GWAS
Titolo: Tutgenoma resekvado rivelas originon de Brassica napus kaj genetikajn lokusojn implikitajn en ĝia plibonigo
Ĵurnalo: Naturkomunikadoj
NGS |WGS |Resekvencado |GWAS |Transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Evoluo |Malsovaĝigo
En ĉi tiu studo, Biomarker Technologies disponigis Servojn pri NGS-sekvencado, same kiel teknikan subtenon pri bioinformatika analizo pri sekvencaj datenoj.
Fono
Brassica napus(kolzo) estas grava oleosemo kaj bonega modelo por esplori procezojn de poliploida speciĝo, evoluo kaj selektado.Tamen, ĉu sovaĝaj specioj aŭ malsovaĝigitaj organdonacantoj estis gepatroj prapatroj kaj genoj kiuj kontribuis al malsovaĝigo kaj plibonigo en kolzo daŭre estas nekonataj.
Materialoj kaj metodoj
Materialoj:588B. napussurtroniĝoj estis implikitaj en tiu studo, inkluzive de 466 el Azio, 102 el Eŭropo, 13 el Nordameriko, kaj 7 el Aŭstralio.Surbaze de kreskkutimaj registroj, tiuj materialoj estis dividitaj en tri ekotipojn;printempo (86 surtroniĝoj), vintro (74 surtroniĝoj), kaj duonvintro (428 surtroniĝoj).
Sekvencado:Averaĝe ĉ.5× (variante de 3.37× ĝis 7.71×)
Sekvenca platformo:Illumina Hiseq 4000
Produktado de datumoj:4.03 Tb puraj datumoj
SNP-voko:BWA + GATK.5,294,158 SNPoj kaj 1,307,151 InDels estis akiritaj.
Rezulto
Origino de B. napus
B. napusSubgenaro evoluis el la prapatro de eŭropa rapo.Okazaĵo de genfluo de eŭropa rapo ĝis laB. napus Subgenomo okazis antaŭ ~106–1170 jaroj.B. napusC-subgenaro eble evoluis el la komuna prapatro de tiuj genlinioj.La prapatro deB. napusdisiĝis de la komuna prapatro de kvar B. oleracea subspecioj, kun lastatempa genfluo enB. napusantaŭ ~108–898 jaroj.B. napusC-subgenaro havas pli kompleksan originon ol A-subgenaro.Forta proplemkolo formiĝis en ambaŭ du subgenomoj dumB. napusevoluo.La vintro kaj duonvintroB. napusekotipoj diverĝis antaŭ ~60 jaroj, dum la vintro kaj printempoB. napusdiverĝis antaŭ ~416 jaroj, kaj oleosemoj kaj ne-oleosemojB. napusdiverĝis antaŭ ~277 jaroj.
Fig. 2 Populaciostrukturo de 588 B. napus-surtroniĝoj kaj 199 el B. rapa-surtroniĝoj.
Fig. 3 Populaciostrukturo de 588 B. napus-surtroniĝoj kaj 119 el B. oleracea-surtroniĝoj
Elektosignaloj kaj Genaro-kovranta asocio studoj.
Dum la unua fazo de plibonigo (FSI), pli da genetika diverseco estis perdita en la B. napus C subgenaro ol en la A subgenaro.Malpli genetika diferencigo okazis dum la FSI ol dum la dua etapo de plibonigo (SSI).Genoj en SSI-elektadaj signalregionoj estis riĉigitaj en streĉa toleremo, evoluo kaj metabolaj vojoj.60 lokusoj signife asociitaj kun 10 celtrajtoj, inkluzive de 5 rilataj al semproduktado, 3 al siliklongo, 4 al oleoenhavo, kaj 48 al semkvalito estis identigitaj.
Fig. 4 Genom-kovranta skanado kaj komentarioj de elektitaj regionoj dum la SSI de B. napus
Analizo de transcriptoma
RNAseq-datenoj de 11 histoj de alt-oleoenhavo kaj duoble-malalta kulturvario kaj malalt-oleoenhavo kaj duoble-alta kulturvario identigis genojn ligitajn al glukozinolato biosinteza procezo estis signife tro-reprezentitaj.
Fig. 5 Superrigardo de floratempa reguligo sub la elekto de la ekotipa plibonigo de B. napus
Diskuto
Ĉi tiu studo disponigis valoran rimedon por kompreni la originon kaj plibonigan historion deB. napuskaj faciligos la dissekcion de la genetikaj bazoj de gravaj agronomiaj kompleksaj trajtoj.La signifaj SNP-oj asociitaj kun favoraj variantoj, selektsignaloj kaj kandidataj genoj plejparte kontribuos estonte, precipe en plibonigado de la rendimento, semkvalito, oleoenhavo kaj adaptebleco de ĉi tiu lastatempa alopoliploida kultivaĵo kaj ĝiaj parencoj.
Referenco
Tutgenoma resekvencado rivelas originon de Brassica napus kaj genetikajn lokusojn implikitajn en ĝia plibonigo [J].Naturkomunikadoj, 2019, 10(1).
Novaĵoj kaj Ĉefaĵoj celas kunhavigi la plej novajn sukcesajn kazojn kun Biomarker Technologies, kaptante novajn sciencajn atingojn kaj ankaŭ elstarajn teknikojn aplikatajn dum la studo.
Afiŝtempo: Jan-05-2022