Metagenomik (NGS)

Shotgun metagenomics sareng Illumina mangrupikeun alat anu populér pikeun nalungtik mikrobioma ku cara langsung ngaruntuykeun DNA tina sampel anu rumit, anu ngamungkinkeun ulikan ngeunaan karagaman taksonomi sareng fungsional. Pipa metagenomik (NGS) BMKCloud dimimitian ku kontrol kualitas sareng perakitan metagenom, ti mana gén diprediksi sareng dikelompokkeun kana sét data non-redundant anu dibéré anotasi pikeun fungsi sareng taksonomi nganggo sababaraha database. Inpormasi ieu dianggo pikeun nganalisis karagaman taksonomi dina sampel (karagaman alfa) sareng karagaman antara sampel (karagaman beta). Analisis diferensial antara kelompok mendakan OTU sareng fungsi biologis anu béda antara dua kelompok nganggo tés parametrik sareng non-parametrik, sedengkeun analisis korélasi ngaitkeun bédana ieu sareng faktor lingkungan.