GWAS
ຫົວຂໍ້: ການສືບພັນພັນທຸກໍາທັງໝົດເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນຕົ້ນກຳເນີດຂອງ Brassica napus ແລະ ສະຖານທີ່ທາງພັນທຸກໍາທີ່ມີສ່ວນຮ່ວມໃນການປັບປຸງຂອງມັນ
ວາລະສານ: ການສື່ສານທໍາມະຊາດ
NGS |WGS |Resequencing |GWAS |ການຖອດຂໍ້ຄວາມ |RNAseq |Brassica napus |ວິວັດທະນາການ |ບ້ານ
ໃນການສຶກສານີ້, Biomarker Technologies ສະຫນອງການບໍລິການກ່ຽວກັບ NGS sequencing, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບການສະຫນັບສະຫນູນດ້ານວິຊາການກ່ຽວກັບການວິເຄາະ bioinformatics ກ່ຽວກັບລໍາດັບຂໍ້ມູນ.
ຄວາມເປັນມາ
Brassica napus(rapeseed) ເປັນພືດ oilseed ທີ່ສໍາຄັນແລະຮູບແບບທີ່ດີເລີດສໍາລັບການສືບສວນຂະບວນການຂອງ polyploid speciation, evolution ແລະການຄັດເລືອກ.ແນວໃດກໍ່ຕາມ, ບໍ່ວ່າຈະເປັນຊະນິດສັດປ່າ ຫຼືຜູ້ໃຫ້ທຶນໃນບ້ານແມ່ນຜູ້ສືບພັນຂອງພໍ່ແມ່ ແລະພັນທຸກໍາທີ່ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນການລ້ຽງສັດ ແລະການປັບປຸງພັນພືດແມ່ນຍັງບໍ່ທັນຮູ້ເທື່ອ.
ວັດສະດຸແລະວິທີການ
ວັດສະດຸ:588B. napusການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກໄດ້ມີສ່ວນຮ່ວມໃນການສຶກສານີ້, ລວມທັງ 466 ຄົນຈາກອາຊີ, 102 ຈາກເອີຣົບ, 13 ຈາກອາເມລິກາເຫນືອ, ແລະ 7 ຈາກອົດສະຕາລີ.ອີງຕາມການບັນທຶກນິໄສການຂະຫຍາຍຕົວ, ວັດສະດຸເຫຼົ່ານີ້ໄດ້ຖືກແບ່ງອອກເປັນສາມ ecotypes;ພາກຮຽນ spring (86 ເຂົ້າ), ລະດູຫນາວ (74 ເຂົ້າ), ແລະເຄິ່ງລະດູຫນາວ (428 ເຂົ້າ).
ການຈັດລໍາດັບ:ສະເລ່ຍປະມານ.5× (ຕັ້ງແຕ່ 3.37× ຫາ 7.71×)
ເວທີການຈັດລໍາດັບ:Illumina Hiseq 4000
ການຜະລິດຂໍ້ມູນ:ຂໍ້ມູນສະອາດ 4.03 Tb
ການໂທ SNP:BWA + GATK.ໄດ້ຮັບ 5,294,158 SNPs ແລະ 1,307,151 InDels.
ຜົນໄດ້ຮັບ
ຕົ້ນກໍາເນີດຂອງ B. napus
B. napussubgenome ພັດທະນາມາຈາກບັນພະບຸລຸດຂອງ turnip ເອີຣົບ.ເຫດການການໄຫຼຂອງ gene ຈາກ turnip ເອີຣົບໄປຫາB. ນາປູs A subgenome ເກີດຂຶ້ນ ~ 106-1170 ປີກ່ອນຫນ້ານີ້.B. napusC subgenome ອາດຈະພັດທະນາມາຈາກບັນພະບຸລຸດທົ່ວໄປຂອງເຊື້ອສາຍເຫຼົ່ານີ້.ບັນພະບຸລຸດຂອງB. napusແຍກອອກຈາກບັນພະບຸລຸດທົ່ວໄປຂອງສີ່ຊະນິດຍ່ອຍ B. oleracea, ມີ gene ທີ່ຜ່ານມາໄຫຼເຂົ້າໄປໃນB. napus~108–898 ປີກ່ອນຫນ້ານີ້.B. napusC subgenome ມີຕົ້ນກໍາເນີດທີ່ສະລັບສັບຊ້ອນຫຼາຍກ່ວາ A subgenome.ຄໍຂວດທີ່ເຂັ້ມແຂງພັດທະນາຢູ່ໃນທັງສອງ subgenomes ໃນລະຫວ່າງB. napusວິວັດທະນາການ.ລະດູຫນາວແລະເຄິ່ງລະດູຫນາວB. napusນິເວດວິທະຍາມີຄວາມແຕກຕ່າງ ~ 60 ປີກ່ອນ, ໃນຂະນະທີ່ລະດູ ໜາວ ແລະລະດູໃບໄມ້ປົ່ງB. napusdiverged ~416 ປີກ່ອນຫນ້ານີ້, ແລະ oilseed ແລະທີ່ບໍ່ແມ່ນ oilseedB. napusdiverged ~277 ປີກ່ອນຫນ້ານີ້.
Fig. 2 ໂຄງສ້າງປະຊາກອນຂອງ 588 B. napus accessions ແລະ 199 ຂອງ B. rapa accessions.
Fig. 3 ໂຄງສ້າງປະຊາກອນຂອງ 588 B. napus accessions ແລະ 119 ຂອງ B. oleracea accessions
ສັນຍານການຄັດເລືອກແລະການສຶກສາສະມາຄົມທົ່ວ Genome.
ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນທໍາອິດຂອງການປັບປຸງ (FSI), ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງພັນທຸກໍາໄດ້ສູນເສຍໄປໃນ subgenome B. napus C ຫຼາຍກ່ວາໃນ subgenome A.ຄວາມແຕກຕ່າງທາງພັນທຸກໍາເກີດຂຶ້ນໃນໄລຍະ FSI ຫນ້ອຍກ່ວາໃນໄລຍະການປັບປຸງຂັ້ນຕອນທີສອງ (SSI).ພັນທຸ ກຳ ໃນເຂດສັນຍານທີ່ເລືອກ SSI ໄດ້ຖືກປັບປຸງໃນຄວາມທົນທານຕໍ່ຄວາມກົດດັນ, ການພັດທະນາແລະເສັ້ນທາງການເຜົາຜະຫລານ.60 loci ມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍກັບ 10 ລັກສະນະເປົ້າຫມາຍ, ລວມທັງ 5 ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນຜະລິດຂອງແກ່ນ, ຄວາມຍາວ 3 ຫາ silique, 4 ເນື້ອໃນຂອງນ້ໍາມັນ, ແລະ 48 ຕໍ່ກັບຄຸນນະພາບຂອງແກ່ນ.
Fig. 4 ການສະແກນທົ່ວ Genome ແລະຄໍາບັນຍາຍຂອງພາກພື້ນທີ່ເລືອກໃນລະຫວ່າງ SSI ຂອງ B. napus
ການວິເຄາະການຖອດຂໍ້ຄວາມ
ຂໍ້ມູນ RNAseq ຂອງ 11 ເນື້ອເຍື່ອຈາກແນວພັນທີ່ມີນ້ໍາມັນສູງແລະສອງຊັ້ນຕ່ໍາແລະແນວພັນທີ່ມີນ້ໍາມັນຕ່ໍາແລະສອງຊັ້ນສູງໄດ້ກໍານົດພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຂະບວນການ biosynthetic glucosinolate ໄດ້ຖືກສະແດງຫຼາຍເກີນໄປ.
ຮູບທີ 5 ພາບລວມຂອງລະບຽບການອອກດອກ-ເວລາອອກດອກພາຍໃຕ້ການຄັດເລືອກການປັບປຸງນິເວດຂອງ B. napus
ສົນທະນາ
ການສຶກສານີ້ໄດ້ສະຫນອງຊັບພະຍາກອນທີ່ມີຄຸນຄ່າສໍາລັບການເຂົ້າໃຈຕົ້ນກໍາເນີດແລະປະຫວັດສາດການປັບປຸງຂອງB. napusແລະຈະສ້າງຄວາມສະດວກໃນການ dissection ຂອງຖານພັນທຸກໍາຂອງລັກສະນະສະລັບສັບຊ້ອນ agronomic ທີ່ສໍາຄັນ.SNPs ທີ່ສໍາຄັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຕົວແປທີ່ເອື້ອອໍານວຍ, ສັນຍານການຄັດເລືອກແລະພັນທຸກໍາຜູ້ສະຫມັກຈະປະກອບສ່ວນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນອະນາຄົດ, ໂດຍສະເພາະໃນການປັບປຸງຜົນຜະລິດ, ຄຸນນະພາບຂອງແກ່ນ, ເນື້ອໃນນ້ໍາມັນ, ແລະການປັບຕົວຂອງພືດ allopolyploid ທີ່ຜ່ານມານີ້ແລະພີ່ນ້ອງຂອງມັນ.
ອ້າງອິງ
ການຈັດລຽງລຳດັບພັນທຸກຳທັງໝົດເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນຕົ້ນກຳເນີດຂອງ Brassica napus ແລະພັນທຸກຳທີ່ຕັ້ງຢູ່ໃນການປັບປຸງຂອງມັນ[J].ການສື່ສານທໍາມະຊາດ, 2019, 10(1).
ຂ່າວແລະຈຸດເດັ່ນ ມີຈຸດປະສົງເພື່ອແບ່ງປັນກໍລະນີທີ່ປະສົບຜົນສໍາເລັດຫລ້າສຸດກັບ Biomarker Technologies, ເກັບກໍາຜົນສໍາເລັດທາງວິທະຍາສາດໃຫມ່ເຊັ່ນດຽວກັນກັບເຕັກນິກທີ່ໂດດເດັ່ນທີ່ໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການສຶກສາ.
ເວລາປະກາດ: 05-05-2022