ØKacida Pangalaman: Leuwih 200,000 sampel geus diolah dina BMK ngawengku rupa-rupa jenis sampel, kaasup kultur sél, jaringan, cairan awak, jsb na leuwih 7,000 proyék mRNA-Seq ditutup nutupan rupa wewengkon panalungtikan.
ØSistem kontrol kualitas anu ketat: Titik kontrol kualitas inti ngalangkungan sadaya léngkah kalebet persiapan sampel, persiapan perpustakaan, urutan sareng bioinformatika aya dina pangawasan anu caket pikeun nganteurkeun hasil anu kualitas luhur.
ØSababaraha database sadia pikeun annotation fungsi jeung studi pengayaan pikeun minuhan rupa-rupa tujuan panalungtikan.
ØLadenan saatos-jualan: Ladenan saatos-jualan valid salami 3 sasih saatos parantosan proyék, kalebet tindak lanjut proyék, pamecahan masalah, hasil Q&A, jsb.
Perpustakaan | Stratégi sequencing | Data disarankeun | Kontrol kualitas |
Poly A enriched | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nukléotida:
Kasucian | Integritas | Jumlah |
OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Kawates atanapi henteu aya kontaminasi protéin atanapi DNA anu dipidangkeun dina gél. | Pikeun tutuwuhan: RIN≥6.5; Pikeun sato: RIN≥7;28S/18S≥1.0; kawates atawa euweuh élévasi dasar | Conc.≥30 ng/μl;Volume ≥ 10 μl;Total ≥ 1,5 μg |
Tisu: Beurat (garing):≥1 g
*Pikeun jaringan anu langkung alit ti 5 mg, kami nyarankeun ngirim sampel jaringan flash beku (dina nitrogén cair).
Suspensi sél:Jumlah sél = 3 × 106- 1 × 107
* Kami nyarankeun pikeun ngirim lysate sél beku.Dina hal jumlah sél leuwih leutik ti 5 × 105, flash beku dina nitrogén cair disarankeun, nu leuwih hade pikeun ékstraksi mikro.
Sampel getih:Volume≥1 ml
Mikroorganisme:Beurat ≥ 1 g
Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil henteu dianjurkeun)
Sampel panyiri: Grup + ulangan misalna A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Pangiriman:
Bioinformatika
Eukariot alur kerja analisis urutan mRNA
Bioinformatika
ØKontrol kualitas data atah
Øalignment génom rujukan
ØAnalisis struktur transkrip
ØKuantifikasi éksprési
ØAnalisis éksprési diferensial
ØAnotasi fungsi sareng pengayaan
1.Kurva Saturasi Data mRNA
2.Analisis éksprési diferensial-Plot gunung seuneuan
3.KEGG annotation on DEGs
4.GO klasifikasi on DEGs