ГЕНОМ ЭВОЛЮЦИЯСЫ, ПАНГЕНОМ
Пан-геном дегеніміз не?
Жинақталған дәлелдер түрдің әртүрлі штаммдарының арасындағы дисперсия үлкен болуы мүмкін екенін көрсетеді.Бір түрдің генетикалық ақпаратының толық бейнесін алу үшін бір геном жеткіліксіз.Пан-геномды зерттеудің мақсаты - түрдің жан-жақты геномдық графигін алу және вариацияларды тереңірек және кеңірек зерттеуге мүмкіндік беретін көптеген штаммдардың геномды де жаңа құрастыруын жүргізу арқылы белгілер мен генетикалық кодтар арасындағы байланыстарды декодтау.
Пан-геномды зерттеу тенденциялары
1-сурет Пан-геномның жарияланған ғылыми еңбектерінің тенденциялары.
Ескерту: Суретте Nature, Cell және Science журналдарында жарияланған мақалалардың тақырыптарын іздеу үшін негізгі сөз ретінде «пан-геномды» алу нәтижесі көрсетілген.
а.Бірнеше үлгілерден алынған оқулар сілтемеге тураланады, ал тураланбағандары жаңа контигтерге жиналады.Осы жаңа контигтерді бастапқы сілтеме тізбегіне қосу арқылы пангеном сілтемесін жасауға болады.Бөлінетін аймақтар барлық оқуларды пангеномға қайта түсіру негізінде анықталады.
б.Бірнеше қосылудың геномдарын жаңадан жинақтау геномды теңестірудің толық тәсілдеріне бөлінетін геномдық аймақтарды анықтауға мүмкіндік береді.
в.Пан-геном графигін тұтас геномды теңестіруден немесе график арқылы бірегей жолдар ретінде бөлінетін аймақтардың нұсқалық ақпаратын тиімді сақтайтын жаңа график жинағы арқылы құруға болады.
Пан-геномды қалай құруға болады?
Сурет 2 Пан-геномдық тәсілдерді салыстыру1
а.Бірнеше үлгілерден алынған оқулар сілтемеге тураланады, ал тураланбағандары жаңа контигтерге жиналады.Осы жаңа контигтерді бастапқы сілтеме тізбегіне қосу арқылы пангеном сілтемесін жасауға болады.Бөлінетін аймақтар барлық оқуларды пангеномға қайта түсіру негізінде анықталады.
б.Бірнеше қосылудың геномдарын жаңадан жинақтау геномды теңестірудің толық тәсілдеріне бөлінетін геномдық аймақтарды анықтауға мүмкіндік береді.
в.Пан-геном графигін тұтас геномды теңестіруден немесе график арқылы бірегей жолдар ретінде бөлінетін аймақтардың нұсқалық ақпаратын тиімді сақтайтын жаңа график жинағы арқылы құруға болады.
Жақында жарияланған Пан-геномдар
● зорлаудың пан-геномдары2
● Томат пан-геномдары 3
● Күріш табасы - геном4
● Күнбағыс пан-геномы5
● Соя пан-геномы 6
● Күріш пан-геномы7
● Арпа пан-геномы8
● Бидай пан-геномы9
● Құмай пан-геномы10
● Фитопланктонның пан-геномы11
Анықтама
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Өсімдіктердің пан-геномдары жаңа анықтама болып табылады.Нат өсімдіктері.2020;6(8):914-920.doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, т.б.Жоғары сапалы сегіз геном пан-геномның архитектурасын және Brassica napus-тың экотипінің дифференциациясын ашады.Нат өсімдіктері.2020;6(1):34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Гао Л, Гонда I, Sun H және т.б.Томаттың пан-геномы жаңа гендер мен жеміс дәмін реттейтін сирек аллельді ашады.Нат Генет.2019;51(6):1044-1051.doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Чжао Ц, Фэн Ц, Лу Х, т.б.Пан-геномдық талдау мәдени және жабайы күріштегі геномдық вариацияның дәрежесін көрсетеді [жарияланған түзету Nat Genet-те пайда болады.2018 тамыз;50(8):1196].Нат Генет.2018;50(2):278-284.doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Хюбнер С, Беркович Н, Тодеско М, т.б.Күнбағыстың пан-геномдық талдауы будандастыру геннің мазмұнын және ауруға төзімділікті өзгерткенін көрсетеді.Нат өсімдіктері.2019;5(1):54-62.doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Лю Ю, Ду Х, Ли П, т.б.Жабайы және мәдени сояның пан-геномы.Ұяшық.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Цинь П, Лу Х, Ду Х, т.б.33 генетикалық әртүрлі күріш қосылуының пан-геномдық талдауы жасырын геномдық вариацияларды анықтайды [басылым алдында онлайн жарияланған, 2021 жылдың 25 мамыры].Ұяшық.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Джаякоди М, Падмарасу С, Хаберер Г, т.б.Арпаның пан-геномы мутациялы өсірудің жасырын мұрасын ашады.Табиғат.2020;588(7837):284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C және т.б.Көптеген бидай геномдары қазіргі селекциядағы жаһандық вариацияны көрсетеді.Табиғат.2020;588(7837):277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Тао Ю, Луо Х, Сю Дж, т.б.Мәдени және жабайы құмайдың пан-геномындағы кең вариация [басылым алдында онлайн жарияланған, 2021 жылдың 20 мамыры].Нат өсімдіктері.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, т.б.Фитопланктонның пангеномы әртүрлі функциялардың прокариоттардың көлденең генінің кең трансфертін көрсетеді.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.29 сәуір 2020 жылы жарияланған. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Жіберу уақыты: 04.04.2022 ж