16S / 18S / ITS Amplicon تەرتىپلەش- PacBio
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Øئۇزۇن ئوقۇشلۇق 16S / 18S / ITS نىڭ پۈتۈن ئۇزۇنلۇق تەرتىپىنى ئاشكارىلايدۇ
ØPacBio CCS ھالىتىنىڭ تەرتىپلىنىشى بىلەن يۇقىرى ئېنىقلىق ئاساسى چاقىرىش
ØOTU / ASV ئىزاھاتىدىكى تۈرلەرنىڭ ئېنىقلىق دەرىجىسى
Øئەڭ يېڭى QIIME2 سانلىق مەلۇمات ئامبىرى ، ئىزاھ ، OTU / ASV قاتارلىق كۆپ خىل ئانالىزلار بىلەن ئېقىشنى ئانالىز قىلىدۇ.
Øكۆپ خىل مىكروبلار تەتقىقاتىغا ماس كېلىدۇ
ØBMK تۇپراق ، سۇ ، گاز ، پاتقاق ، تەرەت ، ئۈچەي ، تېرە ، ئېچىتىش شورپىسى ، ھاشارات ، ئۆسۈملۈك قاتارلىقلارنى ئۆز ئىچىگە ئالغان 100،000 دىن ئارتۇق ئەۋرىشكە بىلەن مول تەجرىبىگە ئىگە.
ØBMKCloud 45 خاسلاشتۇرۇلغان ئانالىز قورالىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان سانلىق مەلۇماتنى چۈشەندۈرۈشكە قولايلىق ياراتتى
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
| تەرتىپلەشسۇپا | كۈتۈپخانا | تەۋسىيە قىلىنغان سانلىق مەلۇمات | مۆلچەرلەنگەن بۇرۇلۇش ۋاقتى |
| PacBio Sequel II | SMRT- قوڭغۇراق | 5K / 10K / 30K CCS | 30 كۈن |
Bioinformatics analyses
üخام ماتېرىيال سۈپىتىنى كونترول قىلىش
üOTU توپلاش / شاۋقۇن ئاۋازى (ASV)
üOTU ئىزاھاتى
üئالفا كۆپ خىللىقى
üBeta كۆپ خىللىقى
üگۇرۇپپىلار ئارا تەھلىل
üتەجرىبە ئامىللىرىغا قارشى جەمئىيەت ئانالىزى
üئىقتىدار گېنى ئالدىن پەرەز قىلىش
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
ForDNA جەۋھىرى:
| ئۈلگە تىپى | سومما | مەركەزلىشىش | ساپلىق |
| DNA جەۋھىرى | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
مۇھىت ئەۋرىشكىسى ئۈچۈن:
| ئۈلگە تىپى | ئەۋرىشكە ئېلىش تەرتىپىنى تەۋسىيە قىلىمىز |
| تۇپراق | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;قالدۇق ماددىلارنى يەر يۈزىدىن چىقىرىۋېتىش كېرەك.چوڭ پارچىلارنى ئېزىپ 2 مىللىمېتىر سۈزگۈچتىن ئۆتۈڭزاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP-tube ياكى cyrotube دىكى Aliquot ئەۋرىشكىسى. |
| چوڭ تەرەت | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;زاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP- تۇرۇبا ياكى كرىستالدىن ئەۋرىشكە يىغىش ۋە تەقلىد قىلىش. |
| ئۈچەيدىكى مەزمۇنلار | ئەۋرىشكەلەرنى ئاسېپتىك ھالەتتە بىر تەرەپ قىلىش كېرەك.يىغىلغان توقۇلمىلارنى PBS بىلەن يۇيۇش.PBS نى مەركەزلەشتۈرۈپ EP تۇرۇبىسىدىكى چۆكمىلەرنى يىغىڭ. |
| Sludge | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;زاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP- تۇرۇبا ياكى كىرئالغۇدا لاي ئەۋرىشكىسىنى يىغىش ۋە يىغىش |
| Waterbody | تۇرۇبا سۈيى ، قۇدۇق سۈيى قاتارلىق چەكلىك مىقداردا مىكروب بار ئەۋرىشكە ئۈچۈن كەم دېگەندە 1 L سۇ يىغىپ ، 0.22 مىللىمېتىر سۈزگۈچتىن ئۆتۈپ ، پەردىدىكى مىكروبلارنى موللاشتۇرۇڭ.پەردىسىنى تۇراقسىز تۇرۇبىدا ساقلاڭ. |
| تېرە | تېرە يۈزىنى ئېھتىياتسىزلىقتىن پاختا پاختا ياكى ئوپېراتسىيىلىك تىغ بىلەن سۈرتۈپ ، ئۇنى تۇراقسىز تۇرۇبىغا قويۇڭ. |
تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكەلەرنى سۇيۇق ئازوتتىكى 3-4 سائەت توڭلىتىڭ ھەمدە سۇيۇق ئازوت ياكى -80 گرادۇسلۇق ساقلاش كېرەك.قۇرۇق مۇز بىلەن ئەۋرىشكە توشۇش تەلەپ قىلىنىدۇ.
