GWAS
Ady: Bütin genomyň yzygiderliligi Brassica napus-yň gelip çykyşyny we gowulaşmagyna gatnaşan genetiki ýerini açýar
Journalurnal: Tebigat aragatnaşyklary
NGS |WGS |Gözleg |GWAS |Transkripsiýa |RNAseq |Brassica napus |Ewolýusiýa |Öý hojalygy
Bu gözlegde, Biomarker Technologies NGS yzygiderliligi boýunça hyzmatlary, şeýle hem yzygiderlilik maglumatlary bioinformatika derňewine tehniki goldaw berdi.
Maglumat
Brassica napus(repeed) möhüm ýagly ekin we poliploid spesifikasiýasy, ewolýusiýa we saýlama proseslerini derňemek üçin ajaýyp modeldir.Şeýle-de bolsa, ýabany görnüşleriň ýa-da eldekileşdirilen donorlaryň ene-atanyň nesilleri bolandyklary ýa-da zorlanmagyň gowulaşmagyna goşant goşan genler henizem belli däl.
Materiallar we usullar
Materiallar:588B. napusgoşundylar bu gözlegde Aziýadan 466, Europeewropadan 102, Demirgazyk Amerikadan 13 we Awstraliýadan 7 adam gatnaşdy.Ösüş endikleriniň ýazgylaryna esaslanyp, bu materiallar üç ekotiplere bölündi;bahar (86 goşundy), gyş (74 goşundy) we ýarym gyş (428 goşundy).
Yzygiderlilik:Ortaça takmynan5 × (3.37 × 7,71 × aralygynda)
Yzygiderli platforma:Illumina Hiseq 4000
Maglumat öndürmek:4.03 Tb arassa maglumatlar
SNP jaň edýär:BWA + GATK.5,294,158 SNP we 1,307,151 InDels alyndy.
Netijeler
B. napusyň gelip çykyşy
B. napusSubgenome Europeanewropaly şalgamyň atasyndan emele geldi.Europeanewropaly şalgamdan gen akymy hadysasyB. napus Subgenome ~ 106–1170 ýyl ozal ýüze çykypdyr.B. napusC subgenome bu nesilleriň umumy atasyndan gelip çykan bolmagy mümkin.AtasyB. napusSoňky gen akymy bilen dört B. oleracea kiçi görnüşiniň umumy atasyndan bölünýärB. napus~ 108–898 ýyl ozal.B. napusC subgenomynyň “Subgenome” -dan has çylşyrymly gelip çykyşy bar.Iki subgenomda güýçli päsgelçilik ýüze çykdyB. napusewolýusiýa.Gyş we ýarym gyşB. napusekotipler 60 ýyl mundan ozal gyş, ýaz bolsa bölünipdiB. napus16 416 ýyl ozal bölünip aýryldy we ýagsyz we ýagsyzB. napus277 ýyl ozal bölünipdi.
2-nji surat 588 B. napus goşundylary we 199 sany B. rapa goşundylary.
3-nji surat, 588 B. napus goşundylary we 119 sany B. oleracea goşundylary
Saýlaw signallary we genom boýunça birleşme okuwlary.
Ösüşiň birinji döwründe (FSI), B. napus C subgenomasynda A subgenomasyna garanyňda has köp genetiki dürlilik ýitdi.FSI döwründe gowulaşmagyň ikinji basgançagyna garanyňda has az genetiki tapawut ýüze çykdy (SSI).SSI-saýlama signal sebitlerindäki genler stres çydamlylygy, ösüş we metabolik ýollar bilen baýlaşdyryldy.10 sany maksatly häsiýet bilen ep-esli baglanyşykly 60 loki, şol sanda tohum hasyly bilen baglanyşykly 5, silikiň uzynlygy 3, ýagyň düzümi 4 we tohumyň hili 48 bilen kesgitlenildi.
4-nji surat. B. napusyň SSI döwründe genom giňişliginde skanirlemek we saýlanan sebitleriň düşündirişleri
Transkriptor derňewi
Glokosinolat biosintetiki prosesi bilen baglanyşykly genleri ýokary ýagly we goşa pes ekinlerden we pes ýagly we goşa ýokary ösümliklerden 11 dokumanyň RNAseq maglumatlary ep-esli derejede görkezýärdi.
5-nji surat. B. napusyň ekotipiniň gowulaşmagy saýlanylanda gülleýän wagtyň kadalaşdyrylyşyna syn
Ara alyp maslahatlaşmak
Bu gözleg, gelip çykyşyna we gowulaşma taryhyna düşünmek üçin gymmatly çeşme berdiB. napuswe möhüm agronomiki çylşyrymly häsiýetleriň genetiki esaslarynyň bölünmegine kömek eder.Amatly wariantlar, saýlama signallary we dalaşgär genleri bilen baglanyşykly ähmiýetli SNP-ler geljekde esasanam hasylyny, tohumyň hilini, ýagyň mukdaryny we bu soňky allopoliploid ekininiň we onuň garyndaşlarynyň hasyllylygyny ýokarlandyrmaga goşant goşar.
Salgylanma
Bütin genomyň yzygiderliligi Brassica napus-yň gelip çykyşyny we gowulaşmagyna gatnaşan genetiki ýerini açýar [J].Tebigat aragatnaşyklary, 2019, 10 (1).
Habarlar we esasy pursatlar Biomarker Technologies bilen iň soňky üstünlikli wakalary paýlaşmagy, täze ylmy üstünlikleri we gözleg wagtynda ulanylýan görnükli usullary ele almagy maksat edinýär.
Iş wagty: -anwar-05-2022