ГЕНОМ ЭВОЛЮЦИЯСЫ, ПАНГЕНОМ
Пан-геном деген эмне?
Топтолгон далилдер түрдүн ар кандай штаммдарынын ортосундагы дисперсия чоң болушу мүмкүн экенин көрсөтүп турат.Бир геном бир түрдүн генетикалык маалыматынын толук сүрөтүн алуу үчүн жетиштүү эмес.Пан-геномду изилдөөнүн максаты – бир түрдүн кеңири геномдук графигин алуу жана көп сандаган штаммдардын геном де-ново жыйындысын жүргүзүү аркылуу белгилер менен генетикалык коддордун ортосундагы байланыштарды чечмелөө, бул вариацияларды тереңирээк жана кеңири казып алууга мүмкүндүк берет.
Пан-геномду изилдөөнүн тенденциялары
Сүрөт 1 Пан-геномдун жарыяланган илимий эмгектеринин тенденциялары.
Эскертүү: Сүрөт Nature, Cell жана Science журналдарында жарыяланган макалалардын аталыштарын издөө үчүн негизги сөз катары “пан-геномду” алуунун натыйжасын көрсөтөт.
а.Бир нече үлгүлөрдүн окуулары маалымдамага тегизделет, ал эми тегизделбегендери жаңы контигтерге чогултулат.Бул жаңы контигдерди баштапкы шилтеме ырааттуулугуна кошуу менен, пангеномдун шилтемесин түзсө болот.Бөлүнүүчү аймактар бардык окууларды пангеномго кайра түшүрүүнүн негизинде аныкталат.
б.Көптөгөн кошулмалардын геномдорунун жаңы жыйындысы бүтүндөй геномду тегиздөө ыкмаларына геномдук аймактарды аныктоого мүмкүндүк берет.
в.Пан-геномдун графигин бүтүндөй геномдун тегиздөөсүнөн же де-нового графиктин жыйындысы аркылуу түзсө болот, ал график аркылуу уникалдуу жолдор катары бөлүштүрүлүүчү аймактардын варианттык маалыматын эффективдүү сактайт.
Пан-геномду кантип куруу керек?
Сүрөт 2 Пан-геномдук ыкмаларды салыштыруу1
а.Бир нече үлгүлөрдүн окуулары маалымдамага тегизделет, ал эми тегизделбегендери жаңы контигтерге чогултулат.Бул жаңы контигдерди баштапкы шилтеме ырааттуулугуна кошуу менен, пангеномдун шилтемесин түзсө болот.Бөлүнүүчү аймактар бардык окууларды пангеномго кайра түшүрүүнүн негизинде аныкталат.
б.Көптөгөн кошулмалардын геномдорунун жаңы жыйындысы бүтүндөй геномду тегиздөө ыкмаларына геномдук аймактарды аныктоого мүмкүндүк берет.
в.Пан-геномдун графигин бүтүндөй геномдун тегиздөөсүнөн же де-нового графиктин жыйындысы аркылуу түзсө болот, ал график аркылуу уникалдуу жолдор катары бөлүштүрүлүүчү аймактардын варианттык маалыматын эффективдүү сактайт.
Жакында жарыяланган Пан-геномдор
● Зордуктоо пан-геномдору2
● Помидор пан-геномдору 3
● Райс Пан -геном4
● Күн караманын пан-геному5
● Соя Пан-геному 6
● Райс пан-геному7
● Арпа Пан-геному8
● Буудай Пан-геному9
● Sorghum Pan-геному10
● Фитопланктон Пан-геному11
Шилтеме
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-геномдор жаңы шилтеме болуп саналат.Nat өсүмдүктөр.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Сегиз жогорку сапаттагы геном пан-геномдун архитектурасын жана Брассика напустун экотипинин дифференциациясын ачып берет.Nat өсүмдүктөр.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Гао Л, Гонда I, Sun H, ж.б.Помидор пан-геному жаңы гендерди жана жемиш даамын жөнгө салуучу сейрек кездешүүчү аллельди ачат.Нат Женет.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Чжао Ц, Фэн Ц, Лу Х, ж.б.Пан-геномдук анализ маданий жана жапайы күрүчтүн геномдук вариациясынын көлөмүн баса белгилейт [жарыяланган оңдоо Nat Genetте пайда болот.2018 август;50(8):1196].Нат Женет.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Күн караманын пан-геномдук анализи көрсөткөндөй, гибриддештирүү гендин мазмунун жана ооруларга туруктуулукту өзгөрткөн.Nat өсүмдүктөр.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Жапайы жана маданий соя буурчактарынын пан-геному.Клетка.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.33 генетикалык ар түрдүү күрүч кошулмаларынын пан-геномдук анализи жашыруун геномдук вариацияларды ачат [басылмага чейин онлайн жарыяланган, 2021-жылдын 25-майы].Клетка.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, ж.б.Арпа пан-геному мутация лык асылдандыруунун жашыруун мурасын ачып берет.Жаратылыш.2020;588(7837):284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, ж.б.Бир нече буудай геномдору заманбап селекциядагы глобалдык вариацияны ачып берет.Жаратылыш.2020;588(7837):277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Тао Ю, Луо Х, Сю Дж, ж.б.Маданий жана жапайы сорго пан-геномунун ичиндеги кеңири вариация [басууга чейин онлайн жарыяланган, 2021-жылдын 20-майы].Nat өсүмдүктөр.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Фитопланктон пангеному ар түрдүү функциялардын кеңири прокариоттук ген трансферин ачып берет.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Жарыяланганы 29-апр 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Билдирүү убактысы: 04-04-2022