GWAS
Титул: Бөтен геномлы резекцияләү Brassica napus килеп чыгышын һәм аны яхшыртуда катнашкан генетик локияне күрсәтә
Журнал: Табигать элемтәләре
NGS |WGS |Реклама |GWAS |Транскриптом |RNAseq |Brassica napus |Эволюция |Өйдә хезмәт итү
Бу тикшеренүдә, Biomarker Technologies NGS эзлеклелеге буенча хезмәтләр күрсәтте, шулай ук биоинформатика анализы буенча техник ярдәм күрсәтте.
Фон
Brassica napus(рапс) - мөһим майлы орлык һәм полиплоид специациясе, эволюция һәм сайлау процессларын тикшерү өчен искиткеч модель.Ләкин, кыргый төрләр яки өйдәге донорлар ата-ана токымы булганнармы, рапсны эшкәртүдә һәм яхшыртуда ярдәм иткән геннар әлегә билгеле түгел.
материаллар һәм методлар
Материаллар:588B. napusбу тикшеренүдә катнашулар катнашкан, шул исәптән Азиядән 466, Европадан 102, Төньяк Америкадан 13, Австралиядән 7.Growthсеш гадәте язмаларына нигезләнеп, бу материаллар өч экотипка бүленде;яз (86 керү), кыш (74 кушылу), һәм ярым кыш (428 керү).
Эзләү:Уртача якынча.5 × (3,37 × дән 7,71 × кадәр)
Эзләү платформасы:Illumina Hiseq 4000
Мәгълүмат җитештерү:4.03 Тб чиста мәгълүмат
SNP шалтыраты:BWA + GATK.5,294,158 SNP һәм 1,307,151 InDels алынган.
Нәтиҗә
Б. напусның килеп чыгышы
B. napusСубгеном Европа шалгап бабасыннан барлыкка килгән.Европа шалгасыннан ген агымы вакыйгасыB. napus Субгеном ~ 106–1170 ел элек булган.B. napusC субгеномы бу нәселнең уртак бабасыннан барлыкка килгәндер.БабасыB. napusкүптән түгел ген агымы белән дүрт Б.B. napus~ 108–898 ел элек.B. napusС субгеномы А субгеномасына караганда катлаулырак килеп чыгышы.Ике субгеномда да көчле кыенлык барлыкка килдеB. napusэволюция.Кыш һәм ярым кышB. napusэкотиплар ~ 60 ел элек аерылган, ә кыш һәм язB. napus16 416 ел элек аерылган, майлы һәм майсыз орлыкB. napus7 277 ел элек.
2 нче рәсем 588 Б. напус кушылмаларының халык структурасы һәм Б.
3 нче рәсем 588 Б. напус кушылмаларының һәм Б.
Сайлау сигналлары һәм Геном киң ассоциацияне өйрәнү.
Яхшыртуның беренче этабында (FSI), B. napus C субгеномасында генетик төрлелек А субгеномасына караганда күбрәк югалды.Генетик дифференциация FSI вакытында яхшыртуның икенче этабына караганда булган (SSI).SSI-сайлау сигнал өлкәләрендәге геннар стресска толерантлык, үсеш һәм метаболик юлларда баетылды.10 максатлы сыйфат белән бик нык бәйләнгән 60 локи, шул исәптән 5 орлык уңышына, 3 силик озынлыгына, 4 май майына, 48 орлык сыйфаты белән билгеләнде.
4-нче рәсем. Б.
Транскриптом анализы
11 тукыманың RNAseq мәгълүматлары югары майлы һәм икеләтә аз культуралы, аз майлы һәм икеләтә югары культуралы глюкозинолат биосинтетик процесс белән бәйле геннарны ачыкладылар.
Б. напусның экотипын яхшырту сайлау вакытында чәчәк ату вакытын көйләүгә күзәтү
Фикер алышу
Бу тикшеренү тарихның килеп чыгышын һәм камилләшү тарихын аңлау өчен кыйммәтле ресурс бирдеB. napusһәм мөһим агрономик катлаулы сыйфатларның генетик нигезләрен аерырга ярдәм итәчәк.Уңай вариантлар, сайлау сигналлары һәм кандидатлар геннары белән бәйле мөһим SNPлар киләчәктә уңышны, орлык сыйфатын, май күләмен яхшыртуда һәм бу соңгы аллополиплоид культурасының һәм аның туганнарының адаптациясен яхшыртуда үз өлешен кертәчәк.
Сылтама
Бөтен геном реквизинциясе Brassica napus килеп чыгышын һәм аны яхшыртуда катнашкан генетик локияне ачыклый [J].Табигать элемтәләре, 2019, 10 (1).
Яңалыклар һәм моментлар Biomarker Technologies белән соңгы уңышлы очракларны уртаклашу, яңа фәнни казанышлар, өйрәнү вакытында кулланылган күренекле техника.
Пост вакыты: гыйнвар-05-2022