GWAS
Akọle: Iṣe-aṣepe gbogbo-genome ṣe afihan ipilẹṣẹ Brassica napus ati loci jiini ti o ni ipa ninu ilọsiwaju rẹ
Iwe akosile: Awọn ibaraẹnisọrọ iseda
NGS |WGS |Ti o tẹle |GWAS |Transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Itankalẹ |Abele
Ninu iwadi yii, Awọn imọ-ẹrọ Biomarker pese Awọn iṣẹ lori ilana ṣiṣe NGS, bakanna bi atilẹyin imọ-ẹrọ lori itupalẹ bioinformatics lori data atẹle.
abẹlẹ
Brassica napus(ifipabanilopo) jẹ irugbin irugbin epo pataki ati awoṣe ti o dara julọ fun awọn ilana ṣiṣe iwadii ti iyasọtọ polyploid, itankalẹ ati yiyan.Bibẹẹkọ, boya awọn eya egan tabi awọn oluranlọwọ ile jẹ awọn baba-nla obi ati awọn Jiini ti o ṣe alabapin si igbelewọn ati ilọsiwaju ninu irugbin ifipabanilopo jẹ aimọ.
awon nkan ise nkan ati awon ona lati se nkan
Awọn ohun elo:588B. napusAccessions lowo ninu iwadi yi, pẹlu 466 lati Asia, 102 lati Europe, 13 lati North America, ati 7 lati Australia.Da lori awọn igbasilẹ aṣa idagbasoke, awọn ohun elo wọnyi pin si awọn ecotypes mẹta;orisun omi (86 accessions), igba otutu (74 accessions), ati ologbele-igba otutu (428 accessions).
Titele:Apapọ isunmọ.5× (lati 3.37× si 7.71×)
Syeed ti o tẹle:Illumina Hiseq 4000
Ṣiṣejade data:4,03 Tb mọ data
SNP pipe:BWA + GATK.5,294,158 SNPs ati 1,307,151 InDels ni a gba.
Esi
Oti ti B. napus
B. napusA subgenome wa lati baba ti European turnip.A pupọ sisan iṣẹlẹ lati European turnip si awọnB. napuA subgenome waye ~ 106–1170 ọdun sẹyin.B. napusC subgenome le ti wa lati ọdọ baba ti o wọpọ ti awọn idile wọnyi.Awọn baba tiB. napuspin lati ọdọ baba ti o wọpọ ti awọn ẹya-ara mẹrin B. oleracea, pẹlu jiini to ṣẹṣẹ wọ sinuB. napus~ 108-898 ọdun sẹyin.B. napusC subgenome ni ipilẹṣẹ eka diẹ sii ju A Subgenome lọ.A lagbara bottleneck ni idagbasoke ni mejeji meji subgenomes nigbaB. napusitankalẹ.Igba otutu ati ologbele-igba otutuB. napusecotypes diverted ~ 60 ọdun sẹyin, lakoko igba otutu ati orisun omiB. napusdiverged ~ 416 ọdun sẹyin, ati awọn irugbin epo ati ti kii ṣe epoB. napusdiverted ~ 277 ọdun sẹyin.
Aworan 2 Eto olugbe ti 588 B. napus accessions ati 199 ti B. rapa accessions.
Aworan 3 Eto olugbe ti 588 B. napus accessions and 119 of B. oleracea accessions
Awọn ifihan agbara yiyan ati awọn iwadii ẹgbẹ jakejado Genome.
Lakoko ipele akọkọ ti ilọsiwaju (FSI), iyatọ jiini diẹ sii ti sọnu ni subgenome B. napus C ju ninu A subgenome.Iyatọ jiini ti o dinku waye lakoko FSI ju lakoko ipele keji ti ilọsiwaju (SSI).Awọn Jiini ni awọn agbegbe ifihan yiyan SSI ti ni ilọsiwaju ni ifarada wahala, idagbasoke ati awọn ipa ọna iṣelọpọ.60 loci pataki ni nkan ṣe pẹlu awọn ami ibi-afẹde 10, pẹlu 5 ti o ni ibatan si ikore irugbin, 3 si ipari silique, 4 si akoonu epo, ati 48 si didara irugbin ni a mọ.
Aworan 4 Ṣiṣayẹwo jakejado Genome ati awọn asọye ti awọn agbegbe ti a yan lakoko SSI ti B. napus
Atupale transcriptome
Awọn data RNAseq ti awọn tissu 11 lati inu epo-epo-giga ati cultivar kekere-meji ati kekere-epo-akoonu ati cultivar meji-giga ti a mọ awọn Jiini ti o ni ibatan si ilana ilana biosynthetic glucosinolate jẹ pataki ni ipoduduro.
Aworan 5 Akopọ ti ilana akoko-aladodo labẹ yiyan ti ilọsiwaju ecotype ti B. napus
Ifọrọwanilẹnuwo
Iwadi yi pese kan niyelori awọn oluşewadi fun agbọye awọn Oti ati ilọsiwaju itan tiB. napusati pe yoo dẹrọ pipinka ti awọn ipilẹ jiini ti awọn abuda eka agronomic pataki.Awọn SNP pataki ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn iyatọ ti o wuyi, awọn ifihan agbara yiyan ati awọn jiini oludije yoo ṣe alabapin pupọ ni ọjọ iwaju, pataki ni ilọsiwaju ikore, didara irugbin, akoonu epo, ati imudọgba ti irugbin allopolyploid aipẹ yii ati awọn ibatan rẹ.
Itọkasi
Odidi-jiomeji ti o tẹle ṣe afihan ipilẹṣẹ Brassica napus ati loci jiini ti o ni ipa ninu ilọsiwaju rẹ[J].Awọn ibaraẹnisọrọ isedaỌdun 2019, Ọdun 10 (1).
News ati Ifojusi ifọkansi ni pinpin awọn ọran aṣeyọri tuntun pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker, yiya awọn aṣeyọri imọ-jinlẹ aramada bi daradara bi awọn ilana olokiki ti a lo lakoko iwadii naa.
Akoko ifiweranṣẹ: Jan-05-2022