GWAS
Titill: Endurröðun heils erfðaefnis sýnir uppruna Brassica napus og erfðafræðilega staði sem taka þátt í endurbótum þess
Dagbók: Náttúrusamskipti
NGS |WGS |Endurröðun |GWAS |Umskrift |RNAseq |Brassica napus |Þróun |Heimili
Í þessari rannsókn veitti Biomarker Technologies þjónustu við NGS raðgreiningu, sem og tæknilega aðstoð við lífupplýsingagreiningu á raðgreiningargögnum.
Bakgrunnur
Brassica napus(rapja) er mikilvæg olíufræuppskera og frábært líkan til að rannsaka ferla fjöllitna tegunda, þróunar og vals.Hins vegar er enn ekki vitað hvort villtar tegundir eða tamdir gjafar hafi verið forfeður og gen sem hjálpuðu til að temja og bæta repjufræ.
efni og aðferðir
Efni:588B. napusAðildaraðilar tóku þátt í þessari rannsókn, þar á meðal 466 frá Asíu, 102 frá Evrópu, 13 frá Norður-Ameríku og 7 frá Ástralíu.Byggt á vaxtarvenjum var þessum efnum skipt í þrjár vistgerðir;vor (86 aðild), vetur (74 aðild) og hálf-vetur (428 aðild).
Röð:Að meðaltali u.þ.b.5× (á bilinu 3,37× til 7,71×)
Röðunarvettvangur:Illumina Hiseq 4000
Gagnaframleiðsla:4,03 Tb hrein gögn
SNP hringir:BWA + GATK.5.294.158 SNP og 1.307.151 InDels fengust.
Niðurstöður
Uppruni B. napus
B. napusUndirerfðaefni þróast frá forföður evrópskrar rófu.Genflæðisviðburður frá evrópskri rófu tilB. napus Undirerfðaefni varð fyrir ~106–1170 árum.B. napusC undirerfðaefni gæti hafa þróast frá sameiginlegum forföður þessara ættir.Forfaðirinn áB. napusklofið frá sameiginlegum forföður fjögurra B. oleracea undirtegunda, þar sem nýleg genaflæði innB. napusFyrir ~108–898 árum.B. napusC undirerfðaefni hefur flóknari uppruna en A undirerfðaefni.Sterkur flöskuháls þróaðist í báðum undirættkvíslunum á meðanB. napusþróun.Veturinn og hálfveturinnB. napusVistgerðir skiptust á ~60 árum síðan, en veturinn og voriðB. napussundurleitt fyrir ~416 árum, og olíufræ og óolíufræB. napussundurleitt fyrir ~277 árum.
Mynd 2 Mannfjöldasamsetning 588 B. napus aðildar og 199 B. rapa aðildar.
Mynd 3 Stofnsamsetning 588 B. napus-aðilda og 119 af B. oleracea-aðildum
Valmerki og rannsóknir á tengslum við erfðamengi.
Á fyrsta stigi bata (FSI) tapaðist meiri erfðafræðilegur fjölbreytileiki í B. napus C undirgefinu en í A undirerfinu.Minni erfðafræðileg aðgreining átti sér stað meðan á FSI stóð en á öðru stigi umbóta (SSI).Gen á SSI-vals merkjasvæðum voru auðguð á streituþoli, þroska og efnaskiptaferlum.60 staðir tengdir marktækt 10 markeiginleikum, þar á meðal 5 tengdir fræuppskeru, 3 kísillengd, 4 olíuinnihaldi og 48 frægæði.
Mynd 4 erfðamengisskönnun og skýringar á völdum svæðum meðan á SSI á B. napus stendur
Transcriptome greining
RNAseq gögn um 11 vefi úr ræktun með hátt olíuinnihald og tvöfalt lágt yrki og ræktun með lágt olíuinnihald og tvöfalt hátt yrki, auðkennd gena sem tengdust glúkósínólatlífmyndunarferlinu, voru marktækt offulltrúar.
Mynd 5 Yfirlit yfir flórutímastjórnun undir vali á vistgerðabætingu B. napus
Umræða
Þessi rannsókn veitti dýrmætt úrræði til að skilja uppruna og umbótasöguB. napusog mun auðvelda krufningu á erfðafræðilegum grunni mikilvægra landbúnaðarfræðilegra flókinna eiginleika.Mikilvægar SNPs sem tengjast hagstæðum afbrigðum, valmerkjum og kandídatgenum munu að miklu leyti leggja sitt af mörkum í framtíðinni, sérstaklega við að bæta uppskeru, frægæði, olíuinnihald og aðlögunarhæfni þessarar nýlegu allófjölfléttu uppskeru og ættingja hennar.
Tilvísun
Endurraðgreining heils erfðaefnis sýnir uppruna Brassica napus og erfðafræðilegar staðsetningar sem taka þátt í endurbótum þess[J].Náttúrusamskipti, 2019, 10(1).
Fréttir og hápunktur miðar að því að deila nýjustu farsælu málum með Biomarker Technologies, fanga ný vísindaleg afrek sem og áberandi tækni sem beitt var meðan á rannsókninni stóð.
Pósttími: Jan-05-2022