BMKCloud Log in
条形banner-03

أخبار

تطور الجينوم، البانجينوم

ما هو عموم الجينوم؟

تظهر الأدلة المتراكمة أن التباين بين السلالات المختلفة من نوع ما يمكن أن يكون كبيرًا.إن جينومًا واحدًا لا يكفي للحصول على الصورة الكاملة للمعلومات الوراثية لنوع واحد.الغرض من دراسة عموم الجينوم هو الحصول على رسم بياني جينومي أكثر شمولاً للأنواع وفك تشفير العلاقات بين السمات والرموز الوراثية عن طريق إجراء تجميع الجينوم الجديد للعديد من السلالات، مما يسمح بالتنقيب بشكل أعمق وأوسع للاختلافات.

اتجاهات دراسة عموم الجينوم

1

الشكل 1: اتجاهات الأوراق البحثية المنشورة حول الجينوم.
ملاحظة: يوضح الشكل نتيجة استخدام كلمة "pan-genome" ككلمة رئيسية للبحث في عناوين المقالات المنشورة في مجلات سلسلة Nature وCell وScience.

أ.تتم محاذاة القراءات من عينات متعددة إلى مرجع ويتم تجميع القراءات غير المحاذية في مجموعات جديدة.ومن خلال إضافة هذه contigs الجديدة إلى التسلسل المرجعي الأصلي، يمكن إنشاء مرجع البانجينوم.يتم تحديد المناطق التي يمكن الاستغناء عنها بناءً على تعيين جميع القراءات مرة أخرى إلى الباجينوم.

ب.يسمح تجميع De novo لجينومات المدخلات المتعددة بطرق محاذاة الجينوم الكاملة لتحديد المناطق الجينومية التي يمكن الاستغناء عنها.

ج.يمكن إنشاء رسم بياني لعموم الجينوم من محاذاة الجينوم بالكامل أو عن طريق تجميع الرسم البياني الجديد، الذي يخزن بكفاءة المعلومات المتنوعة للمناطق القابلة للاستغناء عنها كمسارات فريدة من خلال الرسم البياني.

كيفية بناء عموم الجينوم؟

2

الشكل 2: مقارنة بين مقاربات عموم الجينوم1

أ.تتم محاذاة القراءات من عينات متعددة إلى مرجع ويتم تجميع القراءات غير المحاذية في مجموعات جديدة.ومن خلال إضافة هذه contigs الجديدة إلى التسلسل المرجعي الأصلي، يمكن إنشاء مرجع البانجينوم.يتم تحديد المناطق التي يمكن الاستغناء عنها بناءً على تعيين جميع القراءات مرة أخرى إلى الباجينوم.

ب.يسمح تجميع De novo لجينومات المدخلات المتعددة بطرق محاذاة الجينوم الكاملة لتحديد المناطق الجينومية التي يمكن الاستغناء عنها.

ج.يمكن إنشاء رسم بياني لعموم الجينوم من محاذاة الجينوم بالكامل أو عن طريق تجميع الرسم البياني الجديد، الذي يخزن بكفاءة المعلومات المتنوعة للمناطق القابلة للاستغناء عنها كمسارات فريدة من خلال الرسم البياني.

نشرت مؤخرا عموم الجينوم

● اغتصاب عموم الجينومات2

3

● جينومات الطماطم 3

4

● الأرز عموم الجينوم4

5

● عباد الشمس عموم الجينوم5

6

● فول الصويا عموم الجينوم 6

7

● الأرز عموم الجينوم7

8

● الشعير عموم الجينوم8

9

● القمح عموم الجينوم9

10

● الذرة الرفيعة عموم الجينوم10

11

● العوالق النباتية عموم الجينوم11

12

مرجع

1. Bayer PE، Golicz AA، Scheben A، Batley J، Edwards D. الجينومات النباتية هي المرجع الجديد.نباتات نات.2020;6(8):914-920.دوى:10.1038/s41477-020-0733-0

2. سونغ جي إم، غوان زي، هو جي، وآخرون.ثمانية جينومات عالية الجودة تكشف عن بنية الجينوم الشامل وتمايز النمط البيئي لبراسيكا نابوس.نباتات نات.2020;6(1):34-45.دوى:10.1038/s41477-019-0577-7

3. جاو إل، جوندا آي، صن إتش، وآخرون.يكشف جينوم الطماطم عن جينات جديدة وأليل نادر ينظم نكهة الفاكهة.نات جينيت.2019;51(6):1044-1051.دوى:10.1038/s41588-019-0410-2

4. تشاو كيو، فنغ كيو، لو إتش، وآخرون.يسلط تحليل الجينوم الشامل الضوء على مدى التباين الجينومي في الأرز المزروع والبري [يظهر التصحيح المنشور في Nat Genet.2018 أغسطس;50(8):1196].نات جينيت.2018;50(2):278-284.دوى:10.1038/s41588-018-0041-z

5. هوبنر إس، بيركوفيتش إن، توديسكو إم، وآخرون.يُظهر تحليل الجينوم الشامل لعباد الشمس أن التهجين غيّر محتوى الجينات ومقاومة الأمراض.نباتات نات.2019;5(1):54-62.دوى:10.1038/s41477-018-0329-0

6. ليو واي، دو إتش، لي بي، وآخرون.عموم الجينوم من فول الصويا البري والمزروع.خلية.2020;182(1):162-176.e13.دوى:10.1016/j.cell.2020.05.023

7. تشين بي، لو إتش، دو إتش، وآخرون.يكشف تحليل الجينوم الشامل لـ 33 مدخلاً من الأرز المتنوع وراثيًا عن اختلافات جينية مخفية [نُشرت على الإنترنت قبل الطباعة، 25 مايو 2021].خلية.2021;S0092-8674(21)00581-X.دوى:10.1016/j.cell.2021.04.046

8. جاياكودي إم، بادمارسو إس، هابرر جي، وآخرون.يكشف جينوم الشعير عن الإرث الخفي للتكاثر الطفريطبيعة.2020;588(7837):284-289.دوى:10.1038/s41586-020-2947-8

9. ووكوياك إس، جاو إل، مونات سي، وآخرون.تكشف جينومات القمح المتعددة عن تباين عالمي في التربية الحديثةطبيعة.2020;588(7837):277-283.دوى:10.1038/s41586-020-2961-x

10. تاو واي، لوه إتش، شو جي، وآخرون.تباين واسع النطاق داخل جينوم الذرة الرفيعة المزروعة والبرية [منشور على الإنترنت قبل الطباعة، 20 مايو 2021].نباتات نات.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.دوى:10.1038/s41477-021-00925-x

11. فان إكس، تشيو إتش، هان دبليو، وآخرون.يكشف بانجينوم العوالق النباتية عن نقل جيني أفقي واسع النطاق لوظائف متنوعة.متقدم الخيال العلمي.2020;6(18):eaba0111.تم النشر في 29 أبريل 2020. دوى:10.1126/sciadv.aba0111


وقت النشر: 04 يناير 2022

أرسل رسالتك إلينا: