-
Protéomik
Proteomik museur kana protéin—palaksana kagiatan kahirupan anu maénkeun peran penting dina pangaturan transkripsi organisme. Éta nganalisis komposisi, tingkat éksprési, sareng kaayaan modifikasi sadaya protéin anu robih sacara dinamis dina jaringan atanapi sél, ngabahas dampak anu signifikan tina dinamika kaayaanana protéom kana rupa-rupa prosés kahirupan. Dilarapkeun sacara lega dina ubar, tatanén, sareng peternakan. Proteomik Kualitatif ngamangpaatkeun téknologi idéntifikasi protéin HPLC-MS/MS pikeun ngaidentipikasi sampel kalebet strip gél, IP, sareng sampel CO-IP/Pull down. Proteomik Kuantitatif ngahontal kuantifikasi sareng idéntifikasi anu akurat pikeun sadaya protéin anu diekspresikeun ku génom atanapi dina sistem campuran anu rumit. Téhnologi protéomik kuantitatif ayeuna utamina dikategorikeun kana pendekatan anu dilabélan (TMT) sareng bébas labél (Label Bébas, DIA, PRM). BMKGENE nyayogikeun solusi protéomik multi-platform sareng multi-téhnologi.
-
Métabolomik
Metabolomik, hiji disiplin hilir genomik, utamina narékahan zat molekul leutik kalayan beurat molekul kirang ti 1500 Da. Éta ngamungkinkeun metabolit pikeun ngagambarkeun réspon organisme kana rangsangan éksternal sareng parobahan fisiologis/patologis sacara langkung sénsitip. Parobahan tingkat metabolit anu diinduksi ku variasi genetik ogé aya dina ruang lingkup panalungtikanana, nyayogikeun perspektif panalungtikan anu énggal.
BMKGENE nawiskeun rupa-rupa jasa metabolomik, kalebet metabolomik anu henteu dituju, metabolomik anu dituju sacara lega, sareng metabolomik anu dituju. Ngagunakeun kromatografi cair-spektrometri massa (LC-MS) atanapi kromatografi gas-spektrometri massa (GC-MS), parobahan dinamis dina kalolobaan metabolit molekul leutik dina organisme sateuacan sareng saatos stimulasi éksternal tiasa dideteksi. Inti tina jasa ieu aya dina ngaidentipikasi metabolit kalayan béda anu signifikan antara kelompok ékspériméntal sareng kontrol sareng langkung ngajalajah korélasi na sareng parobahan fisiologis/patologis sareng mékanisme anu aya.
-
Sekuensing mRNA/LncRNA/CircRNA éksosomal-Illumina
Éksosom nyaéta vésikel leutik anu dikaluarkeun ku sél, biasana diaméterna ti 30 nepi ka 100 nanometer. Vésikel ieu ngandung rupa-rupa RNA. Éksosom dipercaya maénkeun peran penting dina komunikasi antar sél, réspon imun, sareng kamekaran panyakit, sareng tiasa disebarkeun ka bagian awak anu sanés ngalangkungan cairan awak sapertos plasma, ciduh, sareng cikiih. Éta mawa biomolekul khusus pikeun ngatur fungsi sél panampi, mangaruhan kaayaan fisiologis sél. Éksosom ogé dianggap maénkeun peran konci dina kamekaran panyakit, kalebet kanker, panyakit neurodegeneratif, sareng kaayaan radang. Panalungtikan ngeunaan éksosom nawiskeun wawasan sareng metode énggal pikeun diagnosis, pangobatan, sareng pencegahan panyakit.
-
Sekuensing RNA Leutik Éksosomal-Illumina
Éksosom nyaéta vésikel leutik anu disekresikeun ku sél, biasana diaméterna ti 30 nepi ka 100 nanométer. Vésikel ieu ngandung rupa-rupa RNA. Di antara jinis RNA dina éksosom, anu paling umum sareng ditalungtik sacara éksténsif nyaéta microRNA (miRNA). miRNA nyaéta kelas RNA leutik anu henteu ngode kalayan panjang sakitar 18-25 nukléotida. Éta ngamediasi panyabutan gén pasca-transkripsi ku cara ngabeungkeut kana daérah anu teu ditarjamahkeun 3′ (3′ UTR) tina mRNA target, sahingga ngatur éksprési gén. Salaku conto, éksosom anu disekresikeun ku sél tumor anu tangtu ngandung miRNA khusus, sapertos miR-126 sareng miR-92a. MiRNA ieu tiasa mangaruhan éksprési gén dina sél panampi sareng ngamajukeun angiogenesis tumor (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Transkriptom Spasial
Transkriptomik spasial nyaéta téknik anu ngamungkinkeun urang pikeun nangkep sareng ngabayangkeun éksprési gén dina jaringan. Ieu tiasa penting pisan pikeun ngartos kumaha sél berinteraksi.