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
1. V3 + V4 (Illumina) نى ئاساس قىلغان مىكروب توپلاش ئارخىپى بىلەن تولۇق ئۇزۇنلۇق (PacBio) نى ئاساس قىلغان ئارخىپنىڭ ئىزاھلاش نىسبىتى.
(ئىختىيارىي تاللانغان 30 تۈرنىڭ سانلىق مەلۇماتلىرى ستاتىستىكىغا قوللىنىلدى)
2. ئوخشىمىغان ئەۋرىشكە تىپىدىكى تۈرلەر بويىچە تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى ئامپلون تەرتىپىنىڭ ئىزاھلاش نىسبىتى
3. تۈرلەرنىڭ تارقىتىلىشى
4. فىلوگېنتىك دەرەخ
BMK دېلوسى
ئارسېننىڭ تەسىرى ئۈچەي توسۇلۇشنىڭ بۇزۇلۇشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ ۋە نەتىجىدە ئۈچەي-جىگەر ئوقىنىڭ قوزغىلىشى ئۆردەكتىكى جىگەرنىڭ ياللۇغلىنىشى ۋە كۆكرەك پەردىسىنىڭ ئۆسۈشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ.
ئېلان قىلىنغان:ئومۇمىي مۇھىت ئىلمى ،2021
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
ئەۋرىشكە: كونترول vs 8 mg / kg ATO ئاشكارلانغان گۇرۇپپا
سانلىق مەلۇماتلارنىڭ رەت تەرتىپى: جەمئىي 102 مىڭ 583 خام CCS تەرتىپى
كونترول: 54,518 ± 747 ئۈنۈملۈك CCS
ATO ئاشكارلانغان: 45,050 ± 1675 ئۈنۈملۈك CCS
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
ئالفا كۆپ خىللىقى:ATO نىڭ ئاشكارلىنىشى ئۈچەيدىكى مىكروبلارنىڭ موللىقى ۋە ئۆردەكلەرنىڭ كۆپ خىللىقىنى كۆرۈنەرلىك ئۆزگەرتتى.
Metastats analysis:
فىلوم سەۋىيىسىدە: پەقەت كونترول گۇرۇپپىسىدا بايقالغان 2 باكتېرىيە فىلا
گېن سەۋىيىسىدە: نىسپىي موللىقىدا 6 خىل گېن كۆرۈنەرلىك پەرقلىنىدۇ
تۈر قاتلىمىدا: جەمئىي 36 خىل جانلىق ئېنىقلانغان بولۇپ ، ئۇلارنىڭ 6 سى قايتا گۈللىنىشتە كۆرۈنەرلىك پەرقلىنىدۇ
پايدىلانما
Thingholm, LB, et al.«2-تىپلىق دىئابىت كېسىلىگە گىرىپتار بولغان ۋە يوق سېمىزلەر ئوخشىمىغان ئۈچەيدىكى مىكروبلارنىڭ ئىقتىدار ئىقتىدارى ۋە تەركىبىنى كۆرسىتىدۇ».Cell Host & Microbe26.2 (2019).
