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समाचार

जीडब्ल्यूएएस

शीर्षक: संपूर्ण-जीनोम पुनरुत्पादन से ब्रैसिका नेपस मूल और इसके सुधार में शामिल आनुवंशिक लोकी का पता चलता है

जर्नल: प्रकृति संचार

एनजीएस |डब्ल्यूजीएस |पुनः अनुक्रमण |जीडब्ल्यूएएस |प्रतिलेख |आरएनएसेक |ब्रैसिका नेपस |विकास |पातलू बनाने का कार्य

इस अध्ययन में, बायोमार्कर टेक्नोलॉजीज ने एनजीएस अनुक्रमण पर सेवाएं प्रदान कीं, साथ ही अनुक्रमण डेटा पर जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण पर तकनीकी सहायता भी प्रदान की।

पृष्ठभूमि

ब्रैसिका नेपस(रेपसीड) एक महत्वपूर्ण तिलहन फसल है और पॉलीप्लोइड प्रजाति, विकास और चयन की प्रक्रियाओं की जांच के लिए एक उत्कृष्ट मॉडल है।हालाँकि, क्या जंगली प्रजातियाँ या पालतू दाता माता-पिता के पूर्वज थे और जीन जिन्होंने रेपसीड को पालतू बनाने और सुधार में योगदान दिया था, अभी भी अज्ञात है।

सामग्री और तरीके

सामग्री:588बी नेपसइस अध्ययन में एशिया से 466, यूरोप से 102, उत्तरी अमेरिका से 13 और ऑस्ट्रेलिया से 7 परिग्रहण शामिल थे।विकास की आदत के रिकॉर्ड के आधार पर, इन सामग्रियों को तीन पारिस्थितिकी प्रकारों में विभाजित किया गया था;वसंत (86 परिग्रहण), सर्दी (74 परिग्रहण), और अर्ध-शीतकालीन (428 परिग्रहण)।

अनुक्रमण:औसत लगभग.5× (3.37× से 7.71× तक)
अनुक्रमण मंच:इलुमिना हाइसेक 4000
डेटा उत्पादन:4.03 टीबी स्वच्छ डेटा

एसएनपी कॉलिंग:बीडब्ल्यूए + गैटक।5,294,158 एसएनपी और 1,307,151 इनडेल प्राप्त हुए।

परिणाम

बी. नेपस की उत्पत्ति

बी नेपसयूरोपीय शलजम के पूर्वज से एक उपजीनोम विकसित हुआ।यूरोपीय शलजम से जीन प्रवाह घटनाबी नापु< एक उपजीनोम ~106-1170 वर्ष पहले उत्पन्न हुआ था।बी नेपससी सबजीनोम इन वंशों के सामान्य पूर्वज से विकसित हुआ होगा।के पूर्वजबी नेपसहाल के जीन प्रवाह के साथ, चार बी. ओलेरासिया उप-प्रजातियों के सामान्य पूर्वज से विभाजितबी नेपस~108-898 वर्ष पूर्व।बी नेपसC सबजीनोम की उत्पत्ति A सबजीनोम की तुलना में अधिक जटिल है।के दौरान दोनों दो उपजीनोमों में एक मजबूत अड़चन विकसित हुईबी नेपसविकास।सर्दी और अर्ध-सर्दीबी नेपसपारिस्थितिकी-प्ररूप ~60 वर्ष पहले भिन्न हो गए, जबकि सर्दी और वसंतबी नेपस~416 वर्ष पहले, तिलहन और गैर-तिलहन अलग हो गएबी नेपस~277 साल पहले अलग हो गया।

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चित्र 2 588 बी. नेपस परिग्रहणों की जनसंख्या संरचना और 199 बी. रापा परिग्रहणों की जनसंख्या संरचना।

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चित्र 3 588 बी. नेपस परिग्रहणों की जनसंख्या संरचना और 119 बी. ओलेरेसिया परिग्रहणों की जनसंख्या संरचना

चयन संकेत और जीनोम-व्यापी एसोसिएशन अध्ययन।

सुधार के पहले चरण (एफएसआई) के दौरान, ए सबजीनोम की तुलना में बी. नेपस सी सबजीनोम में अधिक आनुवंशिक विविधता खो गई थी।सुधार के दूसरे चरण (एसएसआई) की तुलना में एफएसआई के दौरान कम आनुवंशिक भेदभाव हुआ।एसएसआई-चयन सिग्नल क्षेत्रों में जीन तनाव सहिष्णुता, विकास और चयापचय मार्गों में समृद्ध थे।10 लक्ष्य लक्षणों से महत्वपूर्ण रूप से जुड़े 60 लोकी की पहचान की गई, जिनमें बीज उपज से संबंधित 5, रेशम की लंबाई से संबंधित 3, तेल सामग्री से 4 और बीज की गुणवत्ता से संबंधित 48 शामिल हैं।

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चित्र 4 बी. नेपस के एसएसआई के दौरान चयनित क्षेत्रों की जीनोम-वाइड स्कैनिंग और एनोटेशन

प्रतिलेखीय विश्लेषण

ग्लूकोसाइनोलेट बायोसिंथेटिक प्रक्रिया से संबंधित उच्च-तेल-सामग्री और डबल-निम्न कल्टीवेटर और एक कम-तेल-सामग्री और डबल-उच्च कल्टीवेटर से पहचाने गए जीन के 11 ऊतकों के आरएनएएसईक्यू डेटा को काफी अधिक प्रस्तुत किया गया था।

चित्र 4-बी के एसएसआई के दौरान चयनित क्षेत्रों की जीनोम-व्यापक-स्कैनिंग और एनोटेशन

चित्र 5 बी. नेपस के पारिस्थितिकी सुधार के चयन के तहत फूल-समय विनियमन का अवलोकन

बहस

इस अध्ययन ने उत्पत्ति और सुधार के इतिहास को समझने के लिए एक मूल्यवान संसाधन प्रदान कियाबी नेपसऔर महत्वपूर्ण कृषि संबंधी जटिल लक्षणों के आनुवंशिक आधारों के विच्छेदन की सुविधा प्रदान करेगा।अनुकूल वेरिएंट, चयन संकेतों और उम्मीदवार जीन से जुड़े महत्वपूर्ण एसएनपी भविष्य में बड़े पैमाने पर योगदान देंगे, विशेष रूप से इस हालिया एलोपॉलीप्लोइड फसल और उसके रिश्तेदारों की उपज, बीज की गुणवत्ता, तेल सामग्री और अनुकूलन क्षमता में सुधार करने में।

संदर्भ

संपूर्ण-जीनोम पुनरुत्पादन से ब्रैसिका नेपस मूल और इसके सुधार में शामिल आनुवंशिक लोकी का पता चलता है[जे]।प्रकृति संचार, 2019, 10(1).

समाचार और मुख्य बातें इसका उद्देश्य नवीनतम सफल मामलों को बायोमार्कर टेक्नोलॉजीज के साथ साझा करना, उपन्यास वैज्ञानिक उपलब्धियों के साथ-साथ अध्ययन के दौरान लागू प्रमुख तकनीकों को कैप्चर करना है।


पोस्ट समय: जनवरी-05-2022

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