page_head_bg

Produk

Metagénomic Sequencing-Nanopore

Metagenomics mangrupakeun alat molekular dipaké pikeun nganalisis bahan génomik dicampur sasari tina sampel lingkungan, nu nyadiakeun inpo wincik dina diversity spésiés jeung kaayaanana, struktur populasi, hubungan filogenetik, gén fungsional jeung jaringan korelasi jeung faktor lingkungan, jsb Nanopore sequencing platform anyar geus diwanohkeun. pikeun studi metagénomic.Kinerja anu luar biasa dina panjang dibaca sacara umum ningkatkeun analisis metagénomik aliran handap, khususna rakitan metagénome.Ngamangpaatkeun panjang-baca, ulikan metagénomik basis Nanopore tiasa ngahontal rakitan anu langkung kontinyu dibandingkeun sareng metagenomics shot-gun.Eta geus diterbitkeun yén metagenomics basis Nanopore hasil dihasilkeun génom baktéri lengkep jeung katutup tina microbiomes (Moss, EL, et. al,Alam Biotéh, 2020)

Platform:Nanopore PromethION P48


Rincian Service

Hasil demo

Kasus BMK

Keunggulan Service

ØKualitas luhur assembly-Enhancing akurasi idéntifikasi spésiés jeung prediksi gén funcational

ØIsolasi génom baktéri ditutup

ØAplikasi anu leuwih kuat jeung bisa dipercaya dina rupa-rupa wewengkon, misalna deteksi mikroorganisme patogén atawa gén résistansi antibiotik

ØAnalisis metagénome komparatif

Spésifikasi Service

SequencingPlatform

Perpustakaan

Disarankeun ngahasilkeun data

Diperkirakeun waktos péngkolan

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K / 100K / 300K Tag

30 poé

Analisis bioinformatika

üKontrol kualitas data atah

üMajelis métagénome

üSet gen non-redundant sareng anotasi

üAnalisis karagaman spésiés

üAnalisis keragaman fungsi genetik

üAnalisis antarkelompok

üAnalisis asosiasi ngalawan faktor eksperimen

2

Syarat Sampel sareng Pangiriman

syarat sampel sarta pangiriman

Syarat Sampel:   

Pikeunékstrak DNA:

Tipe Sampel

Jumlah

Konsentrasi

Kasucian

ékstrak DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260 / 280 = 1,6-2,5

Pikeun sampel lingkungan:

Jenis sampel

Prosedur sampling anu disarankeun

Taneuh

Jumlah sampling: approx.5 g;Sésana zat layu kedah dipiceun tina permukaan;Grind potongan badag sarta ngaliwatan 2 mm filter;sampel Aliquot dina EP-tube steril atawa cyrotube pikeun reservasi.

tai

Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung sampel aliquot dina EP-tube steril atawa cryotube pikeun reservasi.

eusi peujit

Sampel kedah diolah dina kaayaan aseptik.Ngumbah jaringan dikumpulkeun kalawan PBS;Centrifuge PBS sarta ngumpulkeun precipitant dina EP-tabung.

Sludge

Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung aliquot sampel sludge dina steril EP-tube atawa cryotube pikeun reservasi

Awak cai

Pikeun sampel kalawan jumlah kawates mikroba, kayaning cai ketok, cai sumur, jsb, Kumpulkeun sahenteuna 1 L cai sarta ngaliwatan 0,22 μm filter pikeun enrich mikroba dina mémbran.Simpen mémbran dina tabung steril.

Kulit

Taliti kerok beungeut kulit ku swab katun steril atawa sabeulah bedah jeung nempatkeun eta dina tube steril.

Disarankeun Pangiriman Sampel

Freeze sampel dina nitrogén cair pikeun 3-4 jam jeung nyimpen dina nitrogén cair atawa -80 derajat pikeun reservasi jangka panjang.Sampel pengiriman barang nganggo és garing diperyogikeun.

Aliran Gawé Palayanan

logo_02

pangiriman sampel

logo_04

Pangwangunan perpustakaan

logo_05

Sequencing

logo_06

Analisis data

logo_07

jasa saatos-diobral


  • saméméhna:
  • Teras:

  • 1.Heatmap: Spésiés richness clustering32.Gén Fungsional annotated kana jalur métabolik KEGG43.Spésiés jaringan korelasi54.Circos gén résistansi antibiotik CARD
    6

    Kasus BMK

    Metagenomics nanopore ngamungkinkeun diagnosis klinis gancang inféksi saluran pernapasan handap baktéri

    Diterbitkeun:Biotéhnologi Alam, 2019

    Highlights teknis
    Sequencing: Nanopore Minion
    Bioinformatika metagenomics klinis: Host DNA depletion, WIMP sareng analisis ARMA
    Deteksi gancang: 6 jam
    Sensitipitas luhur: 96.6%

    Hasil konci

    Taun 2006, inféksi saluran pernapasan handap (LR) nyababkeun 3 juta maotna manusa sacara global.Métode has pikeun deteksi patogén LR1 nyaéta budidaya, anu ngagaduhan sensitipitas anu goréng, waktos péngkolan panjang sareng kurangna pedoman dina terapi antibiotik awal.Diagnosis mikroba anu gancang sareng akurat parantos lami janten kabutuhan anu mendesak.Dr Justin ti Universitas East Anglia sareng mitra-mitrana suksés ngembangkeun metode metagénomik basis Nanopore pikeun deteksi patogén.Numutkeun alur kerjana, 99.99% DNA host tiasa dipupus.Deteksi dina patogén sareng gen tahan antibiotik tiasa réngsé dina 6 jam.

    Rujukan
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Metagenomics nanopore ngamungkinkeun diagnosis klinis gancang inféksi saluran pernapasan handap baktéri.Biotéhnologi Alam, 37(7), 1.

    meunang cutatan

    Tulis pesen anjeun di dieu sareng kirimkeun ka kami

    Kirim pesen anjeun ka kami: