BMKCloud Log in
条形بینر-03

خبریں

جینوم ارتقاء، PANGENOME

پین جینوم کیا ہے؟

جمع شدہ شواہد سے پتہ چلتا ہے کہ ایک نوع کے مختلف تناؤ کے درمیان فرق بہت بڑا ہو سکتا ہے۔ایک واحد جینوم کسی ایک نوع کی جینیاتی معلومات کی پوری تصویر حاصل کرنے کے لیے کافی نہیں ہے۔پین-جینوم کے مطالعہ کا مقصد ایک پرجاتیوں کے زیادہ جامع جینومک گراف کو حاصل کرنا اور متعدد تناؤ کے جینوم ڈی نوو اسمبلی کے انعقاد کے ذریعے خصلتوں اور جینیاتی کوڈز کے درمیان تعلقات کو ڈی کوڈ کرنا ہے، جو مختلف حالتوں کی گہری اور وسیع تر کان کنی کی اجازت دیتا ہے۔

پین جینوم اسٹڈی کے رجحانات

1

تصویر 1 پین جینوم کے شائع شدہ تحقیقی مقالوں کے رجحانات۔
نوٹ: اعداد و شمار نیچر، سیل اور سائنس سیریز کے جرائد میں شائع ہونے والے مضامین کے عنوانات کو تلاش کرنے کے لیے کلیدی لفظ کے طور پر "پین-جینوم" لینے کا نتیجہ ظاہر کرتا ہے۔

aمتعدد نمونوں سے پڑھنے کو ایک حوالہ سے منسلک کیا جاتا ہے اور غیر منسلک کو ناول کنٹیگز میں جمع کیا جاتا ہے۔ان ناول کنٹیگز کو اصل حوالہ ترتیب میں شامل کرکے، ایک پینگنوم حوالہ بنایا جا سکتا ہے۔ڈسپنس ایبل ریجنز کا تعین پینگنوم میں تمام ریڈز کی میپنگ کی بنیاد پر کیا جاتا ہے۔

بمتعدد رسائی کے جینوموں کی ڈی نوو اسمبلی مکمل جینوم سیدھ کے نقطہ نظر کو قابل جینومک علاقوں کی شناخت کرنے کی اجازت دیتی ہے۔

cایک پین-جینوم گراف پوری جینوم الائنمنٹس سے یا ڈی نوو گراف اسمبلی کے ذریعے بنایا جا سکتا ہے، جو قابل عمل خطوں کی مختلف معلومات کو گراف کے ذریعے منفرد راستوں کے طور پر مؤثر طریقے سے محفوظ کرتا ہے۔

پین جینوم کیسے بنایا جائے؟

2

شکل 2 پین جینوم کے طریقوں کا موازنہ1

aمتعدد نمونوں سے پڑھنے کو ایک حوالہ سے منسلک کیا جاتا ہے اور غیر منسلک کو ناول کنٹیگز میں جمع کیا جاتا ہے۔ان ناول کنٹیگز کو اصل حوالہ ترتیب میں شامل کرکے، ایک پینگنوم حوالہ بنایا جا سکتا ہے۔ڈسپنس ایبل ریجنز کا تعین پینگنوم میں تمام ریڈز کی میپنگ کی بنیاد پر کیا جاتا ہے۔

بمتعدد رسائی کے جینوموں کی ڈی نوو اسمبلی مکمل جینوم سیدھ کے نقطہ نظر کو قابل جینومک علاقوں کی شناخت کرنے کی اجازت دیتی ہے۔

cایک پین-جینوم گراف پوری جینوم الائنمنٹس سے یا ڈی نوو گراف اسمبلی کے ذریعے بنایا جا سکتا ہے، جو قابل عمل خطوں کی مختلف معلومات کو گراف کے ذریعے منفرد راستوں کے طور پر مؤثر طریقے سے محفوظ کرتا ہے۔

