Peta panas
Pakakas Heatmap narima file data matriks salaku input sareng ngamungkinkeun pangguna pikeun nyaring, normalisasi, sareng ngaklaster data. Kasus panggunaan utama pikeun heatmap nyaéta analisis klaster tingkat éksprési gén antara sampel anu béda.
Anotasi Gén
Pakakas Anotasi Gén ngalaksanakeun anotasi gén dumasar kana panyelarasan runtuyan file FASTA input ngalawan rupa-rupa basis data.
Pakakas Panéangan Alignment Lokal Dasar (BLAST)
Pakakas BLAST nyaéta vérsi NCBI BLAST anu terintegrasi sareng BMKCloud sareng tiasa dianggo pikeun ngalaksanakeun fungsi anu sami nganggo data anu diunggah ka akun BMKCloud.
Prédiksi CDS_UTR
Pakakas Prédiksi CDS_UTR dirancang pikeun ngaduga daérah pangkodean (CDS) sareng daérah non-pangkodean (UTR) dina runtuyan transkrip anu ditangtukeun dumasar kana hasil BLAST ngalawan basis data protéin anu dipikanyaho sareng hasil prédiksi ORF.
Plot Manhattan
Pakakas Manhattan Plot ngamungkinkeun tampilan ékspérimén sampel anu luhur sareng umumna dianggo dina studi asosiasi sakumna génom (GWAS).
Diagram Sirkus
Pakakas Diagram CIRCOS nyadiakeun visualisasi anu efisien ngeunaan kumaha fitur génomik disebarkeun di sakuliah génom. Fitur umum kalebet lokus kuantitatif, SNP, InDels, varian struktural sareng nomer salinan.
Pangayaan Ontologi Gén (GO)
Alat Pangayaan GO nyayogikeun analisis pangayaan fungsional. Parangkat lunak utama dina alat ieu nyaéta pakét TopGO-Bioconductor, anu ngawengku analisis éksprési diferensial, analisis pangayaan GO sareng visualisasi hasilna.
Analisis Jaringan Ko-Éksprési Gén Beurat (WGCNA)
WGCNA nyaéta métode panambangan data anu loba dipaké pikeun manggihan modul ko-éksprési gén. Ieu bisa diterapkeun kana rupa-rupa kumpulan data éksprési kaasup microarray jeung data éksprési gén NGS.
InterProScan
Pakakas InterProScan nyadiakeun analisis sareng klasifikasi runtuyan protéin InterPro.
Pangayaan GO KEGG
Pakakas Pangayaan GO KEGG dirancang pikeun ngahasilkeun histogram pangayaan GO, histogram pangayaan KEGG, sareng jalur pangayaan KEGG dumasar kana sét gén anu disayogikeun sareng anotasi anu saluyu.
