De novoتولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى Transcriptome تەرتىپى -PacBio
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Øتولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى cDNA مولېكۇلاسىنى 3- ئاخىرىدىن 5- ئاخىرىغىچە بىۋاسىتە ئوقۇش
Øتەرتىپ قۇرۇلمىسىدىكى Iso شەكىل دەرىجىسىنىڭ ئېنىقلىق دەرىجىسى
Øيۇقىرى ئېنىقلىق ۋە سەمىمىيەت بىلەن خاتىرىلەنگەن
ØVaiours تۈرىگە ناھايىتى ماس كېلىدۇ
Ø4 PacBio Sequel II تەرتىپلەش سۇپىسى سەپلەنگەن چوڭ تەرتىپلەش ئىقتىدارى
Ø700 دىن ئارتۇق Pacbio نى ئاساس قىلغان RNA تەرتىپلەش تۈرى بىلەن تەجرىبىسى مول
ØBMKCloud نى ئاساس قىلغان نەتىجىنى يەتكۈزۈش: سۇپادا خاسلاشتۇرۇلغان سانلىق مەلۇمات قېزىش.
Øسېتىلغاندىن كېيىنكى مۇلازىمەت تۈر تاماملانغاندىن كېيىن 3 ئاي كۈچكە ئىگە
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
سۇپا: PacBio Sequel II
تەرتىپلىك كۈتۈپخانا: پولى موللاشتۇرۇلغان mRNA كۈتۈپخانىسى
تەۋسىيە قىلىنغان سانلىق مەلۇمات مىقدارى: 20 Gb / ئەۋرىشكە (تۈرلەرگە ئاساسەن)
FLNC （%） ： 75%
* FLNC: تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى ۋاقىت ھالقىسى يوق
Bioinformatics analyses
üخام ماتېرىيال بىر تەرەپ قىلىش
üترانسكرىپسىيە كىملىكى
üتەرتىپ قۇرۇلمىسى
üئىپادىلەش مىقدارى
üفۇنكسىيە ئىزاھاتى
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
Nucleotides:
| سومما | ئومۇمىي ≥ 3 μg;Conc.≥ 300 ng / μl;Volumn ≥ 10 μl |
| سەمىمىيەت | ئۆسۈملۈكلەر ئۈچۈن: RIN ≥ 7.5;ھايۋانلار ئۈچۈن: RIN ≥ 8;28S / 18S ≥ 1.0;ئاساسىي ئېگىزلىكى چەكلىك ياكى يوق |
| ساپلىق | OD260 / 280 ≥ 1.8;OD260 / 230 ≥ 1.0;ئەڭ يۇقىرى چوققا 260 nm |
| دىققەت | ئاقسىل ياكى DNA نىڭ بۇلغىنىشى ئۆلچەش ۋە ئەۋرىشكىلەرنىڭ QC سەۋىيىسىگە تەسىر كۆرسىتىدۇ. |
توقۇلما: ئېغىرلىقى (قۇرۇق):≥1 g
* 5 مىللىگىرامدىن كىچىك توقۇلمىلارغا چاقماق توڭلىتىلغان (سۇيۇق ئازوتتا) توقۇلما ئەۋرىشكىسىنى ئەۋەتىشنى تەۋسىيە قىلىمىز.
ھۈجەيرە توختىتىش:كاتەكچە سانى = 3 × 106- 1 × 107
* توڭلىتىلغان ھۈجەيرە لەيلىسىنى ئەۋەتىشنى تەۋسىيە قىلىمىز.ھۈجەيرە سانى 5 × 105 دىن كىچىك بولسا ، سۇيۇق ئازوتتا توڭلىتىلغان چاقماق لامپا تەۋسىيە قىلىنىدۇ ، بۇ مىكرو چىقىرىشقا پايدىلىق.
قان ئەۋرىشكىسى:Volume≥1 ml
مىكرو ئورگانىزم:Mass ≥ 1 g
تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش
كونتېينېر:
2 مىللىلېتىر سېنترىفۇگ تۇرۇبىسى (قەلەي ياپقۇچ تەۋسىيە قىلىنمايدۇ)
ئۈلگە بەلگە: گۇرۇپپا + كۆپەيتىش مەسىلەن A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
مال ئەۋەتىش:
1. قۇرۇق مۇز: ئەۋرىشكەلەرنى خالتىغا قاچىلاش ۋە قۇرۇق مۇزغا كۆتۈرۈش كېرەك.
2. RNA تۇراقلىق تۇرۇبا: RNA ئەۋرىشكىسىنى RNA تۇراقلاشتۇرۇش تۇرۇبىسىدا قۇرۇتقىلى بولىدۇ (مەسىلەن RNAstable®) ھەمدە ئۆي تېمپېراتۇرىسىدا توشۇشقا بولىدۇ.
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
تەجرىبە لايىھىسى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
RNA ئېلىش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
1.FLNC ئۇزۇنلۇقى تەقسىملەش
پۈتۈن ئۇزۇنلۇقتىكى ۋاقىتسىز ئوقۇش (FLNC) نىڭ ئۇزۇنلۇقى كۇتۇپخانا قۇرۇلۇشىدىكى cDNA نىڭ ئۇزۇنلۇقىنى كۆرسىتىدۇ.FLNC ئۇزۇنلۇقىنىڭ تارقىتىلىشى كۇتۇپخانا قۇرۇلۇشىنىڭ سۈپىتىنى باھالاشتىكى ھالقىلىق كۆرسەتكۈچ.
