GWAS
Irah-irahan: Resequencing genom wutuh nuduhake asal-usul Brassica napus lan lokus genetik sing melu perbaikan
Jurnal: Komunikasi Alam
NGS |WGS |Resequencing |GWAS |Transkriptom |RNAseq |Brassica napus |Évolusi |Domestikasi
Ing panliten iki, Biomarker Technologies nyedhiyakake Layanan babagan urutan NGS, uga dhukungan teknis babagan analisis bioinformatika babagan data urutan.
Latar mburi
Brassica napus(rapeseed) minangka pamotongan wiji lenga sing penting lan model sing apik kanggo nyelidiki proses spesiasi, evolusi lan pilihan polyploid.Nanging, apa spesies alam bébas utawa donor domestik minangka progenitor wong tuwa lan gen sing nyumbang kanggo domestikasi lan perbaikan rapeseed isih durung dingerteni.
Bahan lan cara
Bahan:588B. napusaksesi melu ing panliten iki, kalebu 466 saka Asia, 102 saka Eropa, 13 saka Amerika Utara, lan 7 saka Australia.Adhedhasar cathetan pakulinan wutah, bahan kasebut dipérang dadi telung ekotipe;musim semi (86 aksesi), mangsa (74 aksesi), lan semi-musim dingin (428 aksesi).
Urutan:Rata-rata kira-kira.5× (saka 3,37× nganti 7,71×)
Platform urutan:Illumina Hiseq 4000 Kab
Produksi data:4.03 Tb data resik
Telpon SNP:BWA + GATK.5.294.158 SNP lan 1.307.151 InDels dijupuk.
Asil
Asale B. napus
B. napusSubgenome berkembang saka leluhur turnip Eropa.A acara aliran gen saka turnip Eropah menyangB. napus Subgenom dumadi ~106-1170 taun kepungkur.B. napusSubgenom C bisa uga wis berkembang saka leluhur umum saka garis keturunan kasebut.Leluhur sakaB. napuspamisah saka leluhur umum papat B. oleracea subspesies, karo gen anyar mili menyangB. napus~108–898 taun kepungkur.B. napusSubgenom C nduweni asal sing luwih kompleks tinimbang Subgenome A.A bottleneck kuwat dikembangaké ing loro subgenoms sakB. napusévolusi.Mangsa lan semi-musim dinginB. napusekotipe diverged ~ 60 taun kepungkur, nalika mangsa lan musim semiB. napusdiverged ~ 416 taun kepungkur, lan oilseed lan non-oilseedB. napusdiverged ~ 277 taun kepungkur.
Gambar 2 Struktur populasi 588 B. aksesi napus lan 199 saka aksesi B. rapa.
Gambar 3 Struktur populasi 588 B. aksesi napus lan 119 saka B. oleracea aksesi
Sinyal pilihan lan studi asosiasi Genom-sudhut.
Sajrone tahap pertama perbaikan (FSI), luwih akeh keragaman genetik sing ilang ing subgenome B. napus C tinimbang ing subgenome A.Kurang diferensiasi genetik sing kedadeyan sajrone FSI tinimbang ing tahap kapindho perbaikan (SSI).Gen ing wilayah sinyal pilihan SSI diperkaya ing toleransi stres, pangembangan lan jalur metabolik.60 lokus digandhengake kanthi signifikan karo 10 sipat target, kalebu 5 sing ana hubungane karo ngasilake wiji, 3 nganti dawa silik, 4 kanggo isi minyak, lan 48 kanggo kualitas wiji diidentifikasi.
Gambar 4 Pemindaian lan anotasi genom saka wilayah sing dipilih sajrone SSI B. napus
Analisis transkriptom
Data RNAseq saka 11 jaringan saka kultivar dhuwur-lenga-isi lan dobel-kurang lan gen-gen sing diidentifikasi kultivar kurang lenga lan dhuwur-dhuwur sing ana hubungane karo proses biosintesis glukosinolat diwakili sacara signifikan.
Gambar 5. Gambaran regulasi wektu ngembang ing pilihan perbaikan ekotipe B. napus
rembugan
Panaliten iki nyedhiyakake sumber daya sing migunani kanggo mangerteni asal-usul lan sejarah perbaikanB. napuslan bakal nggampangake dissection saka basis genetik sipat Komplek agronomic penting.SNP sing signifikan sing ana gandhengane karo varian sing cocog, sinyal pilihan lan gen calon bakal akeh kontribusi ing mangsa ngarep, utamane kanggo ningkatake asil, kualitas wiji, isi minyak, lan adaptasi saka potong allopolyploid anyar iki lan sanak-sedulure.
Referensi
Resequencing genom kabèh ngungkapake asal-usul Brassica napus lan lokus genetik sing melu perbaikan [J].Komunikasi Alam, 2019, 10(1).
News lan Highlights ngarahake nuduhake kasus sukses paling anyar karo Biomarker Technologies, njupuk prestasi ilmiah novel uga teknik penting sing ditrapake sajrone sinau.
Wektu kirim: Jan-05-2022