حال ہی میں شائع شدہ پین جینوم

● ریپ پین جینوم2

3

● ٹماٹر پین جینوم 3

4

● رائس پین -جینوم4

5

● سورج مکھی کا پین جینوم5

6

● سویا بین پین جینوم 6

7

● رائس پین جینوم7

8

● بارلی پین جینوم8

9

● گندم کا پین جینوم9

10

● Sorghum Pan-genome10

11

● فائٹوپلانکٹن پین جینوم11

12

حوالہ

1. Bayer PE، Golicz AA، Scheben A، Batley J، Edwards D. پلانٹ پین جینومس نیا حوالہ ہیں۔نیٹ پلانٹس۔2020؛6(8):914-920۔doi:10.1038/s41477-020-0733-0

2. نغمہ JM، Guan Z، Hu J، et al.آٹھ اعلیٰ قسم کے جینومز پین جینوم فن تعمیر اور براسیکا نیپس کے ایکو ٹائپ فرق کو ظاہر کرتے ہیں۔نیٹ پلانٹس۔2020؛6(1):34-45۔doi:10.1038/s41477-019-0577-7

3. گاو ایل، گونڈا اول، سن ایچ، وغیرہ۔ٹماٹر پین جینوم نئے جینز اور پھلوں کے ذائقے کو ریگولیٹ کرنے والے نایاب ایلیل سے پردہ اٹھاتا ہے۔نیٹ جینیٹ۔2019;51(6):1044-1051۔doi:10.1038/s41588-019-0410-2

4. Zhao Q، Feng Q، Lu H، et al.پین جینوم تجزیہ کاشت شدہ اور جنگلی چاولوں میں جینومک تغیر کی حد کو نمایاں کرتا ہے [شائع شدہ تصحیح نیٹ جینیٹ میں ظاہر ہوتی ہے۔2018 اگست؛ 50(8):1196]۔نیٹ جینیٹ۔2018؛50(2):278-284۔doi:10.1038/s41588-018-0041-z

5. Hübner S، Bercovich N، Todesco M، et al.سورج مکھی کے پین جینوم کے تجزیے سے پتہ چلتا ہے کہ ہائبرڈائزیشن نے جین کے مواد اور بیماری کے خلاف مزاحمت کو تبدیل کر دیا۔نیٹ پلانٹس۔2019؛5(1):54-62۔doi:10.1038/s41477-018-0329-0

6. لیو وائی، ڈو ایچ، لی پی، وغیرہ۔جنگلی اور کاشت شدہ سویابین کا پین جینوم۔سیل2020؛ 182(1):162-176.e13۔doi:10.1016/j.cell.2020.05.023

7. کن پی، لو ایچ، ڈو ایچ، وغیرہ۔33 جینیاتی طور پر متنوع چاولوں کے پین جینوم کے تجزیے سے پوشیدہ جینومک تغیرات کا پتہ چلتا ہے [پرنٹ سے پہلے آن لائن شائع ہوا، 25 مئی 2021]۔سیل2021;S0092-8674(21)00581-X۔doi:10.1016/j.cell.2021.04.046

8. Jayakodi M، Padmarasu S، Haberer G، et al.بارلی پین جینوم اتپریورتن افزائش کی پوشیدہ میراث کو ظاہر کرتا ہے۔فطرت2020؛588(7837):284-289۔doi:10.1038/s41586-020-2947-8

9. Walkowiak S، Gao L، Monat C، et al.گندم کے متعدد جینوم جدید افزائش نسل میں عالمی تغیرات کو ظاہر کرتے ہیں۔فطرت2020؛588(7837):277-283۔doi:10.1038/s41586-020-2961-x

10. Tao Y، Luo H، Xu J، et al.کاشت شدہ اور جنگلی جوار کے پین جینوم کے اندر وسیع تغیر [پرنٹ سے پہلے آن لائن شائع ہوا، 2021 مئی 20]۔نیٹ پلانٹس۔2021;10.1038 / s41477-021-00925-x۔doi:10.1038/s41477-021-00925-x

11. فین ایکس، کیو ایچ، ہان ڈبلیو، وغیرہ۔Phytoplankton pangenome متنوع افعال کی وسیع پروکاریوٹک افقی جین کی منتقلی کو ظاہر کرتا ہے۔Sci Adv.2020؛6(18):eaba0111۔شائع شدہ 2020 اپریل 29۔ doi:10.1126/sciadv.aba0111


پوسٹ ٹائم: جنوری-04-2022

اپنا پیغام ہمیں بھیجیں: