GWAS
શીર્ષક: સંપૂર્ણ-જીનોમ રિક્વેન્સિંગ તેના સુધારણામાં સામેલ બ્રાસિકા નેપસ મૂળ અને આનુવંશિક સ્થાનને દર્શાવે છે
જર્નલ: નેચર કોમ્યુનિકેશન્સ
NGS |WGS |અનુસંધાન |GWAS |ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ |RNAseq |બ્રાસિકા નેપસ |ઉત્ક્રાંતિ |ઘરેલું
આ અભ્યાસમાં, બાયોમાર્કર ટેક્નૉલોજિસે NGS સિક્વન્સિંગ પર સેવાઓ તેમજ સિક્વન્સિંગ ડેટા પર બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ પર ટેકનિકલ સપોર્ટ પૂરો પાડ્યો હતો.
પૃષ્ઠભૂમિ
બ્રાસિકા નેપસ(રેપસીડ) એ એક મહત્વપૂર્ણ તેલીબિયાં પાક છે અને પોલીપ્લોઈડ સ્પેસીએશન, ઉત્ક્રાંતિ અને પસંદગીની પ્રક્રિયાઓની તપાસ માટેનું ઉત્તમ મોડેલ છે.જો કે, જંગલી પ્રજાતિઓ કે પાળેલા દાતાઓ પેરેંટલ પૂર્વજ હતા અને રેપસીડમાં પાળેલા અને સુધારણામાં ફાળો આપતા જનીનો હજુ અજ્ઞાત છે.
સામગ્રી અને પદ્ધતિઓ
સામગ્રી:588B. નેપસઆ અભ્યાસમાં એશિયામાંથી 466, યુરોપમાંથી 102, ઉત્તર અમેરિકામાંથી 13 અને ઓસ્ટ્રેલિયામાંથી 7 સહિત એક્સેસન્સ સામેલ હતા.વૃદ્ધિની આદતના રેકોર્ડના આધારે, આ સામગ્રીઓને ત્રણ ઇકોટાઇપ્સમાં વિભાજિત કરવામાં આવી હતી;વસંત (86 જોડાણો), શિયાળો (74 જોડાણો), અને અર્ધ-શિયાળો (428 જોડાણો).
અનુક્રમ:સરેરાશ આશરે.5× (3.37× થી 7.71× સુધી)
સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ:ઇલુમિના હિસેક 4000
ડેટા ઉત્પાદન:4.03 Tb સ્વચ્છ ડેટા
SNP કૉલિંગ:BWA + GATK.5,294,158 SNPs અને 1,307,151 InDels મેળવ્યા હતા.
પરિણામો
બી. નેપસનું મૂળ
B. નેપસએક સબજીનોમ યુરોપિયન સલગમના પૂર્વજમાંથી વિકસિત થયો છે.યુરોપિયન સલગમથી જનીન પ્રવાહની ઘટનાબી. નપુ~ 106-1170 વર્ષ પહેલાં સબજેનોમ થયો હતો.B. નેપસસી સબજીનોમ આ વંશના સામાન્ય પૂર્વજમાંથી વિકસિત થઈ શકે છે.ના પૂર્વજB. નેપસચાર બી. ઓલેરેસી પેટાજાતિઓના સામાન્ય પૂર્વજમાંથી વિભાજિત, તાજેતરના જનીન પ્રવાહ સાથેB. નેપસ~108-898 વર્ષ પહેલાં.B. નેપસC સબજેનોમ એ સબજેનોમ કરતાં વધુ જટિલ મૂળ ધરાવે છે.દરમિયાન બંને બે સબજીનોમમાં મજબૂત અડચણ ઊભી થઈB. નેપસઉત્ક્રાંતિશિયાળો અને અર્ધ શિયાળોB. નેપસઇકોટાઇપ્સ ~60 વર્ષ પહેલાં અલગ થઈ ગયા હતા, જ્યારે શિયાળો અને વસંતB. નેપસ~ 416 વર્ષ પહેલાં, અને તેલીબિયાં અને બિન-તેલીબિયાંB. નેપસ~ 277 વર્ષ પહેલાં અલગ થઈ ગયું.
ફિગ. 2 588 B. નેપસ એક્સેસન્સ અને 199 B. રાપા એક્સેસન્સનું વસ્તી માળખું.
ફિગ. 3 588 B. નેપસ એક્સેસન્સ અને 119 B. ઓલેરેસીયા એક્સેસન્સનું વસ્તી માળખું
પસંદગીના સંકેતો અને જીનોમ-વ્યાપી એસોસિએશન અભ્યાસ.
સુધારણાના પ્રથમ તબક્કા (FSI) દરમિયાન, A સબજેનોમ કરતાં B. નેપસ સી સબજેનોમમાં વધુ આનુવંશિક વિવિધતા નષ્ટ થઈ હતી.સુધારણાના બીજા તબક્કા (SSI) કરતાં FSI દરમિયાન ઓછો આનુવંશિક તફાવત જોવા મળ્યો.SSI-પસંદગી સિગ્નલ પ્રદેશોમાં જનીનો તણાવ સહિષ્ણુતા, વિકાસ અને મેટાબોલિક પાથવેમાં સમૃદ્ધ હતા.60 સ્થાનો નોંધપાત્ર રીતે 10 લક્ષ્ય લક્ષણો સાથે સંકળાયેલા છે, જેમાં 5 બીજની ઉપજ સાથે, 3 થી સિલિક લંબાઈ, 4 તેલની સામગ્રી સાથે અને 48 બીજની ગુણવત્તા સાથે સંબંધિત છે.
ફિગ. 4 બી. નેપસના SSI દરમિયાન જીનોમ-વ્યાપી સ્કેનિંગ અને પસંદ કરેલા પ્રદેશોની ટીકા
ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ વિશ્લેષણ
ગ્લુકોસિનોલેટ બાયોસિન્થેટિક પ્રક્રિયાથી સંબંધિત ઉચ્ચ-તેલ-સામગ્રી અને ડબલ-નીચી કલ્ટીવાર અને ઓછી-તેલ-સામગ્રી અને ડબલ-ઉચ્ચ કલ્ટીવારના 11 પેશીઓનો RNAseq ડેટા નોંધપાત્ર રીતે વધુ રજૂ કરવામાં આવ્યો હતો.
ફિગ. 5 બી. નેપસના ઇકોટાઇપ સુધારણાની પસંદગી હેઠળ ફૂલોના સમયના નિયમનની ઝાંખી
ચર્ચા
આ અભ્યાસના મૂળ અને સુધારણા ઇતિહાસને સમજવા માટે એક મૂલ્યવાન સંસાધન પૂરું પાડ્યુંB. નેપસઅને મહત્વપૂર્ણ કૃષિ સંકુલ લક્ષણોના આનુવંશિક પાયાના વિચ્છેદનને સરળ બનાવશે.સાનુકૂળ પ્રકારો, પસંદગીના સંકેતો અને ઉમેદવાર જનીનો સાથે સંકળાયેલા નોંધપાત્ર SNP ભવિષ્યમાં મોટાભાગે ફાળો આપશે, ખાસ કરીને આ તાજેતરના એલોપોલિપ્લોઇડ પાક અને તેના સંબંધીઓની ઉપજ, બીજની ગુણવત્તા, તેલની સામગ્રી અને અનુકૂલનક્ષમતા સુધારવામાં.
સંદર્ભ
સંપૂર્ણ-જીનોમ અનુક્રમણિકા તેના સુધારણામાં સામેલ બ્રાસિકા નેપસ મૂળ અને આનુવંશિક સ્થાનને છતી કરે છે[J].નેચર કોમ્યુનિકેશન્સ, 2019, 10(1).
સમાચાર અને હાઇલાઇટ્સ બાયોમાર્કર ટેક્નોલોજીસ સાથે નવીનતમ સફળ કિસ્સાઓ શેર કરવાનો હેતુ, નવલકથા વૈજ્ઞાનિક સિદ્ધિઓ તેમજ અભ્યાસ દરમિયાન લાગુ કરાયેલી અગ્રણી તકનીકોને કેપ્ચર કરવાનો છે.
પોસ્ટ સમય: જાન્યુઆરી-05-2022