GWAS
ماۋزۇ: پۈتۈن گېننىڭ ماسلىشىشى Brassica napus نىڭ كېلىپ چىقىشى ۋە ئۇنىڭ ياخشىلىنىشىغا مۇناسىۋەتلىك گېن ئورنىنى كۆرسىتىدۇ
Journal: تەبىئەت ئالاقىسى
NGS |WGS |Resequencing |GWAS |Transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Evolution |كۆندۈرۈش
بۇ تەتقىقاتتا ، Biomarker Technologies NGS تەرتىپىگە مۇلازىمەت قىلىش بىلەن بىرگە ، سانلىق مەلۇماتلارنىڭ بىئولوگىيىلىك ئۇچۇر ئانالىزىغا تېخنىكىلىق ياردەم بەردى.
تەگلىك
Brassica napus(قىچا) مۇھىم مايلىق زىرائەت ۋە كۆپ قۇتۇپلۇق ھايانكەشلىك ، تەدرىجىي تەرەققىيات ۋە تاللاش جەريانىنى تەكشۈرۈشتىكى ئېسىل مودېل.قانداقلا بولمىسۇن ، ياۋا تۈرلەر ياكى كۆندۈرۈلگەن ئىئانە قىلغۇچىلار ئاتا-ئانىلارنىڭ ئەۋلادلىرى ۋە گېنلارنىڭ كۆندۈرۈلۈشى ۋە ياخشىلىنىشى ئۈچۈن تۆھپە قوشقان گېنلار ھازىرچە نامەلۇم.
ماتېرىيال ۋە ئۇسۇل
ماتېرىياللار:588B. napusقوشۇمچە ماتېرىياللار بۇ تەتقىقاتقا قاتناشقان ، بۇنىڭ ئىچىدە ئاسىيادىن 466 ، ياۋروپادىن 102 ، شىمالىي ئامېرىكىدىن 13 ، ئاۋىستىرالىيەدىن 7.ئۆسۈش ئادىتى خاتىرىسىگە ئاساسەن ، بۇ ماتېرىياللار ئۈچ خىل ئېكولوگىيىلىك تىپقا ئايرىلدى.ئەتىياز (86 قوشۇمچە) ، قىش (74 قوشۇمچە) ، يېرىم قىش (428 قوشۇمچە).
رەت تەرتىپى:ئوتتۇرا ھېساب بىلەن.5 × (3.37 × دىن 7.71 غىچە)
تەرتىپلەش سۇپىسى:Illumina Hiseq 4000
سانلىق مەلۇمات ئىشلەپچىقىرىش:4.03 Tb پاكىز سانلىق مەلۇمات
SNP چاقىرىش:BWA + GATK.5 مىليون 294 مىڭ 158 SNP ۋە 1 مىليون 307،151 ئىندېلغا ئېرىشتى.
نەتىجە
B. napus نىڭ كېلىپ چىقىشى
B. napusبىر تارماق بالا ياۋروپا كاۋىپىنىڭ ئەجدادىدىن تەرەققىي قىلغان.ياۋروپانىڭ بۇرۇلۇش نۇقتىسىدىن گېن ئېقىمى ھادىسىسىB. napus subgenome ~ 106–1170 يىل بۇرۇن يۈز بەرگەن.B. napusC تارماق بالا بەلكىم بۇ نەسەبلەرنىڭ ئورتاق ئەجدادىدىن تەرەققىي قىلغان بولۇشى مۇمكىن.ئەجدادىB. napusتۆت خىل B. oleracea كىچىك تۈرىنىڭ ئورتاق ئەجدادىدىن ئايرىلدى ، يېقىنقى گېنلار ئېقىپ كىردىB. napus~ 108–898 يىل بۇرۇن.B. napusC تارماق ئەزانىڭ A Subgenome غا قارىغاندا تېخىمۇ مۇرەككەپ كېلىپ چىقىشى بار.بۇ جەرياندا ئىككى كىچىك بالا توپىدا كۈچلۈك بوتۇلكا پەيدا بولدىB. napusتەدرىجى تەرەققىيات.قىش ۋە يېرىم قىشB. napusئېكولوگىيىلىك تىپ ~ 60 يىل ئىلگىرى ئوخشىمىغان ، قىش ۋە باھارB. napus~ 416 يىل ئىلگىرى ئايرىلدى ، ھەمدە مايلىق ۋە مايسىزB. napus~ 277 يىل بۇرۇن.
