ରାଇଟ୍ୟୁବରେ ନମୁନା ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ | |
| ଅନ୍ତନଳୀ ବିଷୟବସ୍ତୁ | | ଆସେପ୍ଟିକ୍ ଅବସ୍ଥାରେ ନମୁନାଗୁଡିକ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯିବା ଆବଶ୍ୟକ |ସଂଗୃହିତ ଟିସୁକୁ PBS ସହିତ ଧୋଇ ଦିଅ;ପିବିଏସ୍ କୁ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ଇପି-ଟ୍ୟୁବରେ ପୂର୍ବଜଳ ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ | |
| କାଦୁଅ | | ନମୁନା ପରିମାଣ: ପାଖାପାଖି |5 g;ସଂରକ୍ଷଣ ପାଇଁ ଷ୍ଟେରାଇଲ୍ ଇପି-ଟ୍ୟୁବ୍ କିମ୍ବା କ୍ରାଇଟ୍ୟୁବରେ ସ୍ଲାଇଜ୍ ନମୁନା ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ | |
| ଜଳବାୟୁ | ସୀମିତ ପରିମାଣର ମାଇକ୍ରୋବାୟାଲ୍ ସହିତ ନମୁନା ପାଇଁ, ଯେପରିକି ଟ୍ୟାପ୍ ୱାଟର୍, କୂଅ ପାଣି ଇତ୍ୟାଦି, ଅତି କମରେ 1 L ପାଣି ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ମେମ୍ବ୍ରେନ୍ ଉପରେ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମୃଦ୍ଧ କରିବା ପାଇଁ 0.22 μm ଫିଲ୍ଟର ଦେଇ ଯାଆନ୍ତୁ |ମେମ୍ବ୍ରାନକୁ ଷ୍ଟେରାଇଲ୍ ଟ୍ୟୁବରେ ରଖନ୍ତୁ | |
| ଚର୍ମ | ଚର୍ମ ପୃଷ୍ଠକୁ ଯତ୍ନର ସହିତ ନିର୍ଜଳ ସୂତା ସ୍ ab ାବ୍ କିମ୍ବା ସର୍ଜିକାଲ୍ ବ୍ଲେଡ୍ ସହିତ ସ୍କ୍ରାପ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ଏହାକୁ ନିର୍ଜଳ ଟ୍ୟୁବରେ ରଖନ୍ତୁ | |
ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ନମୁନା ବିତରଣ |
ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନରେ ନମୁନାକୁ 3-4 ଘଣ୍ଟା ପାଇଁ ଫ୍ରିଜ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନ୍ କିମ୍ବା -80 ଡିଗ୍ରୀରେ ଦୀର୍ଘକାଳୀନ ସଂରକ୍ଷଣ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ସଂରକ୍ଷଣ କରନ୍ତୁ |ଶୁଖିଲା ବରଫ ସହିତ ନମୁନା ପରିବହନ ଆବଶ୍ୟକ |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
1. ହିଷ୍ଟୋଗ୍ରାମ୍: ପ୍ରଜାତିର ବଣ୍ଟନ |
2. କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଜିନ୍ ଗୁଡିକ KEGG ମେଟାବୋଲିକ୍ ପଥରେ ଟିପ୍ପଣୀ |
3. ହଟ୍ ମାନଚିତ୍ର: ଆପେକ୍ଷିକ ଜିନ୍ ପ୍ରଚୁରତା ଉପରେ ଆଧାର କରି ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ କାର୍ଯ୍ୟ |
4. କାର୍ଡ ଆଣ୍ଟିବାୟୋଟିକ୍ ପ୍ରତିରୋଧ ଜିନ୍ ର ସିର୍କୋସ୍ |
BMK କେସ୍ |
ମୃତ୍ତିକା-ମାଙ୍ଗ୍ରୋଭ୍ ମୂଳ କ୍ରମାଗତରେ ଆଣ୍ଟିବାୟୋଟିକ୍ ପ୍ରତିରୋଧ ଜିନ୍ ଏବଂ ଜୀବାଣୁ ଜନିତ ରୋଗର ପ୍ରାଦୁର୍ଭାବ |
