BMKCloud Log in
ሰንደቅ-03

ዜና

ጂኖም ኢቮሉሽን፣ ፓንጀኖም

ፓን-ጂኖም ምንድን ነው?

የተጠራቀሙ መረጃዎች እንደሚያሳዩት በተለያዩ ዝርያዎች መካከል ያለው ልዩነት በጣም ትልቅ ሊሆን ይችላል.የአንድ ነጠላ ዝርያ አጠቃላይ የዘረመል መረጃን ለማግኘት አንድ ነጠላ ጂኖም በጣም ሩቅ ነው።የፓን-ጂኖም ጥናት ዓላማ የዝርያውን አጠቃላይ የጂኖሚክ ግራፍ ለማግኘት እና በባህሪያት እና በጄኔቲክ ኮድ መካከል ያለውን ግንኙነት በመለየት የበርካታ ዝርያዎችን ጂኖም ደ ኖቮ በመገጣጠም ሲሆን ይህም ልዩነቶቹን በጥልቀት እና በስፋት ለማውጣት ያስችላል።

የፓን-ጂኖም ጥናት አዝማሚያዎች

1

ምስል 1 የፓን-ጂኖም የታተሙ የምርምር ወረቀቶች አዝማሚያዎች.
ማስታወሻ፡ ሥዕሉ በተፈጥሮ፣ ሴል እና ሳይንስ ተከታታይ መጽሔቶች ላይ የታተሙትን መጣጥፎች ርዕስ ለመፈለግ “ፓን-ጂኖም”ን እንደ ቁልፍ ቃል የመውሰድን ውጤት ያሳያል።

ሀ.ከበርካታ ናሙናዎች የተነበቡ ከማጣቀሻዎች ጋር የተጣጣሙ ሲሆኑ ያልተጣመሩ ደግሞ ወደ ልቦለድ ውዝግቦች ይሰበሰባሉ።እነዚህን ልብ ወለዶች ወደ መጀመሪያው የማጣቀሻ ቅደም ተከተል በማከል የፓንጎኖም ማጣቀሻ መገንባት ይቻላል።ሊከፋፈሉ የሚችሉ ክልሎች የሚወሰኑት በካርታው ላይ ተመስርተው ሁሉንም የተነበቡ ወደ ፓንጎኖም ነው።

ለ.የዲ ኖቮ የበርካታ ተደራሽነት ጂኖም ስብስብ አጠቃላይ የጂኖም አሰላለፍ አቀራረቦች ሊወገዱ የሚችሉ የጂኖም ክልሎችን ለመለየት ያስችላል።

ሐ.የፓን-ጂኖም ግራፍ ከጠቅላላው የጂኖም አሰላለፍ ወይም በዲ ኖቮ ግራፍ መገጣጠሚያ ሊገነባ ይችላል፣ ይህም የተለያዩ መረጃዎችን በግራፍ በኩል እንደ ልዩ መንገዶች በሚያከማች።

ፓን-ጂኖም እንዴት እንደሚገነባ?

2

ምስል 2 የፓን-ጂኖም አቀራረቦችን ማወዳደር1

ሀ.ከበርካታ ናሙናዎች የተነበቡ ከማጣቀሻዎች ጋር የተጣጣሙ ሲሆኑ ያልተጣመሩ ደግሞ ወደ ልቦለድ ውዝግቦች ይሰበሰባሉ።እነዚህን ልብ ወለዶች ወደ መጀመሪያው የማጣቀሻ ቅደም ተከተል በማከል የፓንጎኖም ማጣቀሻ መገንባት ይቻላል።ሊከፋፈሉ የሚችሉ ክልሎች የሚወሰኑት በካርታው ላይ ተመስርተው ሁሉንም የተነበቡ ወደ ፓንጎኖም ነው።

ለ.የዲ ኖቮ የበርካታ ተደራሽነት ጂኖም ስብስብ አጠቃላይ የጂኖም አሰላለፍ አቀራረቦች ሊወገዱ የሚችሉ የጂኖም ክልሎችን ለመለየት ያስችላል።

ሐ.የፓን-ጂኖም ግራፍ ከጠቅላላው የጂኖም አሰላለፍ ወይም በዲ ኖቮ ግራፍ መገጣጠሚያ ሊገነባ ይችላል፣ ይህም የተለያዩ መረጃዎችን በግራፍ በኩል እንደ ልዩ መንገዶች በሚያከማች።

በቅርብ ጊዜ የታተመ ፓን-ጂኖም

● ፓን-ጂኖም አስገድዶ መድፈር2

3

● የቲማቲም ፓን-ጂኖም 3

4

● ሩዝ ፓን -ጂኖም4

5

● የሱፍ አበባ ፓን-ጂኖም5

6

● አኩሪ አተር ፓን-ጂኖም 6

7

● ሩዝ ፓን-ጂኖም7

8

● ገብስ ፓን-ጂኖም8

9

● የስንዴ ፓን-ጂኖም9

10

● ማሽላ ፓን-ጂኖም10

11

● ፊቶፕላንክተን ፓን-ጂኖም11

12

ማጣቀሻ

1. Bayer PE፣ Golicz AA፣ Scheben A፣ Batley J፣ Edwards D. Plant pan-ጂኖም አዲሱ ማጣቀሻ ናቸው።Nat ተክሎች.2020፤6(8)፡914-920።ዶኢ፡10.1038/s41477-020-0733-0

2. ዘፈን JM, Guan Z, Hu J, et al.ስምንት ከፍተኛ ጥራት ያላቸው ጂኖምዎች የፓን-ጂኖም አርክቴክቸር እና የብራስሲካ ናፐስ የስነ-ምህዳር ልዩነት ያሳያሉ።Nat ተክሎች.2020፤6(1):34-45doi:10.1038/s41477-019-0577-7

3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.የቲማቲም ፓን-ጂኖም አዳዲስ ጂኖችን እና የፍራፍሬ ጣዕምን የሚቆጣጠር ያልተለመደ ቅሌትን ያሳያል።ናት ገነት።2019;51 (6): 1044-1051.ዶኢ፡10.1038/s41588-019-0410-2

4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.የፓን-ጂኖም ትንተና በተመረተው እና በዱር ሩዝ ውስጥ ያለውን የጂኖሚክ ልዩነት መጠን ያሳያል [የታተመ እርማት በናት ገነት ውስጥ ታየ።2018 ኦገስት;50(8):1196።ናት ገነት።2018; 50 (2): 278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z

5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.የሱፍ አበባ ፓን-ጂኖም ትንታኔ እንደሚያሳየው ማዳቀል የጂን ይዘት እና የበሽታ መቋቋምን ለውጧል።Nat ተክሎች.2019; 5 (1): 54-62.ዶኢ፡10.1038/s41477-018-0329-0

6. Liu Y, Du H, Li P, et al.ፓን-ጂኖም የዱር እና የተመረተ አኩሪ አተር.ሕዋስ.2020፤182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023

7. Qin P, Lu H, Du H, et al.የፓን-ጂኖም የ33 የዘረመል ልዩነት ያላቸው የሩዝ ዓይነቶች ትንተና የተደበቁ የጂኖሚክ ልዩነቶችን ያሳያል [ከመታተም በፊት በመስመር ላይ ታትሟል፣ 2021 ሜይ 25]።ሕዋስ.2021; S0092-8674 (21) 00581-ኤክስ.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046

8. ጃያኮዲ ኤም፣ ፓድማራሱ ኤስ፣ ሀበርር ጂ እና ሌሎችም።የገብስ ፓን-ጂኖም የሚውቴሽን እርባታ ድብቅ ውርስ ያሳያል።ተፈጥሮ።2020፤588(7837)፡284-289።doi፡10.1038/s41586-020-2947-8

9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.በርካታ የስንዴ ጂኖም የዘመናዊ እርባታ ዓለም አቀፋዊ ልዩነት ያሳያሉ።ተፈጥሮ።2020፤588(7837)፡277-283።doi፡10.1038/s41586-020-2961-x

10. ታኦ Y, Luo H, Xu J, et al.በታረሰ እና የዱር ማሽላ ፓን-ጂኖም ውስጥ ሰፊ ልዩነት [ከመታተም በፊት በመስመር ላይ ታትሟል፣ 2021 ሜይ 20]።Nat ተክሎች.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi፡10.1038/s41477-021-00925-x

11. ፋን X, Qiu H, Han W, et al.Phytoplankton pangenome የተለያዩ ተግባራት መካከል ሰፊ prokaryotic አግድም ጂን ማስተላለፍ ያሳያል.Sci Adv.2020፤6(18):eaba0111.የታተመ 2020 ኤፕሪል 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111


የልጥፍ ጊዜ: ጥር-04-2022

መልእክትህን ላክልን፡