GENOME EvolUTION, PANGENOME
Pan-genome යනු කුමක්ද?
සමුච්චිත සාක්ෂි පෙන්නුම් කරන්නේ විශේෂයක විවිධ වික්‍රියා අතර විචලනය විශාල විය හැකි බවයි.එක් විශේෂයක ප්‍රවේණික තොරතුරු පිළිබඳ සම්පූර්ණ චිත්‍රය ලබා ගැනීමට එක් ජෙනෝමයක් ප්‍රමාණවත් නොවේ.Pan-genome අධ්‍යයනයේ පරමාර්ථය වන්නේ විශේෂයක වඩාත් විස්තීර්ණ ප්‍රවේණික ප්‍රස්ථාරයක් ලබා ගැනීම සහ විවිධ වික්‍රියා වල genome de novo එකලස් කිරීම මගින් ගතිලක්ෂණ සහ ප්‍රවේණි කේත අතර සම්බන්ධතා විකේතනය කිරීමයි.
Pan-genome අධ්‍යයනයේ ප්‍රවණතා
රූපය 1 Pan-genome හි ප්‍රකාශිත පර්යේෂණ පත්‍රිකාවල ප්‍රවණතා.
සටහන: Nature, Cell සහ Science සඟරාවල පළ වූ ලිපිවල මාතෘකා සෙවීමේ ප්‍රධාන වචනය ලෙස “pan-genome” ගැනීමෙහි ප්‍රතිඵලය රූපයේ දැක්වේ.
ඒ.බහු සාම්පල වලින් කියවීම් යොමුවකට පෙළගස්වා ඇති අතර නොගැලපෙන ඒවා නව කොන්ටිග්ස් වලට එකලස් කර ඇත.මුල් සමුද්දේශ අනුපිළිවෙලට මෙම නවකතාවන් එකතු කිරීමෙන්, පැන්ජිනෝම් යොමුවක් ගොඩනගා ගත හැකිය.බෙදා හැරිය හැකි ප්‍රදේශ තීරණය කරනු ලබන්නේ සියලුම කියවීම් නැවත පැන්ජෙනෝමය වෙත සිතියම්ගත කිරීම මත පදනම්වය.
බී.බහු ප්රවේශයන් වල ප්‍රවේණික De novo එකලස් කිරීම මඟින් බෙදා හැරිය හැකි ප්‍රවේණික කලාප හඳුනා ගැනීමට සම්පූර්ණ ප්‍රවේණි පෙළගැස්වීමේ ප්‍රවේශයන්ට ඉඩ සලසයි.
c.සර්ව-ජීනෝම ප්‍රස්ථාරයක් සම්පූර්ණ ප්‍රවේණි පෙළගැස්වීම් වලින් හෝ ඩි නොවෝ ප්‍රස්ථාර එකලස් කිරීම මගින් ගොඩනගා ගත හැකි අතර, එය ප්‍රස්ථාරය හරහා අද්විතීය මාර්ග ලෙස බෙදා හැරිය හැකි කලාපවල විවිධ තොරතුරු කාර්යක්ෂමව ගබඩා කරයි.
Pan-genome එකක් සාදා ගන්නේ කෙසේද?
රූපය 2 Pan-genome ප්රවේශයන් සංසන්දනය කිරීම1
ඒ.බහු සාම්පල වලින් කියවීම් යොමුවකට පෙළගස්වා ඇති අතර නොගැලපෙන ඒවා නව කොන්ටිග්ස් වලට එකලස් කර ඇත.මුල් සමුද්දේශ අනුපිළිවෙලට මෙම නවකතාවන් එකතු කිරීමෙන්, පැන්ජිනෝම් යොමුවක් ගොඩනගා ගත හැකිය.බෙදා හැරිය හැකි ප්‍රදේශ තීරණය කරනු ලබන්නේ සියලුම කියවීම් නැවත පැන්ජෙනෝමය වෙත සිතියම්ගත කිරීම මත පදනම්වය.
බී.බහු ප්රවේශයන් වල ප්‍රවේණික De novo එකලස් කිරීම මඟින් බෙදා හැරිය හැකි ප්‍රවේණික කලාප හඳුනා ගැනීමට සම්පූර්ණ ප්‍රවේණි පෙළගැස්වීමේ ප්‍රවේශයන්ට ඉඩ සලසයි.
c.සර්ව-ජීනෝම ප්‍රස්ථාරයක් සම්පූර්ණ ප්‍රවේණි පෙළගැස්වීම් වලින් හෝ ඩි නොවෝ ප්‍රස්ථාර එකලස් කිරීම මගින් ගොඩනගා ගත හැකි අතර, එය ප්‍රස්ථාරය හරහා අද්විතීය මාර්ග ලෙස බෙදා හැරිය හැකි කලාපවල විවිධ තොරතුරු කාර්යක්ෂමව ගබඩා කරයි.
මෑතකදී ප්‍රකාශයට පත් කරන ලද Pan-genomes
● රේප් පෑන්-ජෙනෝම2
● තක්කාලි පෑන්-ජීනෝම 3
● රයිස් පෑන් -ජෙනෝමය4
● සූරියකාන්ත Pan-genome5
● සෝයා බෝංචි Pan-genome 6
● සහල් පෑන්-ජීනෝමය7
● Barley Pan-genome8
● තිරිඟු පෑන්-ජීනෝමය9
● Sorgum Pan-genome10
● Phytoplankton Pan-genome11
යොමුව
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes යනු නව යොමුවයි.නැට් පැල.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.උසස් තත්ත්වයේ ජෙනෝම අටක් බ්‍රැසිකා නැපස්හි සර්ව-ප්‍රවේණික ගෘහ නිර්මාණ ශිල්පය සහ පාරිසරික විභේදනය හෙළි කරයි.නැට් පැල.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.තක්කාලි පෑන්-ජීනෝමය නව ජාන සහ පළතුරු රසය නියාමනය කරන දුර්ලභ ඇලිලයක් අනාවරණය කරයි.නැට් ජෙනට්.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Pan-genome විශ්ලේෂණය මගින් වගා කරන ලද සහ වල් සහල් වල ප්‍රවේණික විචලනයේ තරම ඉස්මතු කරයි [ප්‍රකාශිත නිවැරදි කිරීම Nat Genet හි දිස්වේ.2018 අගෝස්තු;50(8):1196].නැට් ජෙනට්.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.සන්ෆ්ලවර් පෑන්-ජීනෝම විශ්ලේෂණයෙන් පෙන්නුම් කරන්නේ දෙමුහුන්කරණය ජාන අන්තර්ගතය සහ රෝග ප්‍රතිරෝධය වෙනස් කළ බවයි.නැට් පැල.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.වල් සහ වගා කරන ලද සෝයා බෝංචි වල Pan-Genome.සෛලය.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.ජානමය වශයෙන් විවිධ වූ සහල් ප්රවේශයන් 33 ක් පිළිබඳ පෑන්-ජීනෝම විශ්ලේෂණය සැඟවුණු ප්‍රවේණික වෙනස්කම් හෙළි කරයි [මුද්‍රණයට පෙර අන්තර්ජාලයේ ප්‍රකාශයට පත් කරන ලදී, 2021 මැයි 25].සෛලය.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. ජයකොඩි එම්, පද්මරසු එස්, හබරර් ජී, සහ අල්.බාර්ලි පෑන්-ජීනෝමය විකෘති අභිජනනයේ සැඟවුණු උරුමය හෙළි කරයි.ස්වභාවය.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.බහුවිධ තිරිඟු ජෙනෝමයන් නවීන අභිජනනයේ ගෝලීය වෙනස්කම් හෙළි කරයි.ස්වභාවය.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.වගා කරන ලද සහ වල් බඩ ඉරිඟු වල පෑන්-ජෙනෝමය තුළ පුළුල් විචලනය [මුද්‍රණයට පෙර, 2021 මැයි 20 දින අන්තර්ජාලයේ ප්‍රකාශයට පත් කෙරේ].නැට් පැල.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Phytoplankton pangenome විවිධ ශ්‍රිතවල විස්තීර්ණ ප්‍රොකරියෝටික් තිරස් ජාන හුවමාරුවක් හෙළි කරයි.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.ප්‍රකාශනය 2020 අප්‍රේල් 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
පසු කාලය: ජනවාරි-04-2022