GWAS
Наслов: Ресеквенцирањето на целиот геном го открива потеклото на Brassica napus и генетските локуси вклучени во неговото подобрување
Весник: Природа комуникации
НГС |WGS |Ресеквенционирање |GWAS |Транскриптом |RNAseq |Brassica napus |Еволуција |Припитомување
Во оваа студија, Biomarker Technologies обезбеди Услуги за секвенционирање на NGS, како и техничка поддршка за биоинформатичка анализа на податоци за секвенционирање.
Позадина
Brassica napus(семе од репка) е важна култура на маслодајни семиња и одличен модел за истражување на процесите на полиплоидна специјација, еволуција и селекција.Сепак, дали дивите видови или домашните донатори биле родителски прогенитори и гени кои придонеле за припитомување и подобрување на семето од репка сè уште не се познати.
материјали и методи
Материјали:588B. napusПриклучоците беа вклучени во оваа студија, вклучувајќи 466 од Азија, 102 од Европа, 13 од Северна Америка и 7 од Австралија.Врз основа на записите на навиките за раст, овие материјали беа поделени во три екотипови;пролет (86 пристапи), зима (74 пристапи) и полузимски (428 пристапи).
Секвенционирање:Просечен прибл.5× (во опсег од 3,37× до 7,71×)
Платформа за секвенционирање:Illumina Hiseq 4000
Производство на податоци:4,03 Tb чисти податоци
SNP повикување:BWA + GATK.Добиени се 5.294.158 SNP и 1.307.151 InDels.
Резултати
Потекло на B. napus
B. napusПодгеном еволуирал од предокот на европската репка.Настан на проток на гени од европската репка доB. napus Подгеном се случил пред ~ 106-1170 години.B. napusС подгеномот можеби еволуирал од заедничкиот предок на овие лоза.Предокот наB. napusподелено од заедничкиот предок на четири подвидови B. oleracea, со неодамнешен проток на гени воB. napusПред ~ 108–898 години.B. napusПодгеномот C има посложено потекло од подгеномот A.Силно тесно грло се разви во двата два подгенома во текот наB. napusеволуција.Зимскиот и полузимскиотB. napusекотиповите се разделиле пред ~ 60 години, додека зимата и пролеттаB. napusсе разделиле пред ~ 416 години, и маслодајни и немаслениB. napusсе раздели пред ~ 277 години.
Сл. 2 Структура на населението од 588 пристапи на B. napus и 199 на B. rapa пристапи.
Сл. 3 Структура на населението од 588 B. napus пристапи и 119 од B. oleracea пристапи
Сигнали за селекција и студии за асоцијација на ниво на геном.
Во текот на првата фаза на подобрување (FSI), повеќе генетска разновидност беше изгубена во подгеномот B. napus C отколку во подгеномот А.Помалку генетска диференцијација се случи за време на FSI отколку за време на втората фаза на подобрување (SSI).Гените во сигналните региони за избор на SSI беа збогатени со толеранција на стрес, развој и метаболички патишта.Идентификувани се 60 локуси значајно поврзани со 10 целни особини, вклучително 5 поврзани со приносот на семето, 3 со должината на шилестата, 4 со содржината на масло и 48 со квалитетот на семето.
Сл. 4 Скенирање на целиот геном и прибелешки на избраните региони за време на SSI на B. napus
Анализа на транскриптом
Податоците од RNAseq од 11 ткива од сорта со висока содржина на масло и двојно-ниско ниво и идентификувани гени со ниска содржина на масло и двојно висока сорта поврзани со биосинтетичкиот процес на глукозинолат беа значително презастапени.
Сл. 5 Преглед на регулацијата на времето на цветање според изборот на подобрување на екотипот на B. napus
Дискусија
Оваа студија обезбеди вреден ресурс за разбирање на потеклото и историјата на подобрување наB. napusи ќе ја олесни дисекцијата на генетските основи на важните агрономски комплексни особини.Значајните SNP поврзани со поволните варијанти, сигналите за селекција и кандидатските гени во голема мера ќе придонесат во иднина, особено во подобрувањето на приносот, квалитетот на семето, содржината на маслото и приспособливоста на оваа неодамнешна алополиплоидна култура и нејзините роднини.
Референца
Ресеквенцирањето на целиот геном го открива потеклото на Brassica napus и генетските локуси вклучени во неговото подобрување [J].Природа комуникации, 2019, 10 (1).
Вести и моменти има за цел да ги сподели најновите успешни случаи со Biomarker Technologies, доловувајќи нови научни достигнувања, како и истакнати техники применети во текот на студијата.
Време на објавување: Јан-05-2022 година