2-رەسىم 588 B. napus قوشۇمچە زاپچاسلىرى ۋە 199 دانە B. rapa قوشۇمچە زاپچاسلىرى.
3-رەسىم 588 B. ناپۇس قوشۇمچە زاپچاسلىرى ۋە B oleracea قوشۇمچە ئەزالىرىنىڭ 119
تاللاش سىگنالى ۋە گېن گۇرۇپپىسىدىكى جەمئىيەت تەتقىقاتى.
ياخشىلىنىشنىڭ بىرىنچى باسقۇچىدا (FSI) ، B. napus C تارماق گۇرۇپپىسىدا ئىرسىيەتنىڭ كۆپ خىللىقى يوقىتىلدى.FSI دەۋرىدە گېن ئۆزگەرتىشنىڭ ئىككىنچى باسقۇچى (SSI) غا قارىغاندا ئاز پەرقلىنىدۇ.SSI تاللاش سىگنال رايونىدىكى گېنلار بېسىمغا بەرداشلىق بېرىش ، تەرەققىيات ۋە مېتابولىزم يولى بىلەن بېيىدى.60 خىل لوگىكا 10 نىشان ئالاھىدىلىكى بىلەن كۆرۈنەرلىك باغلىنىشلىق بولۇپ ، بۇنىڭ ئىچىدە ئۇرۇقنىڭ ھوسۇلىغا مۇناسىۋەتلىك 5 ، سىلىندىرنىڭ ئۇزۇنلۇقى 3 ، ماي تەركىبى 4 ، ئۇرۇقنىڭ سۈپىتى 48.
4-رەسىم B. napus نىڭ SSI دەۋرىدە تاللانغان رايونلارنىڭ گېن گۇرۇپپىسىنى سىكانىرلاش ۋە ئىزاھلاش
Transcriptome analysis
RNAseq يۇقىرى مايلىق ۋە قوش تۆۋەن سورتلۇق 11 خىل توقۇلمىلارنىڭ سانلىق مەلۇماتلىرى گلۇكوزىنولىناتنىڭ بىئوسىنتېزلىنىش جەريانىغا مۇناسىۋەتلىك گېننى تۆۋەن مايلىق ۋە قوش يۇقىرى سورتلۇق گېننى ئېنىقلاپ چىققان.
5-رەسىم B. napus نىڭ ئېكولوگىيىلىك ياخشىلىنىشىنى تاللاشتا چېچەكلەش ۋاقتىنى تەڭشەشنىڭ ئومۇمىي ئەھۋالى
مۇلاھىزە
بۇ تەتقىقاتنىڭ كېلىپ چىقىشى ۋە ياخشىلىنىش تارىخىنى چۈشىنىش ئۈچۈن قىممەتلىك بايلىق بىلەن تەمىنلىدىB. napusھەمدە مۇھىم دېھقانچىلىقنىڭ مۇرەككەپ ئالاھىدىلىكلىرىنىڭ گېن ئاساسىنى پارچىلاشقا قۇلايلىق يارىتىدۇ.پايدىلىق ۋارىيانتلار ، تاللاش سىگنالى ۋە كاندىدات گېنى بىلەن مۇناسىۋەتلىك مۇھىم SNP لار كەلگۈسىدە زور تۆھپە قوشىدۇ ، بولۇپمۇ بۇ يېقىنقى ئاللوپلوپلوئىد زىرائەتلىرى ۋە ئۇنىڭ تۇغقانلىرىنىڭ مەھسۇلات مىقدارى ، ئۇرۇق سۈپىتى ، ماي تەركىبى ۋە ماسلىشىشچانلىقىنى ئاشۇرۇشتا.
پايدىلانما
پۈتۈن گېننىڭ ماسلىشىشى Brassica napus نىڭ كېلىپ چىقىشى ۋە ئۇنىڭ ياخشىلىنىشىغا مۇناسىۋەتلىك گېننىڭ ئورنىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.تەبىئەت ئالاقىسى, 2019, 10 (1).
خەۋەر ۋە يارقىن نۇقتىلار ئەڭ يېڭى مۇۋەپپەقىيەت قازانغان ئەھۋاللارنى Biomarker Technologies بىلەن ئورتاقلىشىشنى ، روماندىكى ئىلمىي مۇۋەپپەقىيەتلەرنى شۇنداقلا تەتقىقات جەريانىدا قوللىنىلغان كۆرۈنەرلىك تېخنىكىلارنى ئىگىلەشنى مەقسەت قىلىدۇ.
يوللانغان ۋاقتى: 1-يانۋاردىن 05-2022-يىلغىچە