FLNC ئۇزۇنلۇقى تەقسىملەشنى ئوقۇدى
2. ORF رايونىنىڭ ئۇزۇنلۇقى تەقسىملىنىشى
بىز TransDecoder ئارقىلىق ئاقسىل كودلاش رايونى ۋە ماس كېلىدىغان ئامىنو كىسلاتا تەرتىپىنى ئالدىن پەرەز قىلىپ ، بارلىق ئەۋرىشكىلەردە ئارتۇقچە بولمىغان تولۇقلىما ئۇچۇرلىرىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان بىرلىككە كەلگەن توپ ھاسىل قىلىمىز.
ORF رايونىنىڭ ئۇزۇنلۇقتىكى تارقىتىلىشىنى تاماملاڭ
3.KEGG يولىنى بېيىتىش ئانالىزى
ئوخشىمىغان ئىپادىلەنگەن خاتىرىلەرنى (DET) NGS ئاساسىدىكى RNA تەرتىپلەش سانلىق مەلۇماتلىرىنى PacBio تەرتىپلەش سانلىق مەلۇماتلىرى ھاسىل قىلغان پۈتۈن ئۇزۇنلۇق خاتىرىلەش جەدۋىلىگە توغرىلاش ئارقىلىق پەرقلەندۈرگىلى بولىدۇ.بۇ DET لار ھەر خىل ئىقتىدار ئانالىزى ئۈچۈن تېخىمۇ بىر تەرەپ قىلالايدۇ ، مەسىلەن KEGG يولىنى بېيىتىش ئانالىزى.
DET KEGG يولىنى بېيىتىش - چېكىتلىك پىلان
BMK دېلوسى
Populus غول خاتىرىسىنىڭ تەرەققىيات ھەرىكەتلەندۈرگۈچ كۈچى
ئېلان قىلىنغان: ئۆسۈملۈك بىئوتېخنىكا ژۇرنىلى, 2019
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
ئەۋرىشكە توپلىمى:غول رايونلار: apex ، بىرىنچى internode (IN1) ، ئىككىنچى internode (IN2) ، ئۈچىنچى internode (IN3) ، internode (IN4) ۋە internode (IN5) Nanlin895
NGS- تەرتىپ:15 شەخسنىڭ RNA بىر بىئولوگىيىلىك ئەۋرىشكە سۈپىتىدە بىرلەشتۈرۈلدى.ھەر بىر نۇقتىنىڭ ئۈچ خىل بىئولوگىيىلىك كۆپەيتىلگەن نۇسخىسى NGS تەرتىپى ئۈچۈن بىر تەرەپ قىلىندى
TGS تەرتىپى:غول رايونلار چوققا ، IN1-IN3 ۋە IN4-IN5 دىن ئىبارەت ئۈچ رايونغا ئايرىلدى.ھەر بىر رايون PacBio تەرتىپلەش ئۈچۈن تۆت خىل كۇتۇپخانا بىلەن بىر تەرەپ قىلىندى: 0-1 kb ، 1-2 kb ، 2-3 kb ۋە 3-10 kb.
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
1. جەمئىي 87150 پۈتۈن ئۇزۇنلۇقتىكى خاتىرىلەر ئېنىقلاندى ، بۇنىڭدا 2081 رومان ئىزفورم ۋە 62058 روماننىڭ قوشۇمچە كېسىلگەن ئىزفورملىرى ئېنىقلاندى.
2.1187 lncRNA ۋە 356 بىرىكتۈرۈش گېنى ئېنىقلاندى.
3. دەسلەپكى ئۆسۈشتىن ئىككىلەمچى ئېشىشقا قەدەر ، ئوخشىمىغان ئىپادىلەنگەن 995 گېنىدىن 15838 پەرقلىق ئىپادىلەنگەن خاتىرىلەر ئېنىقلاندى.بارلىق DEG لاردا 1216 تىرانسكرىپسىيە ئامىلى بولۇپ ، كۆپىنچىسى تېخى دوكلات قىلىنمىدى.
4.GO موللاشتۇرۇش ئانالىزى دەسلەپكى ۋە ئىككىلەمچى ئۆسۈشتە ھۈجەيرە بۆلۈش ۋە ئوكسىدلىنىشنى ئازايتىشنىڭ مۇھىملىقىنى ئاشكارىلىدى.
باشقا قىستۇرما ھادىسىلەر ۋە ئوخشىمىغان ئىزفورملار
ترانسكرىپسىيە ئامىلى توغرىسىدىكى WGCNA ئانالىزى
پايدىلانما
چاۋ Q ، گاۋ ZF ، جاڭ D قاتارلىقلار.Populus غول خاتىرىسىنىڭ تەرەققىيات ھەرىكەتلەندۈرگۈچ كۈچى.ئۆسۈملۈك بىئوتېخنىكا J. 2019 ؛ 17 (1): 206-219.doi: 10.1111 / pbi.12958
