GWAS
Kichwa: Ufuataji wa jenomu nzima unaonyesha asili ya Brassica napus na loci ya kijeni inayohusika katika uboreshaji wake.
Jarida: Mawasiliano ya asili
NGS |WGS |Inayofuatana |GWAS |Nakala |RNAseq |Brassica napus |Mageuzi |Ufugaji wa nyumbani
Katika utafiti huu, Biomarker Technologies ilitoa Huduma kuhusu mpangilio wa NGS, pamoja na usaidizi wa kiufundi kuhusu uchanganuzi wa habari za kibayolojia kwenye mfuatano wa data.
Usuli
Brassica napus(rapeseed) ni zao muhimu la mbegu za mafuta na kielelezo bora cha kuchunguza michakato ya uchunguzi wa poliploidi, mageuzi na uteuzi.Hata hivyo, kama spishi za porini au wafadhili waliofugwa walikuwa wazazi wa wazazi na jeni zilizochangia ufugaji na uboreshaji wa mbegu za ubakaji bado hazijulikani.
nyenzo na njia
Nyenzo:588B. napuswashiriki walihusika katika utafiti huu, ikijumuisha 466 kutoka Asia, 102 kutoka Ulaya, 13 kutoka Amerika Kaskazini, na 7 kutoka Australia.Kulingana na rekodi za mazoea ya ukuaji, nyenzo hizi ziligawanywa katika ecotypes tatu;chemchemi (viingilio 86), msimu wa baridi (viingilio 74), na nusu ya msimu wa baridi (viingilio 428).
Mfuatano:Wastani wa takriban.5× (kuanzia 3.37× hadi 7.71×)
Jukwaa la mpangilio:Illumina Hiseq 4000
Uzalishaji wa data:4.03 Tb data safi
SNP inapiga simu:BWA + GATK.SNP 5,294,158 na InDels 1,307,151 zilipatikana.
Matokeo
Asili ya B. napus
B. napusSubgenome iliibuka kutoka kwa babu wa turnip ya Uropa.Tukio la mtiririko wa jeni kutoka turnip ya Ulaya hadiB. napus A subjenome ilitokea ~ miaka 106–1170 iliyopita.B. napusC inaweza kuwa iliibuka kutoka kwa asili ya kawaida ya nasaba hizi.Babu waB. napusimegawanyika kutoka kwa asili ya spishi ndogo nne za B. oleracea, na mtiririko wa hivi karibuni wa jeni ndaniB. napus~miaka 108–898 iliyopita.B. napusC subjenome ina asili changamano kuliko A Subjenome.Kikwazo chenye nguvu kilijitokeza katika subjenomes zote mbili wakati waB. napusmageuzi.Majira ya baridi na nusu ya baridiB. napusecotypes ilitofautiana ~ miaka 60 iliyopita, ambapo majira ya baridi na masikaB. napusilitofautiana ~ miaka 416 iliyopita, na mbegu za mafuta na zisizo na mafutaB. napusilitofautiana ~ miaka 277 iliyopita.
Kielelezo 2 Muundo wa idadi ya watu 588 B. nyongeza za napus na 199 za B. rapa nyongeza.
Kielelezo 3 Muundo wa idadi ya watu wa 588 B. waliojiunga na napus na 119 wa B. oleracea waliojiunga
Ishara za uteuzi na masomo ya ushirika wa Genome kote.
Wakati wa hatua ya kwanza ya uboreshaji (FSI), tofauti nyingi za kijeni zilipotea katika subjenomu ya B. napus C kuliko katika jenomu ndogo A.Tofauti ndogo ya maumbile ilitokea wakati wa FSI kuliko wakati wa hatua ya pili ya uboreshaji (SSI).Jeni katika maeneo ya ishara za uteuzi wa SSI ziliboreshwa katika uvumilivu wa mafadhaiko, ukuzaji na njia za kimetaboliki.Loci 60 zinazohusiana kwa kiasi kikubwa na sifa 10 zinazolengwa, zikiwemo 5 zinazohusiana na mavuno ya mbegu, 3 hadi urefu wa silique, 4 kwa maudhui ya mafuta, na 48 kwa ubora wa mbegu zilitambuliwa.
Mtini. 4 Kuchanganua kwa upana wa genome na maelezo ya maeneo yaliyochaguliwa wakati wa SSI ya B. napus
Uchambuzi wa nakala
Data ya RNAseq ya tishu 11 kutoka kwa aina yenye maudhui ya juu ya mafuta na chini maradufu na aina zenye maudhui ya chini ya mafuta na aina mbili za juu zinazohusiana na mchakato wa kibayolojia wa glucosinolate ziliwakilishwa kwa kiasi kikubwa.
Mtini. 5 Muhtasari wa udhibiti wa wakati wa maua chini ya uteuzi wa uboreshaji wa aina ya ikolojia ya B. napus
Majadiliano
Utafiti huu ulitoa nyenzo muhimu kwa kuelewa asili na historia ya uboreshaji waB. napusna itawezesha mgawanyiko wa misingi ya kijeni ya sifa changamano za kilimo.SNP muhimu zinazohusishwa na lahaja zinazofaa, ishara za uteuzi na jeni za wagombea zitachangia pakubwa katika siku zijazo, hasa katika kuboresha mavuno, ubora wa mbegu, maudhui ya mafuta, na uwezo wa kubadilika wa zao hili la hivi majuzi la allopolyploid na jamaa zake.
Rejea
Ufuataji wa jenomu nzima huonyesha asili ya napus ya Brassica na loci ya kijeni inayohusika katika uboreshaji wake[J].Mawasiliano ya asili, 2019, 10(1).
Habari na Muhimu inalenga kushiriki kesi za hivi punde zilizofaulu na Biomarker Technologies, kupata mafanikio mapya ya kisayansi na pia mbinu maarufu zilizotumika wakati wa utafiti.
Muda wa kutuma: Jan-05-2022