КЕШЕ ГЕНОМ РЕСПУБЛИКАСЫ
SARS-CoV-2 геномик мониторингы I интерферон реакциясен модульләштерүче Nsp1 бетерү вариантын ачып бирә.
Нанопор |Иллумина |Бөтен геном реквизенциясе |метагеномика |RNA-Seq |Сангер
Biomarker Technologies бу тикшеренүдә үрнәк эзләүдә техник ярдәм күрсәтте.
Игътибар
1.SARS-CoV-2 геном эзлеклелеге һәм филогнетик анализ 35 кабатланучы мутацияне ачыклый, шул исәптән 31 SNP һәм 4 Indels.
2. 117 клиник фенотип белән берләшү потенциалны ачыклый
мөһим мутацияләр.
Nsp1 кодлаштыру өлкәсендә ∆500-532 түбән вирус белән корреляцияләнә
3. IFN-йөкләү һәм серум.
4. Вирус ∆500-532 мутациясе белән изоляцияләнә, IFN-I түбән
зарарланган күзәнәкләрдә реакция.
Эксперименталь дизайн
Уңышлар
1. COVID-19 эпидемиологик һәм геномик күзәтү
Клиник мәгълүматлар Кытайның Сычуань провинциясендә таралу чорында 2020-нче елның 22-нче гыйнварыннан 2020-нче елның 20-нче февраленә кадәр тупланган. Барлыгы 538 COVID-19 очрагы Сычуаньда qPCR тестлары белән расланган, аларның 28,8% провинциядән. башкаласы.Сычуаньда расланган очраклар тиз арада артты, 30 гыйнварда.Шулай ук, мәгълүматлар социаль дистанциянең вирус таралуында төп фактор булырга мөмкинлеген расладылар.
Рәсем 1. Кытайның Сычуань провинциясендә COVID-19 эпидемиологик өйрәнүе
2. SARS-CoV-2 геном төзелеше һәм вариантларны ачыклау
Мультиплекслы PCR көчәйтү көче, аннары нанопор эзлеклелеге белән, якынча 248 пациенттан барлыгы 310 якын яки өлешчә тулы геном барлыкка килде.10 укылыш белән капланган геномнарның 80% (уртача тирәнлек: бер үрнәккә 0,39 М укый).
Рәсем 2. Сычуань когортындагы һәр вариантның ешлыгы
SARS-CoV-2 геномнарыннан барлыгы 104 SNP һәм 18 Indels ачыкланды, аларда 31 SNP һәм 4 Indels кабатланучы генетик вариантлар итеп билгеләнде.Аларны Вуханнан 169 үрнәк һәм GISAIDдагы 81,391 югары сыйфатлы геном эзлеклелеге белән чагыштырып, башка континентларда тәкъдим ителгән 35 вариантның 29сы.Шунысы игътибарга лаек, four500-532, ACC18108AT, ∆729-737 һәм T13243C, шул исәптән дүрт вариант, Сычуаньда һәм Вуханда гына булган һәм GISAID мәгълүматларында булмаган, бу вариантларның Вуханнан килеп чыгу ихтималын күрсәтә. пациентларның сәяхәт язмалары.
Эволюцион анализ максималь ихтимал (ML) ысулы һәм Байесия молекуляр сәгать алымнары Сичуаннан 88 яңа вирус һәм башка төбәкләрдән 250 кураторлы геномда эшкәртелде.00500-532 булган геномнар (Nsp1 кодлау өлкәсендә бетерү) филогенетик агачта бик аз таралган.Nsp1 вариантлары буенча гаплотип анализы аларның 5сен берничә шәһәрдән билгеләде.Бу нәтиҗәләр ∆500-532 берничә шәһәрдә булганын һәм Вуханнан берничә тапкыр импортланырга мөмкинлеген күрсәтте.
Рәсем 2. SARS-CoV-2 геномнарында кабатланучы генетик вариантлар һәм филогенетик анализ
3. Клиник нәтиҗәләр белән кабатланган генетик вариантлар ассоциациясе
117 клиник фенотип COVID-19 авырлыгы белән бәйләнгән, монда 19 авырлык белән бәйле фенотиплар каты һәм авыр булмаган сыйфатларга бүленгән.Бу сыйфатлар һәм 35 кабатланучы генетик вариантлар арасындагы бәйләнеш би-кластер җылылык картасында тормышка ашырылды.GSEA сыман дәрәҗәдәге баету анализы күрсәткәнчә, 00500-532 ESR белән тискәре корреляцияләнгән, IFN-serum һәм CD3 + CD8 + T күзәнәкләре кандагы саннар.Моннан тыш, qPCR тестлары күрсәткәнчә, ∆500-532 вирусы булган пациентларның иң югары Ct кыйммәте, ягъни вирус йөге иң түбән булган.
Рәсем 3. Клиник фенотиплар белән 35 кабатланучы генетик вариантларның ассоциацияләре
4. Вируслы мутация белән бәйле клиник фенотипларны тикшерү
Nsp1 функцияләренә ∆500-532 тәэсирен аңлау өчен, HEK239T күзәнәкләре тулы озынлыкны, WT Nsp1 һәм мутант формаларын күрсәтүче плазмидлар белән күчерелде.Treatedәрбер эшкәртелгән HEK239T күзәнәкләренең транскрипт профильләре PCA анализы өчен эшкәртелде, бетерү мутацияләре чагыштырмача якынрак һәм WT Nsp1 белән аерылып торганын күрсәттеләр.Мутантларда шактый көйләнгән геннар, нигездә, "пептид биосинтетик / метаболик процесс", "рибонуклеопротеин комплекслы биогенез", "мембрана / ERга юнәлтелгән протеин" һ.б. белән баетылган, өстәвенә, ике бетерү WT-ның үзенчәлекле экспрессиясен күрсәтте.
Рәсем 4. WT Nsp1 тарафыннан күчерелгән HEK239T күзәнәкләренә транскрипт анализы һәм бетерү белән
IFN-1 реакциясенә бетерүнең йогынтысы чиктән тыш кысылган тикшерүдә дә сынады.Барлык тикшерелгән бетерүләр дә транскрипция дәрәҗәсендә дә, протеин дәрәҗәсендә дә күчерелгән HEK239T һәм A549 күзәнәкләрендә IFN-1 репсонсын киметү өчен күрсәтелде.Кызык, бетерүдә шактый түбән көйләнгән геннар "вируска каршы оборона", "вируслы геномны репликацияләү", "РНК полимераз II транскрипциясен көйләү" һәм "I интерферонга җавап" белән баетылды.
Рәсем 5. inter500-532 мутантында интерферон сигнал юлларын түбән көйләү
Бу тикшеренүдә, бу бетерүләрнең вируска тәэсире вируслы инфекция тикшеренүләре белән тагын да расланды.Аерым мутацияле вируслар клиник үрнәкләрдән аерылып, Calu-3 күзәнәкләренә зарарландылар.Вируслы инфекцияне өйрәнүнең җентекле нәтиҗәләрен кәгазьдә укып була.
doi:10.1016 / j.chom.2021.01.015
Сылтама
Лин Дж, Тан С, Вей Н һ.б.SARS-CoV-2-ның геномик мониторингы I интерферон реакциясен модульләштерүче Nsp1 бетерү вариантын ачып бирә.Күзәнәк хуҗасы һәм микроб, 2021.
Яңалыклар һәм моментлар Biomarker Technologies белән соңгы уңышлы очракларны уртаклашу, яңа фәнни казанышлар, өйрәнү вакытында кулланылган күренекле техника.
Пост вакыты: Ян-06-2022