GWAS
Titre: A resequenza di u genoma tutale revela l'origine di Brassica napus è i loci genetichi implicati in a so migliione
Journal : Comunicazioni di a natura
NGS |WGS |Resequencing |GWAS |Transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Evoluzione |Domesticazione
In questu studiu, Biomarker Technologies hà furnitu servizii nantu à a sequenza NGS, è ancu un supportu tecnicu nantu à l'analisi bioinformatica nantu à i dati di sequenza.
Sfondate
Brassica napus(colza) hè una cultura oleosa impurtante è un mudellu eccellente per investigà i prucessi di speciazione poliploide, evoluzione è selezzione.In ogni casu, se l'spezie salvatichi o i donatori domesticati eranu progenitori parentali è i geni chì cuntribuiscenu à a domesticazione è a migliione di a colza sò sempre scunnisciuti.
Materiali è metudi
Materiali:588B. napusl'accessioni sò stati implicati in stu studiu, cumprese 466 da l'Asia, 102 da l'Europa, 13 da l'America di u Nordu, è 7 da l'Australia.Basatu nantu à i registri di l'abitudini di crescita, sti materiali sò stati divisi in trè ecotipi;primavera (86 accessions), invernu (74 accessions), è semi-inguernu (428 accessions).
Sequenza:In media circa.5× (da 3,37× à 7,71×)
Piattaforma di sequenza:Illumina Hiseq 4000
Pruduzzione di dati:4.03 Tb dati puliti
SNP chjama:BWA + GATK.5,294,158 SNP è 1,307,151 InDels sò stati ottenuti.
Risultati
Origine di B. napus
B. napusUn subgenomu hà evolutu da l'antenatu di a rapa europea.Un avvenimentu di flussu geneticu da u turnip europeu à uB. napus Un subgenoma hè accadutu ~ 106–1170 anni fà.B. napusU subgenomu C puderia avè evolutu da l'antenatu cumuni di sti lignaggi.L'antenatu diB. napussplit da l'antenatu cumunu di quattru sottuspezie B. oleracea, cù u flussu di geni recenti inB. napus~ 108-898 anni fà.B. napusU subgenomu C hà una origine più cumplessa cà A Subgenome.Un forte collu di bottiglia sviluppatu in i dui dui subgenomi duranteB. napusevoluzione.L'inguernu è semi-inguernuB. napusL'ecotipi divergenu ~ 60 anni fà, mentri l'invernu è a primaveraB. napusdiverghjenu ~ 416 anni fà, è oleosa è non oleaginosaB. napusdiverghje ~ 277 anni fà.
Fig 2 Struttura di a pupulazione di 588 B. napus accessions è 199 di B. rapa accessions.
Fig. 3 Struttura di a pupulazione di 588 accessions B. napus è 119 di accessions B. oleracea
Segnali di selezzione è studii d'associu Genome-wide.
Duranti a prima tappa di migliura (FSI), più diversità genetica hè stata persa in u subgenomu B. napus C chì in u subgenomu A.Meno differenziazione genetica hè accaduta durante l'FSI cà durante a seconda tappa di migliura (SSI).I geni in e regioni di signale di selezzione SSI sò stati arricchiti in tolleranza di stress, sviluppu è camini metabolichi.60 loci significativamente assuciati cù 10 caratteristiche di destinazione, cumprese 5 ligati à u rendiment di sementa, 3 à a lunghezza di silique, 4 à u cuntenutu di l'oliu, è 48 à a qualità di a sumente sò stati identificati.
Fig. 4 Scanning genome-wide è annotazioni di e regioni selezziunate durante u SSI di B. napus
Analisi di transcriptome
I dati RNAseq di 11 tissuti da un cultivar à altu cuntenutu di oliu è à un cultivar doppiu-bassu è un cultivar à pocu oliu è un cultivar duppiu altu identificati genesi ligati à u prucessu biosinteticu di glucosinolate eranu significativamente sovrarappresentati.
Fig. 5 Panoramica di a regulazione di u tempu di fioritura sottu a selezzione di a migliione di l'ecotipu di B. napus
Discussione
Stu studiu hà furnitu una risorsa preziosa per capiscenu l'origine è a storia di migliuràB. napusè facilità a dissezione di e basi genetiche di tratti cumplessi agronomichi impurtanti.I SNP significativi assuciati cù varianti favurevuli, signali di selezzione è geni candidati cuntribuiscenu largamente in u futuru, soprattuttu à migliurà u rendiment, a qualità di sementi, u cuntenutu di l'oliu è l'adattabilità di sta cultura allopoliploide recente è i so parenti.
Riferimentu
A resequenza di u genoma sanu revela l'origine di Brassica napus è i lochi genetichi implicati in a so migliione [J].Comunicazioni di a natura, 2019, 10 (1).
Notizie è Highlights hà u scopu di sparta l'ultimi casi di successu cù Biomarker Technologies, catturà novi successi scientifichi è tecniche prominenti applicate durante u studiu.
Tempu di Postu: 05-Jan-2022