ପ୍ରକାଶିତ:ଜର୍ଣ୍ଣାଲ୍ ଅଫ୍ ବିପଜ୍ଜନକ ସାମଗ୍ରୀ, 2021
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
ସାମଗ୍ରୀ: ମାଙ୍ଗ୍ରୋଭ୍ ମୂଳ ସହ ଜଡିତ ନମୁନାଗୁଡ଼ିକର ଚାରୋଟି ଖଣ୍ଡର DNA ନିର୍ବାହ: ଅନାବୃତ ମାଟି, ରାଇଜୋସାଇଫର୍, ଏପିସଫେର୍ ଏବଂ ଏଣ୍ଡୋସାଇଫର୍ କମ୍ପାର୍ଟମେଣ୍ଟସ୍ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: Illumina HiSeq 2500 |
ଲକ୍ଷ୍ୟଗୁଡିକ: ମେଟେଜେନୋମ୍ |
16S rRNA ଜିନ୍ V3-V4 ଅଞ୍ଚଳ |
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
ଆମ୍ବ ଆଣ୍ଟିବାୟୋଟିକ୍ ପ୍ରତିରୋଧ ଜିନ୍ (ARGs) ର ମାଟିରୁ ଉଦ୍ଭିଦ ମଧ୍ୟରେ ବିସ୍ତାରକୁ ଅଧ୍ୟୟନ କରିବା ପାଇଁ ମେଟାଗେନୋମିକ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ଏବଂ ମାଙ୍ଗ୍ରୋଭ୍ ଚାରା ର ମାଟି-ମୂଳ କ୍ରମାଗତ ଉପରେ ମେଟାବାର୍କୋଡିଂ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା |ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ତଥ୍ୟରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ 91.4% ଆଣ୍ଟିବାୟୋଟିକ୍ ପ୍ରତିରୋଧ ଜିନ୍ ସାଧାରଣତ above ଉପରୋକ୍ତ ସମସ୍ତ ଚାରିଟି ମୃତ୍ତିକା ବିଭାଗରେ ଚିହ୍ନିତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା ଏକ କ୍ରମାଗତ ଫ୍ୟାଶନ୍ ଦେଖାଇଥାଏ |16S rRNA ଆମ୍ପଲିକନ୍ କ୍ରମ 29,285 କ୍ରମ ସୃଷ୍ଟି କଲା, ଯାହାକି 346 ପ୍ରଜାତିର ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ |ଆମ୍ପଲିକନ୍ କ୍ରମ ଦ୍ species ାରା ପ୍ରଜାତିର ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ସହିତ ମିଶି, ଏହି ବିସ୍ତାର ମୂଳ-ଜଡିତ ମାଇକ୍ରୋବୋଏଟା ଠାରୁ ସ୍ be ାଧୀନ ବୋଲି ଜଣାପଡିଛି, ତଥାପି ଏହା ଜେନେଟିକ୍ ଉପାଦାନଗୁଡ଼ିକର ମୋବାଇଲ୍ ଦ୍ୱାରା ସହଜ ହୋଇପାରିବ |ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ଆର୍.ଜି. ଏବଂ ପାଥୋଜେନଗୁଡିକ ମାଟିରୁ ଉଦ୍ଭିଦ ମଧ୍ୟରେ ପରସ୍ପର ସହିତ ସଂଯୁକ୍ତ ମୃତ୍ତିକା-ମୂଳ ନିରନ୍ତର ମାଧ୍ୟମରେ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିଲା |
ସନ୍ଦର୍ଭ
ୱାଙ୍ଗ, ସି, ହୁ, ଆର, ମଜବୁତ, ପିଜେ, ଜୁଆଙ୍ଗ, ଡବ୍ଲୁ, ଏବଂ ଶୁ, ଏଲ୍।(2020)ଆଣ୍ଟିବାୟୋଟିକ୍ ପ୍ରତିରୋଧ ଜିନ୍ ଏବଂ ମାଟିରେ ମାଙ୍ଗ୍ରୋଭ୍ ରୁଟ୍ କଣ୍ଟିନ୍ୟୁମ୍ରେ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ ଜୀବାଣୁର ପ୍ରାଦୁର୍ଭାବ |ଜର୍ଣ୍ଣାଲ୍ ଅଫ୍ ବିପଜ୍ଜନକ ସାମଗ୍ରୀ, 408, 124985