Aya sababaraha platform pikeun pendekatan ieu. Dina hal ieu, BMKGene parantos ngembangkeun Chip transkriptom Spasial BMKManu 3000, platform anu ningkatkeun kinerja téknik, ngahontal résolusi subsélulér sareng ngamungkinkeun setélan résolusi multi-tingkat.
Chip ieu ngandung 4,2 juta titik nganggo téknologi microwell anu dipatenkeun anu dilapis ku manik-manik anu dieusi ku probe barcode sacara spasial. Kalayan metode ieu, saatos direkam sareng diamplifikasi, urang kéngingkeun perpustakaan cDNA anu diperkaya ku sampel barcode anu cocog sareng Illumina.
Dina data, kombinasi barkod spasial sareng UMI mastikeun akurasi sareng spésifisitas data anu dihasilkeun. Ngahijikeun sadayana di luhur, BMKManu nyayogikeun setélan data anu serbaguna pisan.
-
Pustaka DNBSEQ anu tos didamel sateuacanna
DNBSEQ, anu dikembangkeun ku MGI, nyaéta téknologi NGS inovatif anu parantos hasil ngirangan biaya sekuensing sareng ningkatkeun throughput. Persiapan pustaka DNBSEQ ngalibatkeun fragmentasi DNA, persiapan ssDNA, sareng amplifikasi bunderan gulung pikeun kéngingkeun nanoball DNA (DNB). Ieu teras dimuat kana permukaan padet sareng salajengna diurutkeun ku kombinatorial Probe-Anchor Synthesis (cPAS). Téhnologi DNBSEQ ngagabungkeun kaunggulan gaduh tingkat kasalahan amplifikasi anu handap sareng nganggo pola kasalahan kapadetan anu luhur sareng nanoball, ngahasilkeun sekuensing kalayan throughput sareng akurasi anu langkung luhur.
Layanan sekuensing perpustakaan anu tos didamel sateuacanna ngamungkinkeun para nasabah pikeun nyiapkeun perpustakaan sekuensing Illumina tina rupa-rupa sumber (mRNA, sakumna génom, amplikon, perpustakaan 10x, sareng anu sanésna), anu dirobih janten perpustakaan MGI di laboratorium kami pikeun diurutkeun dina DNBSEQ-T7, anu ngamungkinkeun jumlah data anu luhur kalayan biaya anu langkung handap.
-
Interaksi Kromatin dumasar Hi-C
Hi-C nyaéta hiji métode anu dirancang pikeun nangkep konfigurasi génomik ku cara ngagabungkeun interaksi anu dumasar kana jarak sareng sekuensing throughput anu luhur. Métode ieu dumasar kana crosslinking kromatin sareng formaldehida, dituturkeun ku pencernaan sareng re-ligasi ku cara anu ngan ukur fragmen anu dihijikeun sacara kovalén anu bakal ngabentuk produk ligasi. Ku cara ngurutkeun produk ligasi ieu, dimungkinkeun pikeun nalungtik organisasi 3D génom. Hi-C ngamungkinkeun nalungtik distribusi bagian génom anu dipak enteng (kompartemen A, eukromatin) sareng langkung condong aktip sacara transkripsi, sareng daérah anu langkung pageuh dipak (kompartemen B, Heterokromatin). Hi-C ogé tiasa dianggo pikeun nangtukeun Domain Anu Terkait Topologis (TAD), daérah génom anu gaduh struktur anu dilipet sareng kamungkinan gaduh pola éksprési anu sami, sareng pikeun ngaidentipikasi puteran kromatin, daérah DNA anu dihijikeun ku protéin sareng anu sering diperkaya ku unsur pangaturan. Layanan sekuensing Hi-C BMKGene ngamungkinkeun para panaliti pikeun ngajalajah diménsi spasial génomik, muka jalan anyar pikeun ngartos pangaturan génom sareng implikasina dina kaséhatan sareng panyakit.
-
Larutan mRNA PacBio 2+3 Panjang Pinuh
Sanaos sekuensing mRNA berbasis NGS mangrupikeun alat anu serbaguna pikeun ngitung éksprési gén, gumantungna kana bacaan pondok ngawatesan éféktivitasna dina analisis transkriptomik anu rumit. Di sisi anu sanés, sekuensing PacBio (Iso-Seq) nganggo téknologi bacaan panjang, anu ngamungkinkeun sekuensing transkrip mRNA panjang pinuh. Pendekatan ieu ngagampangkeun éksplorasi komprehensif ngeunaan splicing alternatif, fusi gén, sareng poli-adenilasi, sanaos sanés pilihan utama pikeun kuantifikasi éksprési gén. Kombinasi 2+3 ngahubungkeun jurang antara Illumina sareng PacBio ku ngandelkeun bacaan PacBio HiFi pikeun ngaidentipikasi set lengkep isoform transkrip sareng sekuensing NGS pikeun ngitung isoform anu idéntik.
Platform: PacBio Revio sareng Illumina NovaSeq
-
Analisis Asosiasi Sakumna Génom
Tujuan tina Studi Asosiasi Sakumna Génom (GWAS) nyaéta pikeun ngaidentipikasi varian genetik (génotipe) anu aya patalina jeung sipat-sipat spésifik (fenotipe). Ku cara nalungtik pananda genetik di sakuliah génom dina sajumlah ageung individu, GWAS ngékstrapolasi asosiasi génotip-fenotipe ngaliwatan analisis statistik tingkat populasi. Métodologi ieu mendakan aplikasi anu éksténsif dina nalungtik panyakit manusa sareng ngajalajah gén fungsional anu aya patalina jeung sipat kompléks dina sato atanapi tutuwuhan.
Di BMKGENE, kami nawiskeun dua cara pikeun ngalaksanakeun GWAS dina populasi anu ageung: nganggo Whole-Genome Sequencing (WGS) atanapi milih metode sekuensing génom anu répréséntasina dikirangan, nyaéta Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) anu dikembangkeun sacara internal. Sanaos WGS cocog pikeun génom anu langkung alit, SLAF muncul salaku alternatif anu hemat biaya pikeun nalungtik populasi anu langkung ageung kalayan génom anu langkung panjang, sacara efektif ngaminimalkeun biaya sekuensing, bari ngajamin efisiensi panemuan spidol genetik anu luhur.
-
Sekuensing RNA inti tunggal
Kamekaran téknik panangkepan sél tunggal sareng konstruksi perpustakaan khusus, digabungkeun sareng sekuensing throughput anu luhur, parantos ngarévolusi studi éksprési gén dina tingkat sél. Kamekaran ieu ngamungkinkeun analisis anu langkung jero sareng langkung komprehensif ngeunaan populasi sél anu kompléks, ngungkulan watesan anu aya hubunganana sareng rata-rata éksprési gén dina sadaya sél sareng ngajaga hétérogénitas anu saleresna dina populasi ieu. Sanaos sekuensing RNA sél tunggal (scRNA-seq) gaduh kaunggulan anu teu tiasa dipungkir, éta mendakan tantangan dina jaringan-jaringan tertentu dimana nyiptakeun suspénsi sél tunggal kabuktian hésé sareng meryogikeun sampel seger. Di BMKGene, kami ngatasi halangan ieu ku nawiskeun sekuensing RNA inti tunggal (snRNA-seq) nganggo téknologi 10X Genomics Chromium anu canggih. Pendekatan ieu ngalegaan spéktrum sampel anu tiasa dianggo pikeun analisis transkriptom dina tingkat sél tunggal.
Isolasi inti dilaksanakeun ngaliwatan chip 10X Genomics Chromium anu inovatif, anu nampilkeun sistem mikrofluidika dalapan saluran kalayan crossing ganda. Dina sistem ieu, manik-manik gél anu ngagabungkeun barcode, primer, énzim, sareng hiji inti dienkapsulasi dina tetes minyak ukuran nanoliter, ngabentuk Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Saatos formasi GEM, lisis sél sareng pelepasan barcode lumangsung dina unggal GEM. Salajengna, molekul mRNA ngalaman transkripsi tibalik kana cDNA, ngagabungkeun 10X barcode sareng Unique Molecular Identifiers (UMI). cDNA ieu teras dikondisikeun kana konstruksi perpustakaan sekuensing standar, anu ngagampangkeun éksplorasi profil éksprési gén anu kuat sareng komprehensif dina tingkat sél tunggal.
Platform: 10× Genomics Chromium sareng Illumina NovaSeq Platform
-
Sekuensing Génom Sakabéh Tutuwuhan/Sato
Whole Genome Sequencing (WGS) nyaéta téknik anu dianggo pikeun nangtukeun sakabéh runtuyan DNA tina génom organisme dina hiji waktu.
Biasana, layanan ieu dibagi kana dua kelompok anu béda gumantung kana ayana génom rujukan:
- Anyarsekuensing génom sakabéhna.Dina kaayaan ieu, génom anu bade diurutkeun teu gaduh génom rujukan anu sayogi, sareng ku sabab kitu, tujuan tina sekuensing ieu nyaéta pikeun ngahasilkeunna (atanapi pikeun ningkatkeun anu tos aya). Téhnik ieu kedah nganggo data Illumina sareng sekuensing anu dibaca panjang pikeun ningkatkeun rakitan génom ku cara nyiptakeun tumpang tindih antara bacaan.
- Ngurutkeun deui.Ieu nujul kana sekuensing génom sakabéh individu spésiés anu béda-béda kalayan génom rujukan anu dipikanyaho. Dumasar kana ieu, béda génomik individu atanapi populasi tiasa diidéntifikasi langkung jauh.
-
Sekuensing mRNA Panjang Pinuh-Nanopore
Sanaos sekuensing mRNA berbasis NGS mangrupikeun alat anu serbaguna pikeun ngitung éksprési gén, gumantungna kana bacaan pondok ngawatesan éféktivitasna dina analisis transkriptomik anu rumit. Di sisi anu sanés, sekuensing nanopore nganggo téknologi bacaan panjang, anu ngamungkinkeun sekuensing transkrip mRNA panjang pinuh. Pendekatan ieu ngagampangkeun éksplorasi komprehensif ngeunaan splicing alternatif, fusi gén, poli-adenilasi, sareng kuantifikasi isoform mRNA.
Sekuensing nanopore, hiji metode anu ngandelkeun sinyal listrik nanopore molekul tunggal sacara real-time, nyadiakeun hasil sacara real-time. Dipandu ku protéin motor, DNA untaian ganda ngabeungkeut protéin nanopore anu dipasang dina biofilm, ngaleupaskeun nalika ngaliwat saluran nanopore dina bédana tegangan. Sinyal listrik anu khas anu dihasilkeun ku basa anu béda dina untaian DNA dideteksi sareng diklasifikasikeun sacara real-time, ngagampangkeun sekuensing nukléotida anu akurat sareng kontinyu. Pendekatan inovatif ieu ngungkulan watesan bacaan pondok sareng nyayogikeun platform dinamis pikeun analisis génomik anu rumit, kalebet studi transkriptomik anu rumit, kalayan hasil anu langsung.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Sekuensing mRNA lengkep -PacBio
Sanaos sekuensing mRNA berbasis NGS mangrupikeun alat anu serbaguna pikeun ngitung éksprési gén, gumantungna kana bacaan pondok ngawatesan panggunaanana dina analisis transkriptomik anu rumit. Di sisi anu sanés, sekuensing PacBio (Iso-Seq) nganggo téknologi bacaan panjang, anu ngamungkinkeun sekuensing transkrip mRNA panjang pinuh. Pendekatan ieu ngagampangkeun éksplorasi komprehensif ngeunaan splicing alternatif, fusi gén, sareng poli-adenilasi. Nanging, aya pilihan sanés pikeun kuantifikasi éksprési gén kusabab jumlah data anu diperyogikeun. Téknologi sekuensing PacBio ngandelkeun sekuensing molekul tunggal, waktos nyata (SMRT), nyayogikeun kaunggulan anu béda dina néwak transkrip mRNA panjang pinuh. Pendekatan inovatif ieu ngalibatkeun ngagunakeun pandu gelombang mode nol (ZMW) sareng sumur mikrofabrikasi anu ngamungkinkeun observasi waktos nyata tina aktivitas polimérase DNA salami sekuensing. Dina ZMW ieu, polimérase DNA PacBio nyintésis untaian DNA anu saling ngalengkepan, ngahasilkeun bacaan panjang anu ngawengku sakabéh transkrip mRNA. Operasi PacBio dina mode sekuensing Konsensus Sirkular (CCS) ningkatkeun akurasi ku cara ngurut molekul anu sami sacara berulang. Bacaan HiFi anu dihasilkeun gaduh akurasi anu sami sareng NGS, anu langkung nyumbang kana analisis anu komprehensif sareng tiasa dipercaya ngeunaan fitur transkriptomik anu rumit.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
