page_head_bg

Produk

Urutan Metagénomik (NGS)

Metagenom nujul kana kumpulan total bahan genetik tina komunitas campuran organisme, kayaning metagenom lingkungan, metagenom manusa, jsb Ieu ngandung génom duanana mikroorganisme cultivatable jeung uncultivatable.Sequencing métagénomik mangrupakeun alat molekular dipaké pikeun nganalisis bahan génomik campuran sasari tina sampel lingkungan, nu nyadiakeun inpo wincik dina diversity spésiés jeung kaayaanana, struktur populasi, hubungan filogenetik, gén fungsional jeung jaringan korelasi jeung faktor lingkungan.

Platform:Illumina NovaSeq6000


Rincian Service

Hasil demo

Studi Kasus

Keunggulan Service

ØIsolasi sareng budidaya bébas pikeun profil komunitas mikroba

ØRésolusi luhur dina ngadeteksi spésiés-kalimpahan rendah dina sampel lingkungan

ØGagasan "meta-" ngahijikeun sadaya fitur biologis dina tingkat fungsional, tingkat spésiés sareng tingkat gen, anu ngagambarkeun pandangan dinamis anu langkung caket kana kanyataan.

ØBMK ngumpulkeun pangalaman anu ageung dina rupa-rupa jinis sampel kalayan langkung ti 10,000 conto anu diolah.

Spésifikasi Service

SequencingPlatform

Perpustakaan

Disarankeun ngahasilkeun data

Diperkirakeun waktos péngkolan

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K / 100K / 300K Tag

30 poé

Analisis bioinformatika

üKontrol kualitas data atah

üMajelis métagénome

üSet gen non-redundant sareng anotasi

üAnalisis karagaman spésiés

üAnalisis keragaman fungsi genetik

üAnalisis antarkelompok

üAnalisis asosiasi ngalawan faktor eksperimen

2

Syarat Sampel sareng Pangiriman

Syarat Sampel:

Pikeunékstrak DNA:

Tipe Sampel

Jumlah

Konsentrasi

Kasucian

ékstrak DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260 / 280 = 1,6-2,5

Pikeun sampel lingkungan:

Jenis sampel

Prosedur sampling anu disarankeun

Taneuh

Jumlah sampling: approx.5 g;Sésana zat layu kedah dipiceun tina permukaan;Grind potongan badag sarta ngaliwatan 2 mm filter;sampel Aliquot dina EP-tube steril atawa cyrotube pikeun reservasi.

tai

Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung sampel aliquot dina EP-tube steril atawa cryotube pikeun reservasi.

eusi peujit

Sampel kedah diolah dina kaayaan aseptik.Ngumbah jaringan dikumpulkeun kalawan PBS;Centrifuge PBS sarta ngumpulkeun precipitant dina EP-tabung.

Sludge

Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung aliquot sampel sludge dina steril EP-tube atawa cryotube pikeun reservasi

Awak cai

Pikeun sampel kalawan jumlah kawates mikroba, kayaning cai ketok, cai sumur, jsb, Kumpulkeun sahenteuna 1 L cai sarta ngaliwatan 0,22 μm filter pikeun enrich mikroba dina mémbran.Simpen mémbran dina tabung steril.

Kulit

Taliti kerok beungeut kulit ku swab katun steril atawa sabeulah bedah jeung nempatkeun eta dina tube steril.

Disarankeun Pangiriman Sampel

Freeze sampel dina nitrogén cair pikeun 3-4 jam jeung nyimpen dina nitrogén cair atawa -80 derajat pikeun reservasi jangka panjang.Sampel pengiriman barang nganggo és garing diperyogikeun.

Aliran Gawé Palayanan

logo_02

pangiriman sampel

logo_04

Pangwangunan perpustakaan

logo_05

Sequencing

logo_06

Analisis data

logo_07

jasa saatos-diobral


  • saméméhna:
  • Teras:

  • 1.Histogram: Sebaran spésiés

    3

    2.Gén Fungsional annotated kana jalur métabolik KEGG

    4

    3. Peta panas: fungsi diferensial dumasar kana kaayaanana gén relatif54.Circos gén résistansi antibiotik CARD

    6

    Kasus BMK

    Prévalénsi gén résistansi antibiotik sareng patogén baktéri sapanjang kontinum akar taneuh-mangrove

    Diterbitkeun:Jurnal Bahan picilakaeun, 2021

    Strategi urutan:

    Bahan: Ekstrak DNA tina opat fragmen sampel anu aya hubunganana sareng akar bakau: taneuh anu henteu dipelakan, rizosfir, episfer sareng kompartemen endosfir.
    Platform: Illumina HiSeq 2500
    Sasaran: Metagénome
    16S rRNA gén V3-V4 wewengkon

    Hasil konci

    Sekuensing metagénomik sareng profiling metabarkoding dina kontinum akar-tanah tina bibit bakau diolah pikeun nalungtik penyebaran gén résistansi antibiotik (ARG) tina taneuh kana pepelakan.Data métagénomik ngungkabkeun yén 91,4% gén résistansi antibiotik biasana diidentifikasi dina opat kompartemen taneuh anu disebatkeun di luhur, anu nunjukkeun cara anu terus-terusan.16S rRNA amplicon sequencing dihasilkeun 29.285 runtuyan, ngalambangkeun 346 spésiés.Ngagabungkeun sareng profiling spésiés ku sekuen amplicon, panyebaran ieu kapendak bebas tina mikrobiota anu aya hubunganana akar, tapi, éta tiasa difasilitasi ku sélulér unsur genetik.Panaliti ieu ngaidentifikasi aliran ARG sareng patogén tina taneuh kana pepelakan ngalangkungan kontinum taneuh-akar anu saling nyambungkeun.

    Rujukan

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prévalénsi gén résistansi antibiotik sareng patogén baktéri sapanjang kontinum akar taneuh-mangrove.Jurnal Bahan picilakaeun, 408, 124985.

    meunang cutatan

    Tulis pesen anjeun di dieu sareng kirimkeun ka kami

    Kirim pesen anjeun ka kami: