Génom Jamur
Kaunggulan Service
● Sababaraha strategi sequencing sadia pikeun tujuan panalungtikan béda
● Kacida ngalaman dina assembly génom fungi kalawan leuwih 10.000 pene-lengkep génom dirakit.
● Tim rojongan teknis sanggeus-diobral profésional minuhan kaperluan panalungtikan leuwih husus.
Spésifikasi Service
| Palayanan | Stratégi Sequencing | Kualitas dijamin | Diperkirakeun waktos péngkolan |
| Peta rupa jamur | Illumina 50X+Nanopore 100X | Contig N50≥2 Mb | 35 poé gawé |
| PacBio HiFi 30X | |||
| Peta jamur pene-lengkep | Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X | Babandingan jangkar kromosom> 90% | 45 poé gawé |
Analisis bioinformatika
● kadali kualitas data atah
● Génom assembly
● Analisis komponén génom
● annotation fungsi gén
● Analisis génomik komparatif
Syarat Sampel sareng Pangiriman
Syarat Sampel:
Pikeunékstrak DNA:
| Tipe Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kasucian |
| ékstrak DNA | > 1,2 ug | > 20 ng/μl | OD260 / 280 = 1,6-2,5 |
Pikeun sampel jaringan:
| Jenis sampel | Disarankeun perlakuan sampel | gudang sampel sarta kiriman |
| Jamur Unisélular | Titénan ragi dina mikroskop sarta kumpulkeun aranjeunna dina fase éksponénsial maranéhanana Mindahkeun budaya (ngandung approx. 3-4.5e9 sél) kana 1,5 atawa 2 ml eppendorf.(Terus dina es) Centrifuge tabung pikeun 1 mnt dina 14000 g pikeun ngumpulkeun baktéri jeung miceun supernatant taliti Tutup tabung sareng bekukeun baktéri dina nitrogén cair sahenteuna 1-3 jam.Simpen tabung dina kulkas -80 ℃. | Freeze sampel dina nitrogén cair pikeun 3-4 jam tur nyimpen dina nitrogén cair atawa -80 derajat pikeun reservasi jangka panjang.pengiriman sampel kalawan és garing diperlukeun. |
| Jamur Makro | Tisu dina fase tumuwuh aktip disarankeun. Bilas jaringan sareng cai bébas éndotoksin, teras 70% éton. Simpen sampel dina cryo-tabung. |
Aliran Gawé Palayanan
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
1.Circos diagram on komponén génomik jamur
2.Analisis génomics komparatif: tangkal filogenetik
