Metagénomic Sequencing -NGS
Keunggulan Service
● Isolasi sareng budidaya bébas pikeun profil komunitas mikroba
● resolusi High dina detecting spésiés low-kalimpahan dina sampel lingkungan
● Gagasan "meta-" ngahijikeun sadaya fitur biologis dina tingkat fungsional, tingkat spésiés sareng tingkat gen, anu ngagambarkeun pandangan dinamis anu langkung caket kana kanyataan.
● BMK accumulates pangalaman masif dina rupa-rupa jenis sampel kalawan leuwih 10.000 sampel diolah.
Spésifikasi Service
| Platform | Sequencing | data dianjurkeun | waktos turnaround |
| Platform Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 poé gawé |
Analisis bioinformatika
● kadali kualitas data atah
● assembly Metagénome
● susunan gén non-redundant jeung annotation
● Analisis karagaman spésiés
● analisis diversity fungsi genetik
● Analisis antarkelompok
● analisis Asosiasi ngalawan faktor eksperimen
Syarat Sampel sareng Pangiriman
Syarat Sampel:
Pikeunékstrak DNA:
| Tipe Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kasucian |
| ékstrak DNA | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260 / 280 = 1,6-2,5 |
Pikeun sampel lingkungan:
| Jenis sampel | Prosedur sampling anu disarankeun |
| Taneuh | Jumlah sampling: approx.5 g;Sésana zat layu kedah dipiceun tina permukaan;Grind potongan badag sarta ngaliwatan 2 mm filter;sampel Aliquot dina EP-tube steril atawa cyrotube pikeun ngumpulkeun. |
| tai | Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung sampel aliquot dina EP-tube steril atawa cryotube pikeun reservasi. |
| eusi peujit | Sampel kedah diolah dina kaayaan aseptik.Ngumbah jaringan dikumpulkeun kalawan PBS;Centrifuge PBS sarta ngumpulkeun precipitant dina EP-tabung. |
| Sludge | Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung aliquot sampel sludge dina steril EP-tube atawa cryotube pikeun reservasi |
| Awak cai | Pikeun sampel kalawan jumlah kawates mikroba, kayaning cai ketok, cai sumur, jsb, Kumpulkeun sahenteuna 1 L cai sarta ngaliwatan 0,22 μm filter pikeun enrich mikroba dina mémbran.Simpen mémbran dina tabung steril. |
| Kulit | Taliti kerok beungeut kulit ku swab katun steril atawa sabeulah bedah jeung nempatkeun eta dina tube steril. |
Disarankeun Pangiriman Sampel
Freeze sampel dina nitrogén cair pikeun 3-4 jam tur nyimpen dina nitrogén cair atawa -80 derajat pikeun reservasi jangka panjang.pengiriman sampel kalawan és garing diperlukeun.
Aliran Gawé Palayanan
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
1.Histogram: Sebaran spésiés
2.Gén Fungsional annotated kana jalur métabolik KEGG
3. Peta panas: fungsi diferensial dumasar kana kaayaanana gén relatif
4.Circos gén résistansi antibiotik CARD
Kasus BMK
Prévalénsi gén résistansi antibiotik sareng patogén baktéri sapanjang kontinum akar taneuh-mangrove
Diterbitkeun:Jurnal Bahan picilakaeun, 2021
Strategi urutan:
Bahan: Ekstrak DNA tina opat fragmen sampel anu aya hubunganana sareng akar bakau: taneuh anu teu dipelakan, rizosfir, episfer sareng kompartemen endosfir.
Platform: Illumina HiSeq 2500
Sasaran: Metagénome
16S rRNA gén V3-V4 wewengkon
Hasil konci
Sekuensing metagénomik sareng profiling metabarkoding dina kontinum akar-tanah tina bibit bakau diolah pikeun nalungtik penyebaran gén résistansi antibiotik (ARG) tina taneuh kana pepelakan.Data métagénomik ngungkabkeun yén 91,4% gén résistansi antibiotik umumna diidentifikasi dina opat kompartemen taneuh anu disebatkeun di luhur, anu nunjukkeun cara anu kontinyu.16S rRNA amplicon sequencing dihasilkeun 29.285 runtuyan, ngalambangkeun 346 spésiés.Ngagabungkeun sareng profiling spésiés ku sequencing amplicon, panyebaran ieu kapendak bebas tina mikrobiota anu aya hubunganana sareng akar, tapi, éta tiasa difasilitasi ku sélulér unsur genetik.Panaliti ieu ngaidentifikasi aliran ARG sareng patogén tina taneuh kana pepelakan ngalangkungan kontinum taneuh-akar anu saling nyambungkeun.
Rujukan
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prévalénsi gén résistansi antibiotik sareng patogén baktéri sapanjang kontinum akar taneuh-mangrove.Jurnal Bahan picilakaeun, 408, 124985.
