ବଲ୍କେଡ୍ ସେଗ୍ରେଗାଣ୍ଟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ସେବା ସୁବିଧା
ଟାକାଗି ଇତ୍ୟାଦି,ଉଦ୍ଭିଦ ପତ୍ରିକା |, 2013
Øସଠିକ୍ ଲୋକାଲାଇଜେସନ୍: ପୃଷ୍ଠଭୂମି ଶବ୍ଦକୁ କମ୍ କରିବାକୁ 30 + 30 ରୁ 200 + 200 ବ୍ୟକ୍ତିବିଶେଷଙ୍କ ସହିତ ବଲ୍କ ମିଶ୍ରଣ;ଅଣ-ସମକକ୍ଷ ମ୍ୟୁଟାଟାଣ୍ଟ-ଆଧାରିତ ପ୍ରାର୍ଥୀ ଅଞ୍ଚଳ ପୂର୍ବାନୁମାନ |
Øବିସ୍ତୃତ ବିଶ୍ଳେଷଣ: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ଇତ୍ୟାଦି ସହିତ ଗଭୀର ପ୍ରାର୍ଥୀ ଜିନ୍ ଫଙ୍କସନ୍ ଟିପ୍ପଣୀ |
Øଶୀଘ୍ର ଟର୍ନାରାଉଣ୍ଡ ସମୟ: 45 କାର୍ଯ୍ୟଦିବସ ମଧ୍ୟରେ ଦ୍ରୁତ ଜିନ୍ ଲୋକାଲାଇଜେସନ୍ |
Øବିସ୍ତୃତ ଅଭିଜ୍ଞତା: ଫସଲ, ଜଳଜାତ ଦ୍ରବ୍ୟ, ଜଙ୍ଗଲ, ଫୁଲ, ଫଳ ଇତ୍ୟାଦି ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକୁ ଆଚ୍ଛାଦନ କରି ହଜାର ହଜାର ଗୁଣ ଲୋକାଲାଇଜେସନ୍ରେ BMK ସହଯୋଗ କରିଛି |
ସେବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ |
ଜନସଂଖ୍ୟା:
ବିରୋଧୀ ଫେନୋଟାଇପ୍ ସହିତ ପିତାମାତାଙ୍କ ବଂଶକୁ ପୃଥକ କରିବା |
ଯଥା F2 ବଂଶ, ବ୍ୟାକ୍କ୍ରୋସିଂ (BC), ରେକମ୍ବିନାଣ୍ଟ ଇନବ୍ରେଡ୍ ଲାଇନ୍ (RIL)
ମିଶ୍ରଣ ପୁଲ୍ |
ଗୁଣାତ୍ମକ ଗୁଣ ପାଇଁ: 30 ରୁ 50 ବ୍ୟକ୍ତି (ସର୍ବନିମ୍ନ 20) / ବଲ୍କ |
ପରିମାଣିକ ଟ୍ରାଟିସ୍ ପାଇଁ: ସମଗ୍ର ଜନସଂଖ୍ୟାରେ ଚରମ ଫେନୋଟାଇପ୍ ସହିତ ସର୍ବନିମ୍ନ 5% ରୁ 10% ବ୍ୟକ୍ତିବିଶେଷ (ସର୍ବନିମ୍ନ 30 + 30) |
ସୁପାରିଶ କ୍ରମର ଗଭୀରତା |
ଅତିକମରେ 20X / ପ୍ୟାରେଣ୍ଟ୍ ଏବଂ 1X / ବଂଶଧର ବ୍ୟକ୍ତି (ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ 30 + 30 ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ବଂଶର ମିଶ୍ରଣ ପୁଲ୍ ପାଇଁ, କ୍ରମର ଗଭୀରତା ବଲ୍କ ପ୍ରତି 30X ହେବ) |
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
üସମ୍ପୁର୍ଣ୍ଣ ଜିନୋମ ପୁନ qu ସଂରକ୍ଷଣ |
üଡାଟା ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ |
üSNP / ଇଣ୍ଡେଲ୍ କଲିଂ |
üପ୍ରାର୍ଥୀ ଅଞ୍ଚଳ ସ୍କ୍ରିନିଂ |
üପ୍ରାର୍ଥୀ ଜିନ୍ ଫଙ୍କସନ୍ ଟିପ୍ପଣୀ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
| gDNA ନମୁନା | | ଟିସୁ ନମୁନା | |
| ଏକାଗ୍ରତା: ≥30 ng / μl | | ଉଦ୍ଭିଦ: 1-2 ଗ୍ରାମ |
| ପରିମାଣ: ≥2 μg (ଭଲ୍ୟୁମ୍ ≥15 μl) | ଜୀବଜନ୍ତୁ: 0.5-1 ଗ୍ରାମ |
| ଶୁଦ୍ଧତା: OD260 / 280 = 1.6-2.5 | | ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ରକ୍ତ: 1.5 ମିଲି |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ପରୀକ୍ଷଣ ଡିଜାଇନ୍ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
ପ୍ରାର୍ଥୀ ଅଞ୍ଚଳ ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ ଇଉକ୍ଲିଡିଆନ୍ ଦୂରତା (ED) ଉପରେ ଆସୋସିଏସନ୍ ଆନାଲିସିସ୍ ଆଧାର |ନିମ୍ନ ଚିତ୍ରରେ |
X-axis: କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସଂଖ୍ୟା;ପ୍ରତ୍ୟେକ ବିନ୍ଦୁ ଏକ SNP ର ଏକ ED ମୂଲ୍ୟକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ |ବ୍ଲାକ୍ ଲାଇନ୍ ଫିଟ୍ ହୋଇଥିବା ED ମୂଲ୍ୟ ସହିତ ଅନୁରୂପ ଅଟେ |ଏକ ଉଚ୍ଚ ED ମୂଲ୍ୟ ସାଇଟ୍ ଏବଂ ଫେନୋଟାଇପ୍ ମଧ୍ୟରେ ଏକ ମହତ୍ association ପୂର୍ଣ୍ଣ ସଙ୍ଗଠନକୁ ସୂଚିତ କରେ |ଲାଲ୍ ଡ୍ୟାସ୍ ଲାଇନ୍ ମହତ୍ association ପୂର୍ଣ୍ଣ ସଙ୍ଗଠନର ସୀମାକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ |
2. କ S ଣସି SNP- ସୂଚକାଙ୍କ ଉପରେ ଆଧାରିତ ବିଶ୍ଳେଷଣ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
X-axis: କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସଂଖ୍ୟା;ପ୍ରତ୍ୟେକ ଡଟ୍ SNP- ଇଣ୍ଡେକ୍ସ ମୂଲ୍ୟକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ |ବ୍ଲାକ୍ ଲାଇନ୍ ଫିଟ୍ ହୋଇଥିବା SNP- ଇଣ୍ଡେକ୍ସ ମୂଲ୍ୟ ପାଇଁ ଛିଡା ହୋଇଛି |ମୂଲ୍ୟ ଯେତେ ବଡ଼, ଆସୋସିଏସନ ସେତେ ମହତ୍ .ପୂର୍ଣ୍ଣ |
BMK କେସ୍ |
ମୁଖ୍ୟ-ପ୍ରଭାବ ପରିମାଣିକ ଗୁଣ ଲୋକାଲ୍ Fnl7.1 କାକୁଡିରେ ଫଳ ବେକ ଲମ୍ବ ସହିତ ଜଡିତ ଏକ ବିଳମ୍ବିତ ଭ୍ରୁଜେନେସିସ୍ ପ୍ରଚୁର ପ୍ରୋଟିନ୍ ଏନକୋଡ୍ କରେ |
ପ୍ରକାଶିତ: ଉଦ୍ଭିଦ ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲୋଜି ଜର୍ନାଲ୍ |, 2020
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
ପିତାମାତା (Jin5-508, YN): 34 × ଏବଂ 20 for ପାଇଁ ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନୋମ ପୁନ res ସଂରକ୍ଷଣ |
ଡିଏନ୍ଏ ପୁଲ୍ (Long ୦ ଲମ୍ବା କଣ୍ and େଇ ଏବଂ short ୦ ଛୋଟ କଣ୍ ed େଇ): 61 × ଏବଂ 52 for ପାଇଁ ପୁନ qu ନିର୍ମାଣ |
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ, ଲମ୍ବା ବେକ କାକୁଡି ଲାଇନ Jin5-508 ଏବଂ ସର୍ଟ-ବେକ YN ଅତିକ୍ରମ କରି ଜନସଂଖ୍ୟାକୁ ପୃଥକ କରିବା (F2 ଏବଂ F2: 3) ସୃଷ୍ଟି କରାଯାଇଥିଲା |ଦୁଇଟି ଡିଏନ୍ଏ ପୁଲ୍ 50 ଟି ଚରମ ଲମ୍ବା ବେକ ବ୍ୟକ୍ତିବିଶେଷ ଏବଂ 50 ଟି ଚରମ କ୍ଷୁଦ୍ର ବ୍ୟକ୍ତିଙ୍କ ଦ୍ୱାରା ନିର୍ମିତ ହୋଇଥିଲା |BSA ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏବଂ ପାରମ୍ପାରିକ QTL ମ୍ୟାପିଙ୍ଗ୍ ଦ୍ୱାରା Chr07 ରେ ମୁଖ୍ୟ-ପ୍ରଭାବ QTL ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |ସୂକ୍ଷ୍ମ ମ୍ୟାପିଂ, ଜିନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ କ୍ୱାଣ୍ଟିଫିକେସନ୍ ଏବଂ ଟ୍ରାନ୍ସଜେନିକ୍ ପରୀକ୍ଷଣ ଦ୍ The ାରା ପ୍ରାର୍ଥୀ ଅଞ୍ଚଳ ଆହୁରି ସଂକୀର୍ଣ୍ଣ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା ବେକ-ଲମ୍ବ, CsFnl7.1 ନିୟନ୍ତ୍ରଣ କରିବାରେ ପ୍ରମୁଖ ଜିନ୍ ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲା |ଏହା ସହିତ, CsFnl7.1 ପ୍ରୋମୋଟର୍ ଅଞ୍ଚଳରେ ପଲିମୋର୍ଫିଜିମ୍ ଅନୁରୂପ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ସହିତ ଜଡିତ ଥିବା ଜଣାପଡିଛି |ପରବର୍ତ୍ତୀ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ Fnl7.1 ଲୋକସ୍ ଭାରତରୁ ଉତ୍ପନ୍ନ ହେବାର ସମ୍ଭାବନା ଅଧିକ |
 କାକୁଡି ବେକ ଲମ୍ବ ସହିତ ଜଡିତ ପ୍ରାର୍ଥୀ ଅଞ୍ଚଳ ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ BSA ବିଶ୍ଳେଷଣରେ QTL- ମ୍ୟାପିଙ୍ଗ୍ | |  Chr07 ରେ ଚିହ୍ନିତ କାକୁଡି ବେକ-ଲମ୍ବ QTL ର LOD ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ | |
Xu, X., et al"ମୁଖ୍ୟ-ପ୍ରଭାବ ପରିମାଣିକ ଗୁଣ ଲୋକାଲ୍ Fnl7.1 କାକୁଡିରେ ଫଳ ବେକ ଲମ୍ବ ସହିତ ଜଡିତ ଏକ ବିଳମ୍ବିତ ଭ୍ରୁଜେନେସିସ୍ ପ୍ରଚୁର ପ୍ରୋଟିନ୍ ଏନକୋଡ୍ କରେ |"ଉଦ୍ଭିଦ ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲୋଜି ଜର୍ନାଲ୍ 18.7 (2020) |
