GWAS
Tit: Resekans antye-genom revele orijin Brassica napus ak loci jenetik ki enplike nan amelyorasyon li yo.
Jounal: Nati kominikasyon
NGS |WGS |Resekans |GWAS |Transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Evolisyon |Domestikasyon
Nan etid sa a, Biomarker Technologies te bay Sèvis sou sekans NGS, ansanm ak sipò teknik sou analiz bioenfòmatik sou done sekans.
Jan nou koumanse
Brassica napus(kolza) se yon rekòt lwil enpòtan ak yon modèl ekselan pou mennen ankèt sou pwosesis spesyasyon poliploid, evolisyon ak seleksyon.Sepandan, si espès sovaj oswa donatè domestik yo te pitit pitit paran yo ak jèn ki kontribye nan domestikasyon ak amelyorasyon nan kolza yo toujou enkoni.
Materyèl ak metòd
Materyèl:588B. napusaksesyon yo te patisipe nan etid sa a, ki gen ladan 466 soti nan pwovens Lazi, 102 soti nan Ewòp, 13 soti nan Amerik di Nò, ak 7 soti nan Ostrali.Dapre dosye abitid kwasans, materyèl sa yo te divize an twa ekotip;prentan (86 asansyon), sezon fredi (74 asansyon), ak semi-sezon ivè (428 asansyon).
Sekans:Mwayèn apeprè.5× (sòti ant 3.37× rive 7.71×)
Platfòm sekans:Illumina Hiseq 4000
Pwodiksyon done:4.03 Tb done pwòp
SNP rele:BWA + GATK.Yo te jwenn 5,294,158 SNP ak 1,307,151 InDels.
Rezilta yo
Orijin B. napus
B. napusYon subgenome evolye soti nan zansèt Navè Ewopeyen an.Yon evènman koule jèn soti nan Navèt Ewopeyen anB. napus Yon subgenom te fèt ~106–1170 ane de sa.B. napusC subgenome ta ka evolye soti nan zansèt komen nan liy sa yo.Zansèt la nanB. napussepare de zansèt komen nan kat sou-espès B. oleracea, ak jèn ki sot pase a koule nanB. napus~108–898 ane de sa.B. napusC subgenome gen yon orijin ki pi konplèks pase A Subgenome.Yon gwo bouchon devlope nan tou de de subgenomes pandanB. napusevolisyon.Ivè a ak semi-ivèB. napusekotip yo te divèje ~60 ane de sa, tandiske sezon fredi a ak prentanB. napusdivèje ~ 416 ane de sa, ak grenn ole ak ki pa oleuzeB. napusdivèje ~ 277 ane de sa.
Fig. 2 Estrikti popilasyon 588 B. napus ak 199 B. rapa.
Fig. 3 Estrikti popilasyon 588 B. napus ak 119 B. oleracea.
Siyal seleksyon ak etid asosyasyon nan tout Genome.
Pandan premye etap amelyorasyon (FSI), plis divèsite jenetik te pèdi nan subgenome B. napus C pase nan subgenome A.Mwens diferansyasyon jenetik ki te fèt pandan FSI a pase pandan dezyèm etap amelyorasyon (SSI).Jèn nan rejyon siyal seleksyon SSI yo te rich nan tolerans estrès, devlopman ak wout metabolik yo.Yo te idantifye 60 loki ki asosye siyifikativman ak 10 karakteristik sib, ki gen ladan 5 ki gen rapò ak pwodiksyon grenn, 3 nan longè silik, 4 ak kontni lwil oliv, ak 48 ak kalite grenn yo.
Fig. 4 Analiz nan tout genòm ak anotasyon nan rejyon yo chwazi pandan SSI B. napus.
Analiz transcriptome
Done RNAseq nan 11 tisi ki soti nan yon cultivar ki gen anpil lwil oliv ak yon cultivar doub-ba ak yon cultivar ki ba-lwil oliv ak doub-segondè ki idantifye jèn ki gen rapò ak pwosesis biosentetik glucosinolate yo te siyifikativman sou-reprezante.
Fig. 5 Apèsi sou règleman tan flè anba seleksyon amelyorasyon ekotip B. napus.
Diskisyon
Etid sa a te bay yon resous valab pou konprann orijin ak istwa amelyorasyonB. napusepi yo pral fasilite diseksyon baz jenetik karakteristik konplèks agronomik enpòtan yo.SNP enpòtan ki asosye ak varyant favorab, siyal seleksyon ak jèn kandida yo pral lajman kontribye nan lavni, espesyalman nan amelyore pwodiksyon an, kalite grenn, kontni lwil oliv, ak adaptabilite nan rekòt alopoliploid ki sot pase sa a ak fanmi li yo.
Referans
Resekans antye-genom revele orijin Brassica napus ak loci jenetik ki enplike nan amelyorasyon li yo [J].Nati kominikasyon, 2019, 10(1).
Nouvèl ak Pwen esansyèl vize pou pataje dènye ka siksè yo ak Biomarker Technologies, kaptire nouvo reyalizasyon syantifik ak teknik enpòtan aplike pandan etid la.
Lè poste: Jan-05-2022