GWAS
ခေါင်းစဉ်- မျိုးရိုးဗီဇတစ်ခုလုံးကို ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း Brassica napus ဇာစ်မြစ်နှင့် ၎င်း၏တိုးတက်မှုတွင် ပါဝင်သော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာနေရာများကို ဖော်ပြသည်
ဂျာနယ်- သဘာဝဆက်သွယ်ရေး
NGS |WGS |ထပ်ဆင့် |GWAS |စာသားမှတ်တမ်း |RNAseq |Brassica napus |ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် |အိမ်တွင်းရေး
ဤလေ့လာမှုတွင် Biomarker Technologies သည် NGS စည်းမျဥ်းဆက်ခြင်းဆိုင်ရာ ဝန်ဆောင်မှုများအပြင် ဒေတာစုခွဲခြင်းဆိုင်ရာ bioinformatics ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုဆိုင်ရာ နည်းပညာပိုင်းဆိုင်ရာ ပံ့ပိုးမှုတို့ကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။
နောက်ခံ
Brassica napus(rapeseed) သည် အရေးပါသော ဆီထွက်သီးနှံဖြစ်ပြီး polyploid speciation၊ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် ရွေးချယ်မှုဆိုင်ရာ လုပ်ငန်းစဉ်များကို စုံစမ်းစစ်ဆေးရန် အကောင်းဆုံး စံနမူနာတစ်ခုဖြစ်သည်။သို့ရာတွင် တောရိုင်းမျိုးစိတ်များ သို့မဟုတ် အိမ်မွေးအလှူရှင်များ သည် မျိုးရိုးဗီဇနှင့် မျိုးရိုးဗီဇများ မွေးမြူခြင်း နှင့် မုဒိမ်းမျိုးစေ့များ တိုးတက်ကောင်းမွန်စေခြင်း ရှိမရှိကို မသိရသေးပါ။
ကုန်ကြမ်းနှင့်နည်းစနစ်များ
သင်ထောက်ကူပစ္စည်းများ:၅၈၈B. napusအာရှမှ ၄၆၆ ဦး၊ ဥရောပမှ ၁၀၂ ဦး၊ မြောက်အမေရိကမှ ၁၃ ဦး၊ သြစတြေးလျမှ ၇ ဦး၊ကြီးထွားမှုအလေ့အထမှတ်တမ်းများကို အခြေခံ၍ ဤပစ္စည်းများကို ဂေဟအမျိုးအစားသုံးမျိုးခွဲထားသည်။နွေဦး (၈၆ ကြိမ်)၊ ဆောင်းရာသီ (၇၄ ခု)၊ နှင့် ဆောင်းရာသီတစ်ပိုင်း (၄၂၈)။
စီစစ်ခြင်း-ပျမ်းမျှ အနီးစပ်ဆုံး5× (3.37× မှ 7.71× အတွင်း)
စီစစ်ခြင်း ပလပ်ဖောင်း-Illumina Hiseq 4000
ဒေတာထုတ်လုပ်မှု-4.03 Tb ဒေတာသန့်ရှင်းမှု
SNP ခေါ်ဆိုမှု-BWA + GATK ။5,294,158 SNP နှင့် 1,307,151 InDels ကို ရယူခဲ့သည်။
ရလဒ်များ
B. napus ၏မူလအစ
B. napusမျိုးနွယ်ခွဲတစ်ခုသည် ဥရောပမုန်လာဥ၏ဘိုးဘေးမှ ပေါက်ဖွားလာခြင်းဖြစ်သည်။ဥရောပ မုန်လာဥမှသည် မျိုးရိုးဗီဇ စီးဆင်းမှု ဖြစ်ရပ်တစ်ခုB. napus အမျိုးအစားခွဲတစ်ခုသည် လွန်ခဲ့သောနှစ်ပေါင်း ~ 106 မှ 1170 နှစ်ခန့်က ဖြစ်ပွားခဲ့သည်။B. napusC subgenome သည် ဤမျိုးရိုးစဉ်ဆက်များ၏ ဘုံဘိုးဘေးများမှ ဆင့်ကဲပြောင်းလဲလာနိုင်သည်။ဘိုးဘေးB. napusမကြာသေးမီက မျိုးရိုးဗီဇ စီးဆင်းမှုနှင့်အတူ B. oleracea မျိုးကွဲလေးမျိုး၏ ဘုံဘိုးဘေးမှ ခွဲထွက်သည်။B. napusလွန်ခဲ့သော ၁၀၈-၈၉၈ နှစ်။B. napusC subgenome သည် A Subgenome ထက် ပိုမိုရှုပ်ထွေးသော ဇစ်မြစ်ရှိသည်။ကာလအတွင်း ဂျီနိုမ် နှစ်ခုစလုံးတွင် ပြင်းထန်သော ပိတ်ဆို့မှုများ ဖြစ်ပေါ်ခဲ့သည်။B. napusဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်။ဆောင်းက ဆောင်းတစ်ပိုင်းB. napusဂေဟအမျိုးအစားများသည် လွန်ခဲ့သောနှစ်ပေါင်း ၆၀ ခန့်က ဆောင်းရာသီနှင့် နွေဦးရာသီတွင် ကွဲပြားခဲ့ကြသည်။B. napusလွန်ခဲ့သော ၄၁၆ နှစ်ခန့်က ဆီထွက်သီးနှံနှင့် ဆီထွက်သီးနှံမဟုတ်သော ကွဲပြားခဲ့သည်။B. napusလွန်ခဲ့သော ၂၇၇ နှစ်ခန့်က ကွဲပြားခဲ့သည်။
ပုံ 2 588 B. napus ဝင်ရောက်မှုများ၏ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံနှင့် B. rapa ဝင်ရောက်မှုများ၏ 199။
ပုံ 3 588 B. napus ဝင်ရောက်မှုများ၏ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံနှင့် B. oleracea ဝင်ရောက်မှု 119 ခု၊
ရွေးချယ်မှုအချက်ပြမှုများနှင့် Genome-wide ဆက်စပ်လေ့လာမှုများ။
တိုးတက်မှုပထမအဆင့် (FSI) တွင် A subgenome ထက် B. napus C subgenome တွင် မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှု ပိုများသည်။တိုးတက်မှု ဒုတိယအဆင့် (SSI) ထက် FSI ကာလအတွင်း မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှု နည်းပါးသည်။SSI-ရွေးချယ်မှုအချက်ပြဒေသများရှိ မျိုးဗီဇများသည် စိတ်ဖိစီးမှုခံနိုင်ရည်ရှိမှု၊ ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုနှင့် ဇီဝဖြစ်စဉ်လမ်းကြောင်းများတွင် ကြွယ်ဝသည်။မျိုးစေ့အထွက်နှုန်းနှင့်သက်ဆိုင်သည့် 5 မျိုး၊ silique အရှည် 3 မှ 4 အထိ၊ ဆီပါဝင်မှု 4 နှင့် မျိုးစေ့အရည်အသွေးဆိုင်ရာ 48 အပါအဝင် ပစ်မှတ် 10 နှင့် သိသိသာသာဆက်စပ်နေသည့် loci 60 ကို ဖော်ထုတ်ခဲ့သည်။
ပုံ။ 4 B. napus ၏ SSI အတွင်း ရွေးချယ်ထားသော ဒေသများ၏ ဂျီနိုမိုကျယ်ပြန့်သော စကင်ဖတ်ခြင်းနှင့် မှတ်ချက်များကို
စာသားသုံးသပ်ချက်
အဆီပါဝင်မှုမြင့်မားပြီး နှစ်ဆနိမ့်မျိုးစေ့မှ တစ်ရှူး ၁၁ ခု၏ RNAseq ဒေတာနှင့် အဆီပါဝင်မှုနည်းသော မျိုးဗီဇနှစ်ဆမြင့်မားသော မျိုးဗီဇများသည် glucosinolate ဇီဝပေါင်းစပ်မှုဖြစ်စဉ်နှင့် သက်ဆိုင်သည့် ဒေတာများကို သိသိသာသာ ကျော်လွန်နေပါသည်။
ပုံ 5 B. napus ၏ ecotype တိုးတက်မှုကို ရွေးချယ်မှုအောက်တွင် ပန်းပွင့်ချိန်စည်းမျဉ်း၏ ခြုံငုံသုံးသပ်ချက်
ဆွေးနွေးခြင်း။
ဤလေ့လာမှုသည် မူလဇစ်မြစ်နှင့် တိုးတက်မှုသမိုင်းကို နားလည်ရန်အတွက် အဖိုးတန်အရင်းအမြစ်တစ်ခုဖြစ်သည်။B. napusနှင့် အရေးကြီးသော စိုက်ပျိုးရေးဆိုင်ရာ ရှုပ်ထွေးသော လက္ခဏာများ၏ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံများကို ခွဲခြမ်းစိပ်ဖြာရာတွင် လွယ်ကူချောမွေ့စေမည်ဖြစ်သည်။နှစ်သက်ဖွယ်မျိုးကွဲများ၊ ရွေးချယ်မှုအချက်ပြမှုများနှင့် ကိုယ်စားလှယ်လောင်းမျိုးဗီဇများနှင့် ဆက်စပ်နေသော သိသာထင်ရှားသော SNP များသည် အထူးသဖြင့် အထွက်နှုန်း၊ မျိုးစေ့အရည်အသွေး၊ ဆီပါဝင်မှုနှင့် လိုက်လျောညီထွေရှိသော ဤမကြာသေးမီက allopolyploid သီးနှံနှင့် ၎င်း၏ဆွေမျိုးများ၏ လိုက်လျောညီထွေရှိမှုတို့ကို ပိုမိုကောင်းမွန်စေမည့် အနာဂတ်တွင် များစွာအထောက်အကူပြုမည်ဖြစ်သည်။
အကိုးအကား
ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် Brassica napus ဇစ်မြစ်နှင့် ၎င်း၏တိုးတက်မှုတွင်ပါ၀င်သော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာနေရာများကို ဖော်ပြသည်။သဘာဝဆက်သွယ်ရေး၊ ၂၀၁၉၊ ၁၀(၁)။
သတင်းများနှင့် ပေါ်လွင်ချက်များ Biomarker Technologies နှင့် နောက်ဆုံးအောင်မြင်သော ကိစ္စများကို မျှဝေရန် ရည်ရွယ်ပြီး၊ ဆန်းသစ်သော သိပ္ပံနည်းကျ အောင်မြင်မှုများကို ဖမ်းယူကာ လေ့လာမှုအတွင်း အသုံးပြုသည့် ထင်ရှားသော နည်းပညာများကို ဖမ်းယူရန် ရည်ရွယ်သည်။
စာတိုက်အချိန်- Jan-05-2022