GWAS
Igoa: O le su'esu'ega atoa o le genome ua fa'aalia ai le tupuaga o Brassica napus ma le kenera loci o lo'o a'afia i lona fa'aleleia.
Tusitala: Fesootaiga Natura
NGS |WGS |Toe fai |GWAS |Fa'aliliuga |RNAseq |Brassica napus |Evolution |Aiga
I lenei suʻesuʻega, Biomarker Technologies na tuʻuina atu Auaunaga ile NGS sequencing, faʻapea foʻi ma le lagolago faʻapitoa ile bioinformatics auʻiliʻiliga ile faʻasologa o faʻamaumauga.
Talaaga
Brassica napus(rapeseed) ose fatu suau'u taua tele ma ose fa'ata'ita'iga lelei mo le su'esu'eina o fa'agasologa ole polyploid speciation, evolusione ma filifiliga.Ae peita'i, pe o ni manu fe'ai po'o tagata foa'i fa'atama'i o ni tupuga fa'amatua ma kenera na saofagā i le fa'afaleina ma le fa'aleleia atili o le rapeseed e le o iloa lava.
Meafaitino ma metotia
Mea:588B. napusna aofia ai i lenei suʻesuʻega, e aofia ai le 466 mai Asia, 102 mai Europa, 13 mai Amerika i Matu, ma le 7 mai Ausetalia.Faʻavae i luga o faʻamaumauga masani o le tuputupu aʻe, o nei meafaitino na vaevaeina i ni ecotypes se tolu;tautotogo (86 avanoa), taumalulu (74 vaega), ma semi-taumalulu (428 avanoa).
Fa'asologa:Fa'ata'ita'i pe tusa.5× (mai le 3.37× i le 7.71×)
Fa'asologa fa'asologa:Illumina Hiseq 4000
Tuuina atu o fa'amaumauga:4.03 Tb fa'amaumauga mama
SNP telefoni:BWA + GATK.5,294,158 SNPs ma 1,307,151 InDels na maua.
I'uga
O le amataga o B. napus
B. napusO se subgenome na tupu mai i le tuaa o Europa turnip.O se fa'asologa o kenera e tupu mai le turnip Europa i leB. napus O se subgenome na tupu ~ 106-1170 tausaga talu ai.B. napusC subgenome atonu na tupu mai i le tuaa masani o nei gafa.O le tuaa oB. napusvaevae mai le tuaa masani o le fa B. oleracea subspecies, ma le kenera lata mai tafe i totonuB. napus~108–898 tausaga ua mavae.B. napusC subgenome e sili atu ona lavelave le amataga nai lo le A Subgenome.O se fagu malosi na atiina ae i lua subgenomes i le taimiB. napusevolusione.O le taumalulu ma le semi-taumaluluB. napusecotypes diverged ~ 60 tausaga talu ai, ae o le taumalulu ma le tautotogoB. napus'ese'ese ~ 416 tausaga talu ai, ma suau'u ma le le suau'uB. napus'ese'ese ~ 277 tausaga ua mavae.
Ata 2 Fa'asologa o tagata o le 588 B. napus fa'atasi ma le 199 o le B. rapa fa'atasi.
Ata 3 Fa'asologa o le faitau aofa'i o le 588 B. napus fa'atasi ma le 119 ole B. oleracea.
Fa'ailoga filifiliga ma su'esu'ega fa'atasi a Genome.
I le taimi muamua o le faʻaleleia (FSI), o le tele o kenera eseese na leiloa i le B. napus C subgenome nai lo le A subgenome.E itiiti le eseesega o kenera na tupu i le taimi o le FSI nai lo le taimi lona lua o le faʻaleleia (SSI).Genes i SSI-filifiliga faʻailoga itulagi na faʻatamaoaigaina i le faʻapalepale faʻamalosi, atinaʻe ma auala faʻasolosolo.60 loci e matua feso'ota'i ma uiga fa'atatau e 10, e aofia ai le 5 e feso'ota'i ma fua o fatu, 3 i le umi silique, 4 i le suau'u, ma le 48 i le lelei o fatu na fa'ailoaina.
Ata 4 Genome-lautele su'esu'ega ma fa'amatalaga o itulagi filifilia ile SSI ole B. napus
Transcriptome su'esu'ega
RNAseq faʻamatalaga o 11 tissues mai se suauʻu-anotusi ma lua-maualalo cultivar ma le maualalo-suauʻu-anotusi ma lua-maualuga cultivar faailoa genes e fesootai ma glucosinolate biosynthetic faagasologa na matua sili atu-faatusalia.
Ata. 5 Va'aiga lautele o le taimi o fuga-taimi i lalo o le filifiliga o le fa'aleleia o le si'osi'omaga o le B. napus
Talanoaga
O lenei suʻesuʻega na maua ai se punaoa taua mo le malamalama i le amataga ma le faʻaleleia o talafaasolopito oB. napusma o le a faafaigofieina ai le vaevaeina o faavae tau kenera o uiga lavelave taua agronomic.O SNP taua e fesoʻotaʻi ma suiga lelei, faʻailoga filifilia ma genes sui tauva o le a tele le sao i le lumanaʻi, aemaise lava i le faʻaleleia o fua, lelei o fatu, suauʻu mea, ma fetuunaiga o lenei fualaʻau allopolyploid talu ai nei ma ona aiga.
Fa'asinomaga
O le su'esu'ega atoa-genome o lo'o fa'aalia ai le tupuaga o Brassica napus ma le genetic loci o lo'o a'afia i lona fa'aleleia[J].Fesootaiga Natura, 2019, 10(1).
Tala Fou ma Mea Taua e fa'atatau i le fa'asoaina atu o mataupu fa'amanuiaina lata mai i le Biomarker Technologies, fa'amauina o taunu'uga fa'asaienisi fou fa'apea fo'i ma auala iloga na fa'aogaina i le taimi o su'esu'ega.
Taimi meli: Ian-